Công tác giải phóng mặt bằng là một trong những khâu quan trọng. Không giải phóng được thì dự án không thể triển khai thực hiện, cho dù vốn dự án chuẩn bị đầy đủ. Công tác này trong thời gian qua còn nhiều tồn tại như:
- Hoặc nhà thầu hoặc chủ đầu tư bớt xén đơn giá đền bù cho dân vùng có dự án thi
công theo quy định, dẫn đến dân không đồng tình, nên không di dời đi nơi khác;
- Văn bản pháp lý còn nhiều vấn đề bất cập, khó áp dụng gây thắc mắc, khiếu kiện
của người bị thu hồi đất với các ban QLDA. Nghị định số 22/1998/NĐ-CP của Thủ tướng Chính phủ về công tác giải phóng mặt bằng, tái định cư, đã tạo ra khung pháp lý thống nhất trong cả nước. Nhưng việc xác định đất ở của UBND các địa phương lại chưa thống nhất, như: xác định đất đã xây dựng nhà, khung giá đất ở, giá đất nông nghiệp trong cùng một khu vực còn chênh lệch quá lớn. Khung giá đã ban hành so với thời giá hiện nay có những nơi chưa điều chỉnh cho phù hợp tình hình thực tế. Việc thực hiện hệ số K của Nghị định số 22/1998/NĐ-CP (về hướng dẫn đền bù, thiệt hại khi nhà nước thu hồi đất) còn phức tạp đối với các địa phương khác nhau.
- Một số hộ dân khi biết Nhà nước có chủ trương thu hồi đất nông nghiệp và đền bù cho người đang canh tác trên đất, thì lập tức diễn ra việc trồng cây cối hoa màu mang tính chất đối phó để nhận tiền đền bù nhiều hơn, như: trồng cây với mật độ dày đặc, xen kẽ, cắt tỉa cành dâm xuống đất (quất, đào...). Tình trạng đó gây thiệt hại cho NSNN và người dân có những đòi hỏi bất hợp lý, làm chậm công tác giải phóng mặt bằng. Trong khi chính quyền địa phương còn né tránh không ra tay cùng giải quyết.
Giá đền bù hiện nay còn bất hợp lý so với giá thị trường bất động sản, giá cả không ổn định, giá đền bù theo các thời điểm có khác nhau, trong khi đó tiền đền bù trả cho dân lại không kịp thời, gây tâm lý so sánh suy bì. Một số người dân đã nhận tiền đền bù nhưng không chịu di chuyển mà cứ sống vật vờ tại khu vực dự án, làm khó khăn trong công tác thi công.