Trình tự thủ tục thực hiện ưu đãi thuế TNDN căn cứ vào phương thức tình thuế và cách thức xác định thu nhập tính thuế để tính số thuế phải nộp trong kỳ. Thủ tục này được quy định tại Luật thuế TNDN số 32/2013/QH 13 và theo quy định tại khoản 1 Điều 6 Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN quy định:
1. Thu nhập tính thuế trong kỳ tính thuế được xác định như sau: Thu nhập tính thuế = Thu nhập chịu thuế - Thu nhập được miễn thuế + Các khoản lỗ được kết chuyển theo quy định 2. Thu nhập chịu thuế được xác định như sau:
Thu nhập
chịu thuế = Doanh thu - Chi phí được trừ +
Các khoản thu nhập khác Doanh nghiệp có nhiều hoạt động kinh doanh thì thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh là tổng thu nhập của tất cả các hoạt động kinh doanh. Trường hợp nếu có hoạt động kinh doanh bị lỗ thì được bù trừ số lỗ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động kinh doanh có thu nhập do doanh nghiệp tự lựa chọn. Phần thu nhập còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp của hoạt động kinh doanh còn thu nhập.
Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư,
chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản phải xác định riêng để kê khai nộp thuế. Trường hợp chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ dự án thăm dò, khai thác khoáng sản), chuyển nhượng bất động sản nếu bị lỗ thì số lỗ này được bù trừ với lãi của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ tính thuế. Trường hợp doanh nghiệp làm thủ tục giải thể có bán bất động sản là tài sản cố định thì thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (nếu có) được bù trừ với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Như vậy, Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.
Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế TNDN được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
Trình tự thủ tục trên được quy định trong pháp luật thuế TNDN Việt Nam khá phù hợp với xu hướng và nguyên tắc của thế giới, đồng thời quy định khá rõ ràng về cách thức tính, từng trường hợp được xét ưu đãi, miễn giảm thuế để trừ vào thu nhập chịu thế. Với cách thức xác định ưu đãi thuế TNDN như vậy, một số quốc gia còn thực hiện chính sách giảm trực tiếp nghĩa vụ thuế (số thuế phải nộp). Điển hình là Hàn Quốc áp dụng chính sách giảm nghĩa vụ thuế theo đó:
lượng, đảm bảo an toàn thì được giảm trừ 3% số thuế TNDN phải nộp; DN đầu tư phát triển công nghệ và nguồn nhân lực phục vụ cho nghiên cứu và phát triển và đào tạo nghề được giảm trừ 10% số thuế phải nộp; DN đầu tư nhằm tiết kiệm năng lượng trước 31/12/2011 và đầu tư nhằm bảo vệ môi trường trước ngày 31/12/2013 được giảm trừ 10% số thuế phải nộp. Số thuế chưa được giảm trừ sẽ được chuyển sang 5 năm tiếp theo.
Ưu đãi thuế thông qua chính sách chuyển lỗ cũng được khá nhiều nước áp dụng, song phương thức và thời gian chuyển lỗ ở các nước cũng khá đa dạng. Hầu hết các nước chỉ cho phép DN được chuyển lỗ sang năm tiếp theo, song có nước khống chế, có nước không khống chế số năm được chuyển lỗ. Tuy nhiên, cũng có nước (Pháp, Hàn Quốc) cho phép chuyển lỗ trở về trước với những điều kiện cụ thể (về số tiền tối đa được chuyển lỗ, về thời hạn khai thuế và quyết toán thuế) bởi việc quản lý thuế khá phức tạp.