Năm 2001, thanh tra 5 dự án nghiệm thu thanh toán không đúng 12,4 tỷ đồng chiếm 16,13% giá trị khối lượng nghiệm thu của A-B tư vấn giám sát. Từ chỗ nghiệm thu sai về khối lượng chất lượng công trình dẫn đến các sự cố công trình ngày càng tăng.
Tình trạng nghiệm thu thanh toán không đúng, khối lượng thực tế thi công không đúng chế độ, đơn giá thực tế và chủng loại vật tư (thực tế chỉ là nghiệm thu trên giấy tờ, nghiệm thu theo khối lượng trong dự toán đã được duyệt). Việc làm này đã làm tăng giá trị công trình không đúng chế độ, thoát ly thực tế, gây thất thoát lãng phí vốn của Nhà nước như dự án Trung tâm triển lãm Văn hóa nghệ thuật Việt Nam 449,9 triệu đồng, dự án Trung tâm sách Việt Nam 310,7 triệu đồng; dự án Nhà hát lớn Hà Nội 12.418 triệu đồng.
Thanh tra Chính phủ kiểm tra 17 dự án đầu tư xây dựng trong năm 2002 đã kết luận với tổng giá trị đầu tư 9.385 tỷ đồng, giá trị vốn được thanh tra là 6.406 tỷ đồng. Quá trình thanh tra đã phát hiện sai phạm về tài chính là 870,7 tỷ đồng (chiếm 13,6% tổng giá trị vốn được kiểm tra) gồm các dạng: quyết định chọn thầu cao hơn giá bỏ thầu 5.531 triệu đồng; tính đơn giá, định mức vật tư sai để hưởng chênh lệch 31.220 triệu đồng; thi công chậm làm tăng chi phí và thiếu trách nhiệm trong thanh toán gây lãng phí 264.498 triệu đồng; sai phạm về các loại thuế 7.734 triệu đồng; khấu hao tài sản không đúng quy định 387.13 triệu đồng; sử dụng vốn sai mục đích, hạch toán sai 56.299 triệu đồng. Một số dự án được thanh tra chất lượng còn hạn chế, tính thực tiễn và thuyết phục chưa cao. Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý 130.528 triệu đồng (chiếm 2% tổng giá trị vốn được thanh tra), trong đó thu NSNN 60.088 triệu đồng, loại khỏi quyết toán công trình 52.970 triệu đồng, thu hồi trả lại cho doanh nghiệp và ban QLDA 14.412 triệu đồng.
Các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các bộ ngành cơ quan thuộc Chính phủ và 8 tổng công ty 91 đã kiểm tra 978 dự án thuộc quyền quản lý với tổng giá trị vốn đầu tư 11.351,53 tỷ đồng, tổng giá trị vốn được kiểm tra 10.123,81 tỷ đồng, phát hiện sai phạm về sử dụng vốn đầu tư 281,12 tỷ đồng (chiếm 2,77% tổng giá trị vốn được kiểm tra). Các Bộ ngành đã xử lý yêu cầu giảm quyết toán các công trình 34,906 tỷ đồng. Các địa phương xử lý thu ngân sách, trả lại vốn cho dự án 73,86 tỷ đồng; kiểm điểm trách nhiệm, xử lý kỷ luật 248 người, trong đó có 18 giám đốc, phó giám đốc doanh nghiệp, 21 trưởng phó ban QLDA, 4 chủ đầu tư, 10 trưởng phó phòng và 194 cán bộ có liên quan; đề nghị xử lý hình sự 5 vụ.
Báo cáo Thanh tra ngày 17-7-2003 cho biết con số lãng phí thất thoát: cầu Bình Triệu 25,23%; cầu Nguyễn Tri Phương kéo dài 28,6%; bệnh viện đa khoa Tuy Hòa 35,96%; cấp điện Diesel cho các thôn bản chưa có điện của tỉnh Bình Định 24%; công trình đường Thanh Yên - Công Sự tỉnh Kiên Giang 58,6%.