Việc tổ chức bộ máy kế toán quản trị trong các doanh nghiệp phải phù hợp với đặc điểm hoạt động kinh doanh, quy mô đầu tư và địa bàn hoạt động. Đồng thời phù hợp với mức độ phân cấp quản lý tài chính trong các doanh nghiệp. Bộ máy kế toán phải gọn nhẹ, khoa học, hợp lý và hiệu quả cao trong việc cung cấp thông tin cho nhà quản trị.
toán quản trị theo một trong các mô hình sau:
(1) Mô hình kết hợp KTTC và KTQT
Theo mô hình này kế toán trưởng chịu trách nhiệm chung về toàn bộ công tác kế toán trong doanh nghiệp từ việc tổ chức xây dựng bộ máy kế toán, lưu chuyển chứng từ, vận dụng tài khoản, hệ thống báo cáo…nhằm cung thông tin cho nhà quản trị. Các bộ phận kế toán có chức năng thu thập và cung cấp thông tin kế toán vừa tổng hợp, vừa chi tiết...đồng thời lập dự toán tổng hợp và chi tiết theo yêu cầu quản lý. KTQT chi phí đặt trọng tâm vào việc xây dựng, kiểm tra, xác định và hoạch định các chi phí trong hoạt động sản xuất kinh doanh. Khi đó doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai phương pháp xác định chi phí và giá thành sản phẩm: phương pháp kế toán chi phí, tính giá thành sản phẩm theo công việc và phương pháp kế toán chi phí, tính giá thành theo quá trình sản xuất.
Mô hình kết hợp là mô hình gắn kết hệ thống kế toán quản trị và hệ thống kế toán tài chính trong một hệ thống kế toán thống nhất với bộ máy kế toán chung và công tác kế toán chung. Mô hình này sẽ tiết kiệm được chi phí vận hành hệ thống kế toán nhưng hiệu quả sẽ không cao.
(2) Mô hình tách biệt KTTC và KTQT
Mô hình tách biệt là mô hình tổ chức hệ thống kế toán quản trị độc lập với hệ thống kế toán tài chính cả về bộ máy kế toán và công tác kế toán. Với mô hình này, hệ thống kế toán quản trị chi phí sẽ phát huy được tối đa vai trò của mình, tuy nhiên doanh nghiệp sẽ phải trang trải rất nhiều chi phí để vận hành mô hình này. Tính thực tiễn của mô hình tách rời không cao vì rất ít các doanh nghiệp có đủ năng lực tài chính để vận hành đồng thời hai hệ thống kế toán mặc dù những lợi ích của việc cung cấp thông tin mà hai hệ thống này mang lại sẽ cao hơn so với mô hình kết hợp. Trong mô hình này, KTQT đặt trọng tâm vào việc xác định và kiểm soát chi phí ở các doanh nghiệp sản xuất bằng cách chia chi phí theo các trung tâm trách nhiệm quản lý, phân tích và đánh giá tìm ra các nguyên nhân làm sai lệch chi phí và điều hòa mối quan hệ giữa KTTC và KTQT. Chi phí sẽ được lập dự toán và tất cả các chi phí sẽ được tập hợp theo các bộ phận tạo thành các trung tâm phân tích, bao gồm trung tâm chính và trung tâm phụ. Ở đây, những khoản chi phí phát sinh ở trung tâm nào thì sẽ
được phản ánh vào trung tâm đó. Cuối kỳ chi phí của các trung tâm phụ được phân bổ cho các trung tâm chính sau đó được phân bổ vào giá thành theo những tiêu thức thích hợp.
Đặc điểm nổi bật là các chi phí trong KTTC được phân loại theo bản chất kinh tế, việc phân loại này chỉ mang tính tổng quát mà chưa cung cấp được các thông tin cần thiết để tính toán giá thành trong KTQT. Do đó các chi phí của KTTC khi chuyển sang KTQT, đại bộ phận chi phí được đưa vào giá thành, những khoản chi phí này gọi là chi phí phân bổ. Tuy nhiên có một số khoản chi phí không được đưa vào giá thành gọi là chi phí không phân bổ. Như vậy, chi phí không phân bổ là những chi phí mà ở KTTC được coi là chi phí nhưng ở KTQT không coi đó là chi phí và không tính vào giá thành. Ngược lại có một số khoản mục ở KTTC không coi là chi phí như tiền lương của chủ doanh nghiệp, lãi cố định hàng năm của cổ đông... nhưng KTQT lại phản ánh chúng vào giá thành sản phẩm. Các khoản này KTQT gọi là chi phí bổ sung.