Công tác quy hoạch cho phát triển nuôi tôm còn chậm, ch−a đáp ứng đ−ợc nhu cầu phát triển. Tính khả thi của một số quy hoạch ch−a cao. Việc đầu t− cơ sở hạ tầng cho nuôi tôm còn mang tính dàn trải, ch−a tập trung cao. Vốn đầu t− cho xây dựng hạ tầng cơ sở trong những năm qua còn rất hạn chế ch−a đáp ứng yêu cầu cho phát triển nuôi tôm. Hệ thống thủy lợi phục vụ vùng nuôi tôm vẫn là vấn đề bức xúc, một số vùng có lập dự án đầu t− thủy lợi nh−ng chủ yếu là khơi dòng chảy, đắp đê. Việc lập dự án thủy lợi quy mô vùng và liên vùng ch−a đ−ợc quan tâm. Sự phối hợp chặt ché giữa các ban ngành trong việc đầu t− phát triển thuỷ lợi ch−a chặt chẽ. Tình trạng phá rừng ngập mặn để nuôi tôm còn khá phổ biến và diễn ra hầu hết các tỉnh có rừng
ngập mặn, diện tích ruộng trũng, cói và làm muối đ−ợc chuyển đổi sang nuôi tôm còn thiếu quy hoạch chi tiết.
Việc sản xuất con giống còn gặp nhiều bất cập, ch−a chủ động đ−ợc nguồn tôm bố mẹ cho sản xuất tôm giống, tôm bố mẹ hoàn toàn dựa vào nguồn tôm tự nhiên, trong khi nguồn giống này không ổn định. Những cơ sở chạy theo thị tr−ờng, theo lợi nhuận đã sản xuất tôm giống có chất l−ợng thấp. Chất l−ợng môi tr−ờng nuôi biểu hiện sự giảm sút nhất là một số tỉnh ven biển Nam trung bộ. Vấn đề giải quyết nguồn n−ớc ngọt cho nuôi tôm trên cát còn nhiều lúng túng, quản lý cộng động vùng nuôi ch−a đ−ợc quan tâm đúng mức. Nhiều vùng có diện tích và sản l−ợng tôm nuôi khá lớn nh−ng khả năng sản thức ăn do đó giá thức ăn còn cao, dẫn đến giá thành sản xuất tôm nuôi cao.
Vấn đề kiểm soát chất l−ợng và an toàn vệ sinh thực phẩm tôm nguyên liệu còn nhiều bất cập. Hàng ngàn hoá chất, chế phẩm sinh học, thức ăn đ−ợc bán trên thị tr−ờng, các cơ quan ban ngành không thể kiểm soát triệt để, nhiều trong số đó không có trong danh mục đ−ợc Bộ Thuỷ sản cho phép l−u thông và sử dụng. Do đó, những vấn đề ô nhiễm môi tr−ờng, dịch bệnh và suy thoái môi tr−ờng trong nuôi tôm ngày càng tăng.
Tôm nguyên liệu xuất khẩu ngày càng đòi hỏi nghiêm ngặt về an toàn vệ sinh thực phẩm. Tôm nhiễm bệnh, có vi sinh vật gây bệnh cho ng−ời, d− l−ợng hoá chất độc hại còn tích tụ và bám trên cơ thể tôm... cùng với vụ kiện bán phá giá tôm ở một số n−ớc nhập khẩu là những trở ngại lớn nhất trong phát triển nuôi tôm ở n−ớc ta.