Dưới tỏc động của cơ chế thị trường việc sản xuất hàng nụng lõm sản cũng gặp nhiều khú khăn.
Trước hết là tỡnh trạng giỏ nụng lõm sản quỏ thấp so với giỏ thành kinh tế hàng cụng nghiệp. Sự thua lỗ của một số mặt hàng nụng lõm sản chủ yếu là do chờnh lệch giữa giỏ đầu ra quỏ thấp và giỏ đầu vào quỏ cao. Khụng những giỏ yếu tố đầu vào “trực tiếp” là tư liệu sản xuất nụng lõm nghiệp như phõn hoỏ học, mỏy múc, điện... mà giỏ đầu vào “giỏn tiếp” là cỏc hàng cụng nghiệp tiờu dựng của cụng nụng dõn như vải, thuốc, hàng tiờu dựng đều cao. Rừ ràng cỏnh kộo giữa hàng nụng lõm sản và hàng cụng nghiệp ngày càng bất lợi cho nụng dõn. So với cỏc nước khỏc như Phỏp và Thỏi Lan là những nước cú nền nụng nghiệp phỏt triển thỡ tỷ lệ trao đổi của Việt Nam bất lợi cho người sản xuất hơn nhiều. Nhiều khi nú cản trở lớn đến hoạt động xuất khẩu nụng lõm sản vỡ do nụng dõn khụng chỳ trọng về đầu tư vốn và cụng nghệ phỏt triển nghành này, do lợi nhuận của mặt hàng này kộm xa so với mặt hàng cụng nghiệp.
Sau nữa do đặc điểm của sản xuất nụng nghiệp mang tớnh thời vụ nờn khi vào vụ thu hoạch cung nụng sản tăng lờn đột ngột làm cho giỏ nụng sản giảm xuống mạnh nờn khụng thể khụng dẫn đến giỏ bỏn thấp hơn giỏ thành sản xuất làm cho nhà sản xuất bị thua lỗ nặng. Chớnh vỡ mặt hàng này mang tớnh thời vụ nờn 9 thỏng
đầu năm 1999 chỳng ta đó xuất khoảng 3,82 triệu tấn gạo tăng 22% so với năm 1998 nhưng do giỏ giảm trung bỡnh khoảng 223USD/ tấn do với giỏ bỡnh quõn 9 thỏng đầu năm 1998 là 265 USD nờn kim ngạch xuất khẩu chỉ tăng 3% so với cựng kỳ năm 1998. Cũn khi vào vụ gieo trồng nhu cầu vật tư nụng nghiệp tăng mạnh, giỏ vật tư tăng lờn, nụng dõn phải bỏn ra cựng một lỳc một lượng nụng sản khỏ lớn để trả nợ ngõn hàng nộp thuế và mua vật tư nờn giỏ nụng sản giảm do vậy cỏnh kộo càng tăng lờn.