Trong cơ cấu hàng xuất khẩu của Việt Nam, cỏc doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu nụng lõm sản vẫn chưa xõy dựng được mặt hàng chủ lực đi đụi với đa dạng hoỏ cỏc mặt hàng cũng như chưa xõy dựng được thị trường trọng điểm kết hợp với đa dạng hoỏ thị trường nờn chưa đẩy mạnh tốc độ xuất khẩu nụng lõm sản.
Mặt khỏc mặt hàng nụng lõm sản vẩn chưa được chỳ trọng về vốn và cụng nghệ chế biến nờn 70-80% lượng xuất khẩu mặt hàng này chủ yếu là ở dạng thụ, dạng nguyờn liệu nờn hiệu quả kinh tế thấp, thờm vào đú là chưa tận dụng được lao động và vốn của ngành. Chớnh điều đú đó dẫn đến sức cạnh tranh của hàng nụng lõm sản của ta quỏ kộm so với cỏc đối thủ cạnh tranh như Thỏi Lan, Indonesia, Colombia, Brazin... nờn giỏ bỏn của cỏc mặt hàng này luụn thấp hơn làm cho thu nhập từ hoạt động xuất khẩu thấp cú khi cũn bị lỗ.
Thị trường xuất khẩu của cỏc doanh nghiệp cũn hạn hẹp, rải rỏc với số lượng nhỏ, chưa cú thị trường truyền thống, đõy là thỏch thức lớn đối với hoạt động xuất khẩu của Việt Nam. Đến năm 1998 thị trường xuất khẩu chớnh của Việt Nam vẫn là chõu ỏ (chiếm 77% tổng giỏ trị xuất khẩu). Vỡ thế 2 năm 1997, 1998 khu vực này bị khủng hoảng tài chớnh sức mua giảm sỳt mạnh đó tạo nờn một khoảng trống lớn đối với thị trường xuất khẩu của Việt Nam. Mặc dự chỳng ta đó cú cố gắng tỡm kiếm và mở rộng thị trường sang EU và Bắc Mỹ và đó đem lại những kết qủa nhất định song chỉ là bước đầự, giỏ trị thực tễ và tỷ trọng của khu vực này trong tổng giỏ trị cũn rất bộ chưa đủ sức làm xoay chuyển quy mụ và tốc độ xuất khẩu hàng hoỏ núi chung. Đồng thời thị trường thu mua hàng nụng lõm sản cũng cú đặc điểm tương tự nờn mỗi khi cú hợp đồng xuất thỡ cụng tỏc thu mua hàng xuất khẩu lại trở thành vấn đề nan giải đối với nhà kinh doanh thương mại. Nguyờn nhõn là do cỏc doanh nghiệp thương mại vẫn chưa thiết lập được mối quan hệ lõu dài bền vững với hai đầu nhập và xuất.
Khú khăn nữa mà cỏc nhà kinh doanh khụng trỏnh khỏi đú là khõu tổ chức xuất khẩu nụng lõm sản chưa hợp lý trong đú rừ nhất là quỏ nhiều đầu mối dẫn đến tỡnh trạng tranh mua, tranh bỏn, giành giật thị trường trong nước cũng như ngoài nước. Chớnh việc tổ chức khụng ổn định, kỷ cương phộp nước khụng nghiờm làm cho việc thu mua và chế biến xuất khẩu nụng lõm sản phõn tỏn, khụng thống nhất ảnh hưởng xấu đến người sản xuất cũng như khỏch hàng nước ngoài dẫn đến sự
mất uy tớn và phỏ vỡ quan hệ buụn bỏn lõu dài đối với bạn hàng truyền thống. Sự cạnh tranh găy gắt mua nguyờn liệu, bỏn sản phẩm đó và đang làm cho một số doanh nghiệp chế biến nụng lõm sản xuất khẩu thua lỗ trầm trọng.