Kỹ thuật ựiện di trên thạch agarose là hết sức quan trọng ựối với người làm kỹ thuật di truyền và sinh học phân tử, ựó là cách chủ yếu làm cho các
ựoạn axit nucleic hiển thị trực tiếp. Phương pháp này dựa trên một ựặc tắnh là các phân tử axit nucleic ở pH trung tắnh chúng tắch ựiện âm nhờ các nhóm phosphate nằm trên khung photphodieste của các sợi nucleic. Khi ựặt chúng vào một ựiện trường, các phân tử axit nucleic sẽ chuyển dịch về cực dương. Khi tiến hành trên môi trường thạch agarose hay các loại thạch ựặc biệt khác, các phân tử axit nucleic tùy theo kắch thước sẽ dịch chuyển với tốc ựộ khác nhau, loại có phân tử lượng lớn dịch chuyển chậm và ngược lại loại có phân tử lượng bé sẽ dịch chuyển nhanh hơn .
Có hai loại thạch agarose ựược sử dụng phổ biến trong kỹ thuật ựiện di là thạch agarose và thạch polyacrylamid. Thạch agarose ựược dùng ựể thực hiện ựiện di trong máy ựiện di, gel polyacrylamid thường ựược dùng ựể phân tách các phân tử axit nucleic có kắch thước nhỏ trong các ứng dụng như xác ựịnh trình tự DNA.
điện di ựược thực hiện bằng cách ựưa các mẫu axit nucleic có trộn chỉ thị màu bromphenol vào các giếng của bản thạch và ựặt một ựiện áp vào ựó. Các axit nucleic ở trên thạch thường hiển thị khi nhuộm bằng Ethidium Bromide và ựược quan sát dưới ánh sáng tử ngoại. Các axit nucleic hiện lên ở các dạng băng màu trắng có thể chụp ảnh và ghi nhận lại ựược. Kắch thước các băng DNA ựược so sánh với chỉ thị di truyền (DNA marker). DNA marker thường ựược dùng nhất là DNA của thực khuẩn thể Lamda, có chiều dài 43kb, ựược cắt bằng enzyme giới hạn HindIII, tạo 8 phân ựoạn với các chiều dài bao gồm 23,1 kb, 9,4 kb, 6,5kb, 4,3 kb, 2,3kb, 2 kb, 0,564kb, 0,125kb. Nhờ chỉ thị di truyền này mà có thể xác ựịnh ựược ựộ dài của ựoạn axit nucleic cần phân tắch (Lê Thanh Hoà, 2006).