Văn phòng Đăng ký đất đai Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 818/QĐ-UBND, ngày 18/9/2008 của UBND thành phố Hà Nội trên cơ sở hợp nhất Văn phòng Đăng ký đất đai Hà Nội trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội (cũ) với Văn phòng Đăng ký quyền sử dụng đất trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Tây (cũ).Trụ sở chính của văn phòng đặt tại: số 10, phố Đặng Dung, quận Ba Đình, Hà Nội và số 105, đường Tô Hiệu, Hà Đông, Hà Nội.
Khi Luật Đất đai năm 2013 có hiệu lực, thay thế cho Luật Đất đai năm 2003, ngày 15/5/2014, Chính phủ đã ban hành Nghị định số43/2014/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Đất đai 2013. Theo đó, các Văn phòng đăng ký đất đai cấp tỉnh thuộc các Sở Tài nguyên và Môi trường và các Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất trực thuộc UBND các quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh được sáp nhập thành một Văn phòng Đăng ký đất đai duy nhất ở mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.
Ngày 31/3/2015, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số1358/QĐ-UBND về việc thành lập Văn phòng đăng ký đất đai Hà Nội trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở tổ chức lại Văn phòng đăng ký đất đai Hà Nội trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường và các Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất trực thuộc Ủy ban nhân dân các quận, huyện, thị xã. Theo Quyết định này, vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và biên chế của Văn phòng Đăng ký đất đai Hà Nội đã có những thay đổi so với trước đó; cụ thể: