Thực dân Pháp và chính quyền Nam triều đã đa bà Nguyễn Thị Thanh đến giam ở nhà lao Quảng Ngãi. Mặc dù sống trong cảnh tù đày, nhng cũng chính ở đây bà đã phát huy đợc những vốn kiến thức đã học khi còn ở xứ Nghệ. Những bài thuốc đã học, các phơng thuốc nam đợc bà đem ra áp dụng chữa trị cho mọi ngời. Trong số đó các bệnh nhân của bà Nguyễn Thị Thanh có vợ của án sát Quảng Ngãi
là Phạm Bá Hổ, nên rất đợc quan án sát quan tâm, nể trọng. Gia đình Phạm Bá Hổ đã đón bà Thanh từ nhà tù về nhà riêng làm hành dịch và dạy học cho con của mình là Phạm Bá Nguyên. Đây đợc xem là một trờng hợp đặc biệt khác với quy chế của triều đình phong kiến Nguyễn và chính quyền thực dân trên đất nớc ta lúc bấy giờ.
Năm 1922, bà Nguyễn Thị Thanh đã rời t gia của án sát Phạm Bá Hổ về an trí ở Huế dới sự giám sát chặt chẽ của bọn thống trị. Trong thời gian bị đi đày bà cũng có nhiều đối tợng quan tâm, trong đó có cả nhiều vị quan trọng triều đình Huế tỏ lòng thơng mến, muốn hỏi bà làm vợ nh ông: Diệp Văn Kỳ, Lê Cơng Phụng, Đào Trinh Nhất, hay ông Nam Ký, Công Ký...nhng bị từ chối khéo [29, 19]. Thời gian ở Huế bà Nguyễn Thị Thanh sống trong căn nhà 71B Đinh Tiên Hoàng - Huế, sau đó chuyển về ở trong nhà 16B Hộ Thành. Sống an trí ở Huế dới sự giám sát chặt chẽ của bọn mật thám nhng bà Thanh đã tìm mọi cách đa hài cốt của mẹ mình - bà Hoàng Thị Loan từ núi Ngự Bình (Huế) về quê nhà làng Kim Liên (Nam Đàn). Nh vậy là sau bao nhiêu năm an nghỉ trên đất khách quê ngời bà Loan đã đợc ngời con gái của mình đa trở lại nơi “chôn rau cắt rốn”.
Tất cả những hành động, việc làm của bà Nguyễn Thị Thanh trên đất Huế luôn đợc mật thám Pháp theo sát để mắt đến. Thông qua những t liệu theo dõi của chúng, chúng ta biết đợc một phần cuộc sống trong thời kỳ này của bà.
Tháng 3 năm 1924, bà Nguyễn Thị Thanh đã từ Huế gửi một lá th sang Pháp cho Nguyễn ái Quốc - em trai của mình lúc này đang hoạt động ở Pháp. Nhng lá th đó đã không đến đợc tay Ngời bởi nó đã bị Chánh mật thám Trung Kỳ giữ lại.
Tháng 3 năm 1925, bà Thanh đi Quảng Nam chữa bệnh.
Tháng 1 năm 1926, khi vua Thành Thái và Duy Tân bị thực dân Pháp giam giữ vì có những việc làm, lời nói cơng nghị, chống Pháp một cách quyết liệt, không dễ gì chúng thao túng đợc thì bà Thanh đã gửi th đến Toàn quyền Đông Dơng và
Khâm sứ Trung Kỳ. Trong th bà Nguyễn Thị Thanh đã thể hiện rõ lập trờng, quan điểm chính trị của mình và xin ân xá cho họ.
