Theo đánh giá của NHNN, mặc dù công tác cơ cấu lại hệ thống các TCTD gắn với xử lý nợ xấu trong thời gian qua đã đạt đƣợc kết quả đáng khích lệ, tuy nhiên, vẫn còn tồn tại những khó khăn, vƣớng mắc, hạn chế đòi hỏi sự chung sức, nỗ lực của toàn hệ thống chính trị, đặc biệt là sự hỗ trợ, phối hợp của các Bộ, ngành, địa phƣơng.
Tuy đến thời điểm 6/2018, tỷ lệ nợ xấu so với tổng nợ giảm còn 2.09%, thấp hơn so với cuối năm 2016 (là 2.46%), nhƣng tỷ lệ này vẫn cao hơn so với cuối năm
2017 (1.99%). Một con số đáng chú ý cũng đƣợc NHNN công bố, tổng nợ xấu nội bảng của các TCTD, nợ xấu đã bán cho Công ty Quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng hiện chƣa xử lý đƣợc và nợ cơ cấu lại thời hạn trả nợ tiềm ẩn trở thành nợ xấu tuy đã có xu hƣớng giảm những vẫn ở mức cao, hiện đang ở mức 468 nghìn tỷ so với tổng cho vay đầu tƣ vào nền kinh tế, chiếm khoảng 6.67% . Có thể nói, đây sẽ là một thách thức không nhỏ với các nhà băng, bởi nợ xấu cũng là nguyên do “bào mòn” lợi nhuận do chi phí dự phòng rủi ro tăng lên. Nợ xấu sẽ ngày càng đáng lo hơn nếu đặt trong bối cảnh phải tuân thủ chuẩn mực của Basel II. Nếu không đƣợc giải quyết sớm, tỷ lệ an toàn vốn của ngân hàng sẽ xuống rất thấp.
Bên cạnh yêu cầu xử lý dứt điểm nợ xấu, áp lực tăng vốn cũng đang là vấn đề cấp bách để các ngân hàng đáp ứng chuẩn Basel II. Thống kê sơ bộ cho thấy, hiện mới chỉ có Vietcombank, VIB, OCB đƣợc NHNN trao quyết định thực hiện chuẩn mực an toàn vốn Basel II. Vấn đề đặt ra là nếu không tăng đƣợc vốn, các ngân hàng cũng không dám đẩy mạnh tăng trƣởng tín dụng và với bối cảnh của Việt Nam hiện nay, nếu tín dụng không tăng thì khó có thể đạt lợi nhuận cao. Trong năm 2019, các ngân hàng cần khẩn trƣơng mới có thể đáp ứng đƣợc hai văn bản quan trọng do NHNN ban hành để hƣớng dẫn cụ thể việc triển khai Basel II là Thông tƣ số 41/2016/TT-NHNN quy định tỷ lệ an toàn vốn đối với ngân hàng, chi nhánh ngân hàng nƣớc ngoài (hiệu lực từ 1/1/2020) và Thông tƣ số 13/2018/TT-NHNN quy định về hệ thống kiểm soát nội bộ của ngân hàng thƣơng mại, chi nhánh ngân hàng nƣớc ngoài tại Việt Nam. Dù tính toán theo các quy định hiện tại, tỷ lệ an toàn vốn của toàn hệ thống ngân hàng vẫn trên 12%. Tuy nhiên, nếu áp dụng theo Thông tƣ số 41/2016/TT-NHNN, hệ số này sẽ bị giảm xuống khá nhiều, có thể dƣới 8%.
Chƣa kể, Việt Nam còn phải đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức từ diễn biến phức tạp của tình hình tài chính, thƣơng mại và đầu tƣ quốc tế, quá trình tái cơ cấu lại nền kinh tế chƣa có chuyển biến nhiều về chất; áp lực lạm phát gia tăng; giải ngân vốn đầu tƣ công còn chậm; thiên tai, bão lũ, dịch bệnh diễn biến phức tạp, khó lƣờng. Bên cạnh đó, kinh tế toàn cầu vẫn tồn tại nhiều rủi ro. Thƣơng mại toàn cầu tăng chậm hơn dự báo do những thay đổi trong chính sách thƣơng mại của Mỹ, bất ổn do chủ nghĩa bảo hộ mậu dịch gia tăng, căng thẳng trong quan hệ thƣơng mại
giữa Mỹ với một số nền kinh tế lớn (nhƣ EU, Trung Quốc, Nhật Bản), nhiều quốc gia đã chuyển sang áp dụng chính sách tiền tệ thắt chặt và điều chỉnh chính sách thuế, từ đó tác động đến tài chính toàn cầu và sự luân chuyển các dòng vốn đầu tƣ quốc tế; lạm phát toàn cầu những tháng đầu năm có xu hƣớng tăng cao hơn năm 2017 do giá năng lƣợng, đặc biệt là giá dầu bình quân tăng mạnh; các đồng tiền mạnh trên thế giới, đặc biệt là USD và nhân dân tệ biến động bất thƣờng, từ đó tạo áp lực lớn cho công tác điều hành lĩnh vực Tài chính - Ngân hàng trong nƣớc.