Khai thác sử dụng tài nguyên chính là khai thác và sử dụng các giá trị của hệ sinh thái. Hệ sinh thái rất có giá trị cho tự nhiên và cho con ng−ời, nếu chúng ta sử dụng chúng một cách hợp lý. Hệ sinh thái biển là hệ rất nhạy cảm nên mức độ tổn th−ơng của hệ sinh thái lại rất cao. Để có đ−ợc một dạng hệ sinh thái hoàn chỉnh, thiên nhiên phải mất hàng triệu năm. Nh−ng con ng−ời chỉ cần vài năm, thậm chí vài tháng đã có thể hoàn thành việc phá đi một hệ sinh thái hoàn chỉnh. Vì vậy vấn đề cốt lõi của khả năng sử dụng hệ sinh thái là sử dụng bền vững, không làm lệch sự cân bằng của hệ. Xem xét chi tiết khả năng tài nguyên của Vịnh Bái Tử Long thì khả năng sử dụng tài nguyên trong các hệ sinh thái phải đảm bảo các định h−ớng sau đây.
- Coi du lịch, đặc biệt du lịch sinh thái là h−ớng phát triển kinh tế và sử dụng tài nguyên có hiệu quả nhất phù hợp với các mục tiêu bảo tồn tự nhiên bảo vệ hệ sinh thái cho các thế hệ sau.
- Khai thác các hệ sinh thái từ các giá trị lấy ra đ−ợc nh− nguồn lợi thuỷ sản, rừng, vật liệu xây dựng, vật liệu sinh học và vật liệu d−ợc học phải tính toán mối quan hệ mật thiết giữa trữ l−ợng tài nguyên và sản l−ợng khai thác nhằm mục đích bảo đảm cho nguồn tài nguyên này có đủ năng lực tự tái tạo lại.
- Tăng c−ờng khai thác các giá trị không lấy ra đ−ợc của hệ sinh thái nh− du lịch, nghỉ d−ỡng, nghiên cứu, giáo dục thẩm mỹ v.v... để giảm thiểu sự khai thác quá mức các giá trị khác.
- Khai thác hệ sinh thái phải đảm bảo an toàn chức năng và di trì chất l−ợng của hệ sinh thái.
Chức năng cơ bản của hệ sinh thái là chức năng nơi sống, môi tr−ờng trao đổi chất, chính là chu trình sống khép kín giữa môi tr−ờng và sinh vật. Nếu khai thác hệ sinh thái làm ảnh h−ởng đến chức năng habitat, chức năng cung cấp, chức năng chuyển đổi của dòng năng l−ợng thì đều làm tổn hại đến nguồn tài nguyên của thuỷ vực.
- Khai thác các hệ sinh thái phải đặc biệt l−u ý đến mức độ nhạy cảm, mức độ tổn th−ơng của mỗi hệ riêng biệt. Ví dụ hệ sinh thái san hô là hệ đặc biệt nhạy cảm, nên việc sự dụng các giá trị lấy ra đ−ợc từ hệ này phải đ−ợc cân nhắc kỹ l−ỡng. Các hồ n−ớc mặn là giá trị đặc biệt của Vịnh thì không nên sử dụng chúng vào mục đích nuôi thuỷ sản v.v..