Ngay từ đầu hai trường phái này có liên quan với nhau và về sau hoà vào nhau làm một gọi chung là Nyaya-Vaisesika. Tư tưởng cơ bản là Nyaya- sutra của Gauxtama với các nội dung bàn về logíc học, lý luận nhận thức và nguyên tử luận. Còn Vaisesika-sutra của Kanada cũng với nội dung như Nyaya- sutra và cho đến nay chúng ta vẫn chưa biết rõ về lịnh sử của các tác giả này và thời gian biên soạn các bộ kinh cả. Mọi mốc thời gian liên quan đến hai trường phái này đều là ở dạng suy đoán. Quan điểm của Vaisesika lần đầu tiên được trình bày ở dạng rõ ràng vào thế kỷ thứ V tcn còn với trường phái Nyaya là ở thế kỷ thứ IV tcn.
Trường phái này thừa nhận tính khách quan của khánh thể nhận thức. Họ đấu tranh không khoan nhượng với chủ nghĩa duy tâm trong triết học. Nyaya và Vaisesika đều chống lại quan điểm cho rằng nhận thức không thể kiểm tra được. Theo họ, nhận thức có thể tin cậy, cũng có thể không tin cậy, nhưng con người phải nhận thức phản ánh không nghi ngờ, trung thành với hình ảnh của đối tượng.
Nhận thức không tin cậy theo các phái này không nhất thiết là giả. Nhận thức đúng đắn khi nó phù hợp với bản chất của đối tượng và ngược lại nhận thức là giả khi nó không phù hợp với bản chất của đối tượng. Họ đã đi gần đến quan điểm thực tiễn là thước đo duy nhất để kiểm tra nhận thức.
Hai hệ thống triết lý này thừa nhận sự tồn tại khách quan của thế giới nhận thức. Theo họ, thực thể là một phạm trù cơ bản phản ánh bản chất của sự vật, hiện tượng và vật thể có chín dạng sau: đất, nước, lửa, gió, không khí, không gian, thời gian, linh hồn và trí tuệ. Họ cũng chia nhận thức thành bốn
loại là: tri giác; kết luận; ký ức và trực giác, nhưng trong đó chỉ có trực giác mới đem lại cho con người chân lý. Về nhận thức luận, thời sơ kỳ họ là duy vật nhưng siêu hình không biện chứng, về sau là duy cảm chủ quan rơi vào duy tâm. Khi thừa nhận thế giới do nguyên tử tạo nên, Nyaya còn thừa nhận trong thế giới có vô số sinh linh ở thể tự do hoặc gắn liền với nguyên tử vật chất (Ya). Đồng thời trong thế giới cũng tồn tại lực lượng siêu nhiên là thần Isvasa. Tuy không là đấng sáng tạo, nhưng Isvasa chỉ đạo sự phối hợp giữa các nguyên tử với nhau gây ra mối liên hệ giữa linh hồn với nguyên tử. Isvasa có quyền uy vạn năng, tối cao của vũ trụ. Vaisesika giai đoạn đầu thừa nhận có hai loại linh hồn đó là linh hồn cá biệt và linh hồn tối đa, về sau họ lại cho chỉ có một linh hồn tối cao, toàn năng sáng tạo và chỉ huy thế giới. Lúc đầu họ cho sự tác động kết hợp giữa các nguyên tử tạo nên vạn vật không phải do thần thánh mà là do một năng lực vô hình, vô kiến và về sau họ lại coi năng lực này là linh hồn thế giới. Chứng tỏ họ là duy tâm hữu thần (thừa nhận thần).
Về tư tưởng giải thoát, Gautama đã nêu lên ngay ở đầu cuốn sách của mình rằng, ông muốn chỉ ra cho con người ta cách đạt tới Niết bàn (Nirvana), diệt được mọi nhục thể, làm cho linh hồn con người, tâm con người trở nên thanh thoát và tự tại. Muốn được như thế, con người phải có tư duy mạch lạc, sáng suốt, hợp quy luật logíc hay sự nhận thức đúng đắn. Cho nên, các nhà thông thái gọi hệ thống triết lý Nyaya là phái "chính lý" hay "khoa học lý luận".
Nguyên do của những nỗi khổ trong đời sống con người, theo triết lý Nyaya chính là do những linh hồn bất tử luôn bị trói buộc bởi những nguyên tử vật chất hay thân xác con người, với những tham vọng, mê muội, thúc đẩy con người ta hành động chiếm đoạt để thỏa mãn những ham muốn ấy, do đó con người đã gây nên những hậu quả, nghiệp báo, giam hãm linh hồn vào vòng vây tỏa của những nguyên tử hay thể xác con người, không trở về với chân bản tính thanh khiết, bất tử, tồn tại tuyệt đối, vĩnh viễn được. Muốn được giải thoát con người ta cần phải triệt để tuân theo giới luật và tu luyện tọa thiền, xoá bỏ vô tri, mê muội, tạo ra nghiệp thiện, diệt mọi dục vọng bằng phương pháp nhận thức đúng đắn để đạt đến chân lý, tức là đạt tới cảnh giới thanh tịnh, an ủi, giải thoát.
Cũng như Nyaya, Vaisesika đứng trên lập trường triết học tự nhiên để giải thích vạn vật trong vũ trụ. Tư tưởng giải thoát căn bản của Vaisesika là trên cơ sở phân định tiềm năng tri thức của con người, thấu triệt các nguyên lý hình thành sự vật, hiện tượng và bản chất của con người để đi tới giải thoát. Để
giải thoát linh hồn cá biệt thoát khỏi những đam mê, dục vọng, Vaisesika không chủ trương lễ bái, tích luỹ khổ tu, tin tưởng vào thượng đế, hay tinh thần sáng tạo vũ trụ tối cao mà đề ra con đường nhận thức thấu triệt bảy loại nhận thức (Padartha), hiểu rõ bản chất của linh hồn và tiết chế dục vọng của mình theo phương pháp của Yoga và diệt hết nghiệp lực thì mới có thể giải thoát được linh hồn cá biệt ra khỏi vòng vây hãm của bảy nguyên lý tạo thành vạn vật của vũ trụ và thế giới nguyên tử, mà tồn tại bất diệt, thanh tịnh và vĩnh viễn được.
Theo Nayaya-Vaisesika, mục đích cuối cùng của sự giải thoát là cứu rỗi tín đồ thoát khỏi vòng luân hồi. Mục tiêu này cũng là mục tiêu của tất cả các học thuyết Ấn Độ cổ-trung đại. Nhưng, trong lúc rất nhiều học thuyết Ấn Độ
đều nhằm mục đích tiêu cực thì học thuyết Nyaya lại tập trung đưa con người vào một sự nhận thức tích cực, "nó bảo vệ giá trị của lý luận và tri giác chống lại mọi sự phê phán của các trường phái đối lập, chủ yếu là Phật giáo đại thừà"[22; 116]. Nyaya đã đưa ra quan niệm: "tri giác là sự nhận thức phát sinh
từ sự tiếp cận của các giác quan với đối tượng của chúng, nó có đặc điểm là có giá trị chắc ngay, không thể sai lầm được nhưng chưa xây dựng được bằng một sự chỉ định bằng ngôn ngữ"[22; 117]. Nyaya-Vaisesika có đóng góp có giá trị lớn với nhân loại. Đây là một sự tổng hợp, chọn lọc rất đáng quý, các tiền đề của khoa học thực nghiệm và thấy rõ tính chất tích cực, chắc chắn của phép logíc ở Ấn Độ trong những thế kỷ đầu công nguyên và nói lên các phẩm chất hiện thực, tinh thần của con người đương thời.