Quản lý Nhà nước đối với cỏc đơn vị sự nghiệp cụng lập đào tạo đại học cũn nhiều hạn chế, thể hiện ở cỏc mặt sau:
- Về hệ thống văn bản, chế độ
. Việc ban hành cơ chế chớnh sỏch triển khai thực hiện cũn chậm, chưa đồng bộ. Cú nhiều cỏch để huy động vốn như: nguồn đúng gúp từ cỏn bộ, giỏo viờn, hoặc muốn liờn doanh liờn kết với cỏc trường nước ngoài, với cỏc doanh nghiệp,… nhưng vỡ chưa cú cơ chế, nờn cỏc trường rất khú khăn trong việc huy động nguồn lực, đặc biệt là nguồn lực tài chớnh để phỏt triển.
. Hiện nay, cũn cú quy định: cỏc trường làm gỡ (sửa chữa, mua sắm,… ) cứ trờn 100 triệu đồng thỡ phải làm thủ tục (đề ỏn, đấu thầu,…) để xin Bộ phờ duyệt. Cho nờn, tài chớnh
là nội dung rất cần được tự chủ, cần mở cơ chế và cú những hướng dẫn cụ thể về cơ chế huy động cỏc nguồn tài chớnh ngoài ngõn sỏch nhà nước.
. Một số trường cú tớnh đặc thự như trường ĐHSPHN cũn lỳng tỳng trong quỏ trỡnh triển khai cỏc văn bản chế chế độ thu, quản lý Quỹ học phớ (Quyết định 70, Thụng tư 46), chế độ làm việc, định mức lao động, cỏc văn bản hướng dẫn trong quỏ trỡnh thanh toỏn, giải ngõn qua hệ thống kho bạc tạo ra cỏch hiểu và vận dụng khỏc nhau.
. Cỏc đơn vị sự nghiệp đào tạo cụng lập chưa cú cơ sở thực hiện cỏc định mức giờ giảng, định mức biờn chế,.... do một số văn bản quy định về tiờu chuẩn, định mức lạc hậu, chớnh sỏch, chế độ cú liờn quan cú tớnh đặc thự chậm sửa đổi.
. Nhiều chớnh sỏch là tiền đề, là điều kiện quan trọng của việc giao quyền tự chủ cho cỏc đơn vị sự nghiệp đào tạo cụng lập quan trọng chưa được ban hành, sửa đổi, bổ sung như: chế độ thu học phớ, lệ phớ,... Theo chớnh sỏch hiện nay của Nhà nước ta, mức học phớ rất thấp so với kinh phớ đầu tư. Khoảng 10 năm nay, học phớ khụng hề tăng, chỉ dừng lại ở mức 1.800.000 đồng/năm đối với sinh viờn chớnh quy, thỡ khụng thể bự đắp kinh phớ cho cỏc trường được.
Việc nghiờn cứu, xõy dựng cỏc văn bản quy định tiờu chớ cụ thể để đỏnh giỏ mức độ hoàn thành và chất lượng hoạt động giỏo dục- đào tạo của cỏc bộ phận trong từng đơn vị đào tạo cụng lập khi thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trỏch nhiệm chưa được thực hiện, chưa cú hệ thống đỏnh giỏ kết quả hoạt động thớch hợp.
. Cụng tỏc đổi mới phương thức phõn bổ, giao vốn ngõn sỏch nhà nước chưa được nghiờn cứu, sửa đổi, bổ sung cho phự hợp.
- Về quản lý của cỏc bộ, ngành:
. Quản lý của cấp bộ đối với cỏc trường đại học cũn cứng nhắc, ụm đồm và chưa hiệu quả.
. Quyền hạn giao chưa đủ, mang tớnh “ban phỏt” theo từng thời gian trước sự đũi hỏi của cỏc trường đại học và sức ộp của xó hội. Nhiều lĩnh vực học thuật được đưa vào chương trỡnh giỏo dục đại học như là những “phần cứng”, ngay cả Bộ Giỏo dục