Theo ý kiến của các doanh nghiệp trên địa bàn thành phố Hải Dương, vấn đề khó khăn về chính sách ưu đãi thuế TNDN vẫn nằm ở việc các văn bản quy định vẫn còn khá rắc rối và khó hiểu. Để xác định được diện ưu đãi vẫn còn gặp nhiều khó khăn và phải qua nhiều khâu giám sát cũng như thủ tục
hành chính. Ví dụ: Luật thuế TNDN số 32/2013/QH13 có hiệu lực từ ngày 01/01/2014; tuy nhiên đến khi luật có hiệu lực thì lại có quá nhiều văn bản hướng dẫn thi hành. Hơn nữa, theo ý kiến của nhiều doanh nghiệp, thực tế trên địa bàn thành phố Hải Dương, việc tuyên truyền các chính sách thuế mới tuy đã có thực hiện nhưng lại chưa được cụ thể, gây khó khăn cho doanh nghiệp. Chính vì vậy thường xuyên xảy ra tình trạng các doanh nghiệp phải gửi công văn hỏi đến Chi cục thuế, điều nay dẫn đến việc mất thời gian của các doanh nghiệp trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Bên cạnh đó, nếu so sánh với thuế của nước ngoài thì hầu hết các luật thuế đều có quy định về ưu đãi. Trong đó, cơ chế ưu đãi có tính công bằng và khách quan nhất là các cơ chế miễn, giảm, giải thoát nghĩa vụ thuế cho người nộp thuế trong các trường hợp bất khả kháng như thiên tai, địch họa, tai nạn bất ngờ... Ngoài ra, các cơ chế ưu đãi thuế khác được xây dựng nhằm thực hiện các mục tiêu, chủ trương, chính sách của nhà nước trong từng thời kỳ nhất định nhằm khuyến khích phát triển kinh tế xã hội, thu hút đầu tư, phát triển sản xuất kinh doanh vào các lĩnh vực, ngành nghề, các địa bàn cụ thể, hoặc tạo ảnh hưởng tác động đến thực hiện một số chính sách xã hội trong từng giai đoạn lịch sử cụ thể.
Như vậy, có thể thấy chính sách thuế cùng với các cơ chế ưu đãi luôn có quá trình vận động, thay đổi một cách biện chứng với sự phát triển của hoàn cảnh kinh tế - xã hội của mỗi quốc gia trong từng thời kỳ. Sự khác biệt về mức điều tiết trong từng sắc thuế cũng như các cơ chế ưu đãi thuế giữa các quốc gia xảy ra khá phổ biến, tuy nhiên nó cũng có tác động tới việc thu hút các nguồn đầu tư quốc tế cũng như góp phần vào năng lực cạnh tranh của hàng hóa sản xuất trong nước [38].
Qua áp dụng thực tế, các doanh nghiệp trên địa bàn thành phố đều có phản ánh là pháp luật của Việt Nam có khá nhiều điểm khác biệt so với pháp
luật của các nước trên thế giới, nhất là trong vấn đề ưu đãi thuế. Các nước đặt vấn đề về ưu đãi thuế để phát triển và thu hút đầu tư nên từ việc áp dụng đến việc thực thi đều khá dễ dàng, còn với những văn bản pháp luật của Việt Nam về vấn đề ưu đãi thuế thì nặng về lý thuyết, có nghĩa là khả năng thực thi không cao. Cụ thể: Điều kiện để được hưởng ưu đãi khá là khắt khe, các doanh nghiệp phải chứng minh được nguồn vốn, thu nhập và sau đó phải thông qua sự kiểm tra đánh giá của cơ quan thuế. Điều này sẽ mất một thời gian khá dài nếu doanh nghiệp đủ điều kiện hưởng ưu đãi. Hơn nữa, theo quy định trong luật thuế TNDN năm 2008 cũng như luật thuế TNDN năm 2013 thì những ưu đãi thuế hiện nay chỉ tập trung vào một số ngành mũi nhọn, ở những vùng có điều kiện kinh tế đặc biệt khó khăn hoặc những ngành nghề liên quan đến xã hội hóa, văn hóa… Đặc biệt trong Luật thuế TNDN số 32/2013/QH13 thì những ngành nghề được hưởng ưu đãi thu hẹp hơn rất nhiều so với Luật thuế TNDN năm 2008. Điều này tưởng chừng như làm giảm bớt sự dàn trải của những quy định trong Luật thuế TNDN năm 2008, nhưng trên thực tế lại gây khó khăn cho doanh nghiệp trong vấn đề ưu đãi thuế và thu hút sản xuất.
Ngoài ra với những quy định hiện hành, một doanh nghiệp muốn được hưởng ưu đãi sẽ phải chuẩn bị rất nhiều giấy tờ để chứng minh cho cơ sở của mình đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi, thủ tục hành chính khá rườm rà. Điều này không chỉ gây khó khăn cho doanh nghiệp mà còn là thách thức lớn đối với đội ngũ cán bộ thuế khi thực hiện nhiệm vụ.