- Quy mô không lớn
Về công suất thủy điện nhỏ có công suất từ 200 kW đến 10.000 kW, thuỷ điện vừa có công suất từ 10.000kW đến 100.000 kW. Quy mô công trình thì thông thường là đập thấp, đường hầm nhỏ, khối lượng xây dựng không lớn, số lượng tổ máy thông thường là 2-3 tổ máy, máy biến áp, trạm phân phối điện và đường dây tải điện thường là 35 kV hoặc 110 kV. Từ đó các nhà đầu tư thường đặt mục tiêu tiến độ thi công ngắn (chừng khoảng 2-3 năm là đưa nhà máy vào vận hành).
- Diện tích lưu vực nhỏ
Hồ chứa có dung tích bé, hoặc không có hồ chứa. Nhiều nhà máy chạy bằng lưu lượng cơ bản của sông, suối thông qua xây dựng đập dâng. Có nhà máy, hồ chứa bé điều tiết ngày, hoặc tuần phát điện vào giờ cao điểm. Và như vậy thủy điện vừa và nhỏ không làm được nhiệm vụ chống lũ cho hạ du.
- Diện tích rừng chặt phá nhỏ
Mặt bằng xây dựng thuỷ điện vừa và nhỏ không lớn, diện tích chiếm đất không nhiều do quy mô công trình và khối lượng xây dựng không lớn. Cũng với lý do trên mà diện tích rừng bị chặt phá thực chất cho công trình là không nhiều.
- Thủy điện vừa và nhỏ không có chức năng cắt lũ
Cũng phải nói thêm rằng, kể cả một số công trình thuỷ điện lớn cũng không thể làm nhiệm vụ chống lũ cho hạ du vì công trình đó không có dung tích hồ chứa đủ lớn để làm nhiệm vụ cắt lũ, phòng và chống lũ cho hạ du. Trong trường hợp đó, nó chỉ có khả năng chứa lại nước và làm chậm lũ lại, khi nước hồ đạt đến mức nước dâng bình thường thì bắt buộc phải xả qua tràn để bảo đảm an toàn cho công trình.
- Hiệu quả kinh tế không cao
Hiệu quả đầu tư thuỷ điện vừa và nhỏ không cao bằng thuỷ điện lớn. Theo thống kê 25 công trình thuỷ điện lớn đã được xây dựng và đưa vào vận hành và đưa về mặt bằng giá năm 2010 thì các thuỷ điện lớn có suất đầu tư vào khoảng 20-25 tỉ đồng/MW trừ những công trình đặc biệt như: Sơn La, Tuyên Quang, Bản Vẽ… có nhiệm vụ chống lũ và cấp nước cho hạ du, xây dựng các khu tái định cư với quy mô lớn. Trong khi đó suất đầu tư của các thuỷ điện vừa và nhỏ vào khoảng 25 - 30 tỉ đồng/MW, có dự án còn lớn hơn. Ví dụ, Thủy điện Mường Kim (Yên Bái) 13,5 MW, tổng mức đầu tư 300 tỉ đồng (22 tỉ đồng/MW), Thủy điện Bắc Hà (Lào Cai) 90 MW, tổng mức đầu tư 2450 tỉ đồng (27 tỉ đồng/MW), Thủy điện Ngòi Phát (Lào Cai) 72 MW tổng mức đầu tư 2000 tỉ đồng (28 tỉ đồng/MW)...