AGGTACCAAGACGGCTCAACTATGAGTGAGATTATTAAAGCACCTTTCCGAGCTGTGACGGACATTGATCCTCAAAGAATGGTGCAAGAGAGTACAGTAACAAAGGGAGACTATGATCACAGAAGAAAGATGGATGCTAGAGTTCA AAAGAATGGTGCAAGAGAGTACAGTAACAAAGGGAGACTATGATCACAGAAGAAAGATGGATGCTAGAGTTCA TGGAGGAATACCAAACTTTGTCACTACACCGTTATCACATATTAGTATATCTACCAGTACATGGTACAAGCAC GCCAGGGGCGGAAAGAATGAGAATATACATTTCCAAGCATGCATCATCCAGACAATGTATCAGATAATCATAA GGACCATGAGCAACATACACAGTCAAGAGAAATTGCACGTACATGAGTGCTGCCAGACCTGCATATGCGAGAT ACAAGAGCCAAATCTTGATCTAACAACACCCCAGATGATTCCGACCTTCCCCACCTT Hình 4.21: Trình tự sản phẩm RT-PCR và minh họa một phần ựồ thị trình tự
4.3.4. Kết quả tìm kiếm chuỗi tương ựồng trên ngân hàng gien
Sử dụng công cụ tìm kiếm trực tuyến BLAST trên website của NCBI, chúng tôi ựã tìm kiếm các trình tự tương ựồng với 2 trình tự thu ựược của mẫu lúa vàng lá 1075. Kết quả tìm kiếm ựược trình bày ở Bảng 4.22.
Kết quả tìm kiếm cho thấy cả 2 mẫu N-1 và L-1 chỉ trùng khớp với các mẫu của virus RYSV trên ngân hàng gen.
Trình tự của mẫu N-1 trùng khớp với trình tự của 3 mẫu trên ngân hàng gen là AB516823 (Nhật Bản), AB011257 và X75534 (Trung Quốc) ựều với mức ựồng
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 59 nhất trình tự 97 % trên toàn bộ ựoạn so sánh.
Trình tự của mẫu L-1 trùng khớp với trình tự của 2 mẫu trên ngân hàng gen là AB516823 (Nhật Bản) và AB011257 (Trung Quốc) với mức ựồng nhất trình tự lần lượt là 99 % và 96 % trên toàn bộ ựoạn so sánh.
Kết quả trên chứng tỏ mẫu vàng lá lúa Bắc Giang 1075 là một isolate của virus RYSV. đây là lần ựầu tiên, virus này ựược dòng hóa và giải trình tự tại Việt Nam. Tuy nhiên trình tự ựoạn ựược dòng hóa ngắn cũng như số lượng các mẫu virus sẵn có trên ngân hàng gen quá ắt không cho phép chúng tôi thực hiện các phân tắch ựa dạng di truyền.
Bảng 4.21: Kết quả tìm kiếm trên ngân hang gen bằng phần mềm Blast
Mẫu Dòng Virus, ký chủ, nguồn gốc Mã
Genbank Phần trăm ựoạn so sánh Mức ựồng nhất trình tự Rice yellow stunt virus,
lúa, Nhật Bản AB516823 100 % 97 % 1075 -
gen N N-1 Rice yellow stunt virus,
lúa, Trung Quốc AB011257 100 % 97 %
Rice yellow stunt virus,
lúa, Trung Quốc X75534 100 % 97 %
Rice yellow stunt virus,
lúa, Nhật Bản AB516823 100 % 98 % 1075 -
gen L L-1 Rice yellow stunt virus,
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 60