Trong trào lưu đề kháng chống ngoại xâm và khai mở, phục sinh truyền thống tâm linh, tín ngưỡng của dân tộc, xuất hiện một phong trào kiên trì nhất và có ảnh hưởng sâu rộng nhất trong nhân gian Nam Bộ là phong trào tôn giáo Bửu Sơn Kỳ Hương với hai ngọn cờ Tín
Ngưỡng và Ái Quốc.
Tín ngưỡng: đó là đạo Phật nhân gian, truyền thống, mang nặng màu sắc Tam Giáo. Ái Quốc: đó là chống thực dân Pháp.
Người sáng lập Bửu Sơn Kỳ Hương là ông Đoàn Minh Huyên sinh năm 1807 tại làng Tòng Sơn, thuộc Gia Định thành. Năm 1849 tại làng ông nổi lên nạn dịch tả hoành hành giết người như rạ, ông đã giản dị dùng nước lạnh, giấy vàng chữa lành bịnh cho các nạn nhân và chận đứng được bịnh dịch tả. Dân chúng tin phục và tin rằng ông là Phật Thầy giáng phàm cứu dân. Sau đó ông đến định cư ở ngôi chùa Tây An, núi Sam, Châu Đốc nên được dân chúng tôn xưng là Phật Thầy Tân An.
Mang đặc tính tu hành theo đạo Phật bình dân và yêu nước, hay nói theo cách ngày nay là đạo Pháp và Dân Tộc, ông chủ trương học Phật, tu Nhân, thực hành giáo lý tứ ân, làm các điều lành, tránh các điều ác, cúng lạy, niệm phật tại gia đình, và tín đồ không cần xây chùa cao, tượng lớn, không cần tăng, ni, hình tướng, chỉ cần thờ một tấm trần điều với ba lễ vật đơn sơ là nước lạnh, nhang và bông hoa.
Với giáo lý và phương pháp tu hành giản dị, thích hợp căn cơ, trình độ của đại đa số nông dân hiền lành chất phác nên số tín đồ đến quy y thọ giới ngày càng đông, tạo thành một phong trào tôn giáo rộng lớn khắp miền Nam. Mỗi tín đồ, sau khi quy y, được cấp một "lòng phái" bằng giấy màu vàng, trên đó có in triện màu đỏ bốn chữ Bửu Sơn Kỳ Hương. đó là những nét đặc biệt của đạo Phật, tông phái Bửu Sơn Kỳ Hương tại miền Nam.
Phật Thầy Tây An mất năm 1856 để lại một số sấm giảng, mở đầu cho truyền thống truyền đạo bằng thơ của Bửu Sơn Kỳ Hương.
Sau đó xuất hiện một nhân vật không tên tuổi được tôn xưng là đức Phật Trùm, có tài trị bịnh, phép thần thông, tiếp nối truyền thống Bửu Sơn Kỳ Hương truyền đạo từ năm 1868 đến năm 1875.
Tiếp theo là ông Ngô Lợi, được tôn xưng là Đức Bổn Sư, có tài chửa bịnh không cần dùng thuốc, lập làng An định, một chiến khu chống Pháp, dưới chân dãy Thất Sơn để quy tụ về làng khoảng 2.000 tín đồ Bửu Sơn Kỳ Hương, tiếp tục truyền đạo Bửu Sơn Kỳ Hương trong thời gian 1879-1890. Làng An định bị giặc Pháp tàn phá trong năm 1890.
Sau đó xuất hiện nhân vật không tên tuổi, được gọi là Đức Sư Vải Bán Khoai, tác giả cuốn Sấm Giảng Người Đời, tiếp nối rao truyền đạo Bửu Sơn Kỳ Hương trong các năm 1901- 1902 và cuối cùng là sự xuất hiện, ở một quy mô rộng lớn nhất, hiện đại nhất, của Đức Huỳnh Giáo Chủ, tức Huỳnh Phú Sổ, khai sáng đạo Phật Giáo Hòa Hảo năm 1939. (Dật Sĩ & Nguyễn Văn Hầu, sđd, chương 1, 2, 3, 4).
Từ Đức Phật Thầy Tây An đến Đức Huỳnh Giáo Chủ, trải qua suốt 90 năm, là một giòng sinh mệnh Phật Giáo đặc thù Việt Nam và đặc biệt Nam Bộ nhưng nó không tách lìa, trái lại, là một phần bất khả phân ly của 2.000 năm Phật Giáo Việt Nam và 2.500 năm của Phật Giáo Thế Giới. So với rất nhiều tông phái Phật Giáo khác tại Việt Nam và trên thế giới, thì Bửu sơn Kỳ Hương và Phật Giáo Hòa Hảo có đặc chất và màu sắc Phật giáo rất rõ rệt và đậm nét, chưa kể là nó còn mang được tính chất trong sáng và truyền thống của đạo Phật.