ngày 05/5/2009 và quy trình kiểm tra theo Quyết định số 528/QĐ-TCT ngày 29/5/2008 của Tổng cục trưởng Tổng cục thuế chưa nghiêm. Một số đoàn thanh tra, kiểm tra chưa đảm bảo thời gian theo quy định; chưa có biên bản xác nhận số liệu từng phần công việc. Đối với hoạt động thanh tra thì nhiều đoàn chưa ghi nhật ký mà thực hiện hồi ký thanh tra.
Nguyên nhân là do chưa có quy chế giám sát đối với đoàn thanh tra, kiểm tra thuế; thiếu sự giám sát của lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra; cán bộ thanh tra thuế; thiếu sự giám sát của lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra; cán bộ thanh tra, kiểm tra chưa thực hiện đúng chế độ công và 10 điều kỷ luật của ngành.
Thứ hai, lực lượng thanh tra, kiểm tra còn thiếu về số lượng, hạn chế về chuyên môn về chuyên môn
Trong những năm gần đây, tuy đã tăng cường về cả số lượng và chất lượng cán bộ thanh tra, kiểm tra nhưng vẫn còn mỏng (đến hết năm 2012, số lượng cán bộ thanh tra, kiểm tra nhưng vẫn còn mỏng (đến hết năm 2012, số cán bộ thanh tra, kiểm tra toàn Cục thuế TP Đà Năng là 138 người, chiếm 20% biên chế công chức ngành), trình độ còn yếu so với yêu cầu thực tế, chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý hiện đại. Số lượng chuyên viên chính, kiểm soát viên chính chiếm tỷ lệ ít.
Mặc dù Tổng cục thuế, Cục thuế đã rất quan tâm đến việc nâng cao trình độ nghiệp vụ cán bộ thuế nói chung và cán bộ thanh tra, kiểm tra nói trình độ nghiệp vụ cán bộ thuế nói chung và cán bộ thanh tra, kiểm tra nói riêng song nhìn chung, trình độ chuyên môn của cán bộ chưa cao, khả năng sử dụng các thiết bị tin học và khả năng ngoại ngữ còn kém, nhất là đối với cán bộ kiểm tra ở các Chi cục. Số cán bộ thanh tra, kiểm tra có khả năng phân tích được thông tin về người nộp thuế thông qua phân tích khai thuế, báo cáo tài chính và các thông tin khác về giao dịch của người nộp thuế cũng rất hạn chế.
Cán bộ chủ yếu làm việc theo kinh nghiệm, theo thói quen cá nhân. Ngoài ra, phong cách ứng xử của một số cán bộ chưa văn minh, lịch sự, cách thức làm phong cách ứng xử của một số cán bộ chưa văn minh, lịch sự, cách thức làm việc thiếu tính khoa học và chuyên nghiệp.
Đây là một trở ngại lớn đối với việc thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra trong bối cảnh hiện đại công tác quản lý thuế, nhất là ở cấp Chi cục. tra trong bối cảnh hiện đại công tác quản lý thuế, nhất là ở cấp Chi cục.
Thứ ba, về hoạt động thanh tra, kiểm tra người nộp thuế- Công tác xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra. - Công tác xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra.
Công tác xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế còn mang tính hình thức, chủ yếu vẫn dựa trên kinh nghiệm và đánh giá chủ quan của cán bộ hình thức, chủ yếu vẫn dựa trên kinh nghiệm và đánh giá chủ quan của cán bộ đảm nhiệm công tác xây dựng kế hoạch, chưa đi sâu phân tích và căn cứ vào kết quả phân tích thông tin doanh nghiệp để lập kế hoạch sát đúng với yêu cầu.
Do bộ tiêu thức đánh giá rủi ro còn sơ sài, đơn giản nên việc đánh giá, xếp hạng rủi ri, lựa chọn đối tượng đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm xếp hạng rủi ri, lựa chọn đối tượng đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm là thiếu cơ sở và không hoàn toàn chính xác.