Vấn đề nảy sinh liên quan đến việc áp dụng quy định về quyền đăng ký sáng chế được tạo ra từ ngân sách nhà nước. Luật Sở hữu trí tuệ và các văn
bản hướng dẫn thi hành quy định quyền sở hữu sáng chế được tạo ra do sử dụng ngân sách nhà nước sẽ thuộc về Nhà nước. Chủ đầu tư để tạo ra sáng chế đó được nhà nước giao quyền đăng ký để trở thành chủ văn bằng bảo hộ và có trách nhiệm quản lý, khai thác quyền đối với sáng chế đó như một loại tài sản của nhà nước. Tuy nhiên, trên thực tếviệc áp dụng quy định này không được chặt chẽ và đúng đắn dẫn tới đầu tư của nhà nước (thực tế là từ tiền đóng thuế của người dân) cho hoạt động nghiên cứu khoa học công nghệ không có hiệu quả. Mặc dù đã có quy định như trên nhưng thực tếvẫn xảy ra là nhiều chủ nhiệm đề tài hoặc các nhà khoa học tham gia nghiên cứu đã tự ý hoặc với sự thoả thuận (trái pháp luật) của cơ quan quản lý đề tài tiến hành các thủ tục đăng ký sáng chế dưới tên cá nhân mình. Trường hợp ngược lại, do sựquản lý không chặt chẽcủa cơ quan quản lý nhà nước, hàng loạt các kết quả nghiên cứu sử dụng ngân sách nhà nước có thể được bảo hộ sáng chế nhưng lại bị lãng quên. Một vấn đề khác liên quan đến việc xác định người có quyền đăng ký sáng chế trong trường hợp này. Đúng ra, các trường đại học, các viện nghiên cứu - là những đơn vị chủ yếu sửdụng nguồn ngân sách nhà nước để nghiên cứu hiện nay - cần phải là đơn vị được giao quyền đăng ký, quản lý và khai thác sáng chế được tạo ra từ ngân sách nhà nước. Trong khi đó, nếu áp dụng đúng quy định pháp luật hiện nay thì chủ đầu tư là các ban quản lý dự án, các sở khoa học và công nghệ v.v... mới là chủ đầu tư thực sự nhưng nếu họ là người đi đăng ký sáng chế và quản lý, khai thác sáng chế thì thực sựsẽ không mang lại hiệu quả.