Hệ gen của ong mật có sự khác biệt so với các loài thực vật và động vật khác bởi vì nó phụ thuộc vào giới tính. Ong A.mellifera có 16 đôi nhiễm sắc thể. Ong thợ và ong chúa đ−ợc tạo ra từ trứng thụ tinh nên có 32 nhiễm sắc thể, còn ong đực phát triển từ trứng không thụ tinh do ong chúa đẻ ra (và nhiều khi cũng do ong thợ đẻ ra) nên chỉ có 16 nhiễm sắc thể. Tinh trùng của
ong đực không phát triển qua giai đoạn phân bào giảm nhiễm hoàn toàn. Về mặt di truyền, tinh trùng ong đực giống nh− ong chúa đ7 sinh ra nó, vì thế nó chỉ làm nhiệm vụ truyền gen của ong chúa cho thế hệ tiếp theo nh− là chức năng bố qua giao phối (về vấn đề này ong chúa thực hiện hiệu quả cả hai chức năng (đực và cái)). Mỗi tinh trùng có bộ NST là n, cũng giống nh− bộ NST từ trứng không thụ tinh của mẹ nó (ong chúa). Chức năng cái qua sản phẩm trứng của nó và đ−ợc thụ tinh sẽ nở ra con cái (đôi khi nở ra ong đực l−ỡng bội). Chức năng đực qua bản sao của bộ NST giúp tạo ra tinh trùng của nó (con trai). Chức năng đực này chỉ là sự sao chép bộ NST của chúa và đ−ợc thay đổi thể hiện tế bào giới tính từ trứng sang tinh trùng [44].
Hai dạng thuật ngữ học trong công tác giống mô tả sự giao phối của ong mật: Một là mô tả theo cặp cơ thể của bố mẹ: Hai là mô tả theo cặp gen, nó dựa trên bộ NST đ−ợc tổ hợp trong quá trình giao phối. Thuật ngữ cặp cơ thể không phản ánh đúng đặc tính gen của ong mật và không chính xác. Với thuật ngữ cặp gen, ong chúa hoạt động cả tính đực và tính cái của bố mẹ vì tất cả các gen đều có nguồn gốc từ chúng. Sự khác nhau của hai thuật ngữ có thể giải thích bởi ví dụ sau: Một con chúa tơ đ−ợc giao phối với ong đực đ−ợc chính mẹ nó sinh ra. Với thuật ngữ cặp cơ thể thì đây là giao phối giữa anh trai và em gái. Tuy nhiên với thuật ngữ cặp gen thì đây là kiểu giao phối giữa mẹ và con gái. Hai ong thợ đ−ợc sinh ra từ một ong chúa và đ−ợc thụ tinh từ một ong đực đ−ợc gọi là chị em gái ruột (full sisters) theo thuật ngữ cặp cơ thể, còn theo thuật ngữ cặp gen thì nó đ−ợc gọi là siêu chị em gái (super sisters) bởi vì nó đ−ợc thừa h−ởng 100% bộ gen của bố, nên chúng có bộ gen giống nhau đến 75% cao hơn so với chị em gái ruột (full sisters) với bộ gen giống nhau là 50% [28]. Do ong chúa giao phối với nhiều ong đực nên trong đàn ong sẽ có những nhóm ong thợ của bố này, những nhóm ong thợ khác của bố khác, nếu các ong đực đó không có quan hệ về di truyền với nhau thì ong thợ
do chúng sinh ra gọi là các chị em họ và có tỷ lệ giống nhau về di truyền là 25%.