Hầu hết các dự án được đầu tư đều xuất phát từ nhu cầu thực tế và trên cơ sở quy hoạch chung. Nhưng thực tế chủ trương đầu tư còn tồn tại:
- Đầu tư khi một số dự án không có quy hoạch, như: năm 2003 Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đầu tư xây dựng 18 dự án không có quy hoạch và kế hoạch 5 năm (2001-2005), với số vốn Bộ đầu tư 904,5 tỷ đồng. Nhưng đến thời điểm kiểm toán ( tháng 10-2004) Bộ chưa có bằng chứng để chứng minh sự cấp thiết phải đầu tư các dự án đó;
- Đầu tư khi chất lượng quy hoạch chưa hợp lý, như: khảo sát không kỹ, lựa chọn địa điểm chưa hợp lý, lựa chọn công nghệ chưa thích hợp, đầu tư không đồng bộ giữa các hạng mục, xác định quy mô xây dựng công trình vượt quá nhu cầu sử dụng, chất lượng thẩm định quy hoạch chưa cao;
- Đầu tư các khu hành chính của các huyện quận, tỉnh thành phố còn phân tán, mỗi cơ quan hành chính một khoảnh đất ở cách xa nhau, vừa tốn kém đất xây dựng, vừa lãng phí diện tích sử dụng, vừa khó khăn trong giao dịch hành chính của nhân dân;
- Chủ trương đầu tư một số dự án không đồng bộ, dẫn đến nhiều tuyến đường vừa làm xong đã đào lên, lấp xuống, nhà máy xây xong không có nguyên liệu, chợ xây xong không có người họp, gây tâm lý không tốt trong nhân dân và lãng phí vốn đầu tư.
- Quan điểm của người có thẩm quyền chưa đủ tầm, còn biểu hiện cục bộ, cá nhân. Việc bàn bạc cân nhắc, tính toán các khía cạnh về hiệu quả kinh tế, hiệu quả xã hội, môi trường đầu tư còn hời hợt, thiếu cụ thể;
- Có không ít trường hợp khi quyết định về chủ trương đầu tư còn nặng về phong trào chạy theo thành tích, theo hình thức.
Những tồn tại trên dẫn đến hiệu quả đầu tư không cao, gây lãng phí, thất thoát, tiêu cực trong đầu tư XDCB, điển hình như: "đánh bắt cá xa bờ; trên 50 nhà máy xi măng lò đứng, 43 nhà máy đường thiết bị Trung Quốc giá thành cao, chất lượng kém nên sản xuất thua lỗ. Trước tình hình đó năm 2004 Chính phủ quyết định Kiểm toán Nhà nước kiểm toán 35 nhà máy đường. Qua kiểm toán cho thấy các nhà máy đường nhập thiết bị cũ, nhưng giá quá cao; có những nhà máy xây dựng không có nguyên liệu. Kết quả các nhà máy càng hoạt động, thì số lỗ càng tăng, buộc NSNN phải tham gia xử lý như miễn thuế cho các doanh nghiệp. Tính đến thời điểm kiểm toán ( tháng 11-2004) số liệu thống kê chưa đầy đủ, thì mỗi nhà máy đường lỗ khoảng 100 đến 200 tỷ đồng.