Tháng 6 năm 1925, Phan Bội Châu đã bị thực dân Pháp bắt cóc từ Trung Quốc đa về nớc, âm mu bí mật sát hại ông. Chúng đã giam nhà chí sỹ yêu nớc này về Hải Phòng, sau đó bí mật đa về nhà giam Hoả Lò (Hà Nội). Mặc dù thực dân Pháp đã cố tình bng bít mọi thông tin nhng tin Phan Bội Châu bị bắt dần dần lan rộng trong quần chúng. Trong thời gian Phan Bội Châu bị giam ở Hoả Lò, tháng 1 và tháng 2 năm 1926 bà Nguyễn Thị Thanh đã nhiều lần viết th cho ông khuyên ông giữ ý chí cách mạng. Trớc sự đấu tranh của quần chúng, cuối cùng chúng đã buộc phải ân xá cho cụ Phan, đa về giam lỏng tại ngôi nhà tranh ở dốc Bến Ngự - Huế. Nh vậy là cả Phan Bội Châu và bà Nguyễn Thị Thanh đều đang trải qua cuộc sống an trí ở Huế dới sự kiểm soát chặt chẽ của bọn mật thám Pháp. Hai ngời có đồng cảnh ngộ ấy đã thờng xuyên gặp nhau nhiều lần trong khi bị đi đày, một là do đồng hơng, hai là đồng cảnh. Phan Bội Châu ngày càng suy yếu, thực sự xót xa tr- ớc cảnh sống của “ông già Bến Ngự”, cách biệt với cuộc sống cách mạng, bà Thanh trong một lần đến thăm cụ Phan đã xuất khẩu thành thơ:
Tây phong nhật dạ linh nhân lão
Điêu tận chân nhan, bạch tận đầu [21, 81].
(có nghĩa là: ngọn gió tây thổi một đêm làm ngời ta già đi, tàn cả dung nhan, bạc cả đầu)
Tháng 9 năm 1929, khi nghe tin cha mình ông Nguyễn Sinh Sắc bị ốm nặng. Ngày 29 tháng 9, bà đã rời Huế đi Sài Gòn thăm cha.
Đến ngày 27 tháng 10 năm Kỷ Tỵ (1929) ông Nguyễn Sinh Sắc đã mất. Nghe đợc tin đó cuối năm 1929, bà lại rời Huế vào ngay xã Hoà An, huỵên Cao Lãnh, tỉnh Sa Đéc(nay là tỉnh Đồng Tháp) để viếng mộ cha và cảm ơn bà con trong xã Hoà An đã khâm liệm, chôn cất đa cha mình đến nơi an nghỉ cuối cùng.
Ngày 11 tháng 12 năm 1929, bà Thanh trở lại quê nhà Kim Liên để báo tin cha mất với bà con trong hai họ Nguyễn Sinh và Hoàng Xuân. Mật thám Pháp theo dõi rất sát các bớc đi của bà. Ngày 17 tháng 12 năm 1929 sở mật thám đã có báo cáo gửi đến Toàn quyền Pháp ở Đông Dơng.
Năm 1930, bà chuyển về sống ở Nam Dơng xã Quảng Vĩnh, huỵên Quảng Điền trong gia đình ông Nguyễn Xuân Hoà.
Trong hai năm 1937 và năm 1938, bà Nguyễn Thị Thanh sống ở Phù Lê- ngoại vi Huế, với công việc bắt mạch, bốc thuốc chữa bệnh cho nhân dân trong vùng là chính và còn mở các lớp dạy chữ Hán cho con em địa phơng. Đây là thời gian tơng đối ổn định trong cuộc sống của bà Nguyễn Thị Thanh nên đã phát huy đợc những cái đã học đợc để phục vụ cho những ngời dân.
Tuy cuộc sống an trí của bà Thanh bên ngoài có vẻ yên ổn nhng thực ra bà vẫn thờng xuyên theo dõi các hoạt động chính trị. Theo tài liệu của Sở mật thám Pháp cho biết điều đó: Ngày 10 tháng 9 năm 1940, tên Trần Vũ Quảng đã báo cáo cho tổng đốc An Tĩnh biết bà đã đến nhà bà ấm Thực tại làng Mỹ Chanh để nói chuyện chính trị [9, 10].
Ngày 18 tháng 9 năm 1940, bà đã rời Huế kết thúc cuộc hành trình bị đày của mình.
Có thể nói, tuy thời gian an trí ở Huế bà Nguyễn Thị Thanh đã bị thực dân Pháp giám sát tách ra khỏi các phong trào cách mạng nhng không vì thế mà tinh thần yêu nớc “ngừng cháy” trong con ngời bà. Đây cũng chính là một thử thách với những nhà yêu nớc nh bà khẳng định ý chí, nghị lực khi đối đầu với khó khăn, gian khổ.