Ngày nay, với các phương pháp nghiên cứu sâu về sinh học phân tử, toàn bộ hệ gen của một số chủng virus viêm gan vịt trên thế giới ựã ựược xác
ựịnh. Tất cả các nghiên cứu ựều thống nhất chỉ ra rằng virus viêm gan vịt thuộc họ Picornaviridae.
Trước ựây, dựa vào một số ựặc tắnh của chúng mà virus viêm gan vịt ựược xếp vào chi Enterovirus trong họ Picornaviridae (Woolcock, 2003). Tuy nhiên, những nghiên cứu trong những năm gần ựây về sinh học phân tử ựã chỉ ra rằng sự xếp loại ựó là chưa phù hợp và việc xếp loại virus viêm gan vịt vào chi nào trong họ Picornaviridae ựã gây rất nhiều tranh cãi.
Các phân tắch trình tự hệ gen của virus viêm gan vịt type 1 (DHV-1) cho thấy virus có quan hệ gần gũi với các thành viên của chi Parechovirus hơn là chi Enterovirus (Ding C, Zhang D, 2007). Nhánh mới ựược tạo ra ựã chia những Picornaviridae thành 12 chi. Trong ựó, DHV-1 tạo thành một nhánh riêng biệt nằm ở giữa Parechovirus và Hepatovirus trong cây phả hệ. (http://www.picornaviridae.com/).
Hệ thống phân loại thế giới ICTV ựã thống nhất xếp virus viêm gan vịt type 1 (DHV-1) thuộc vào chi mới trong họ Picornaviridae, ựặt tên chi là Avihepatovirus, ựổi tên DHV-1 (Duck hepatitis virus type 1) thành DHAV (Duck hepatitis A virus)
(http://www.Picornaviridae.com/avihepatovirus/dhav.com;http://www.picorna studygroup.com) bao gồm genotype 1 (DHAV-1), genotype 2 (DHAV-2) và genotype 3 (DHAV-3) (Kim và cs, 2007), với cùng một cấu trúc hệ gen ựặc trưng như sau:
5ỖUTR/VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D/3ỖUTR Chiếm tỷ lệ cao nhất là DHAV-1, bao gồm 80 chủng virus viêm gan vịt type 1 ựã ựược phân lập trước ựây (trong ựó, 48 chủng ựã ựược giải mã toàn bộ hệ gen và 39 chủng ựã giải mã gen kháng nguyên VP1 cũng như các vùng gen quan trọng khác). Hầu hết các chủng DHAV-1ựược phân lập ở Trung Quốc. Ngoài ra có 1 chủng ựược phân lập ở đài Loan, 1 chủng phân lập ở
Anh, 3 chủng phân lập ở Mỹ và 2 chủng phân lập ở Hàn Quốc.
DHAV-2 bao gồm 2 chủng mới ựược phân lập ở đài Loan là chủng 90D và chủng 04G.
Các virus thuộc DHAV-3 bao gồm tập hợp của 22 chủng virus vừa phân lập ở Trung Quốc và Hàn Quốc, 15 trong số 22 chủng này ựã ựược giải mã toàn bộ hệ gen, số còn lại ựã ựược giải mã gen kháng nguyên VP1. (http://www.picornaviridae.com/avihepatovirus/dhav/dhav.htm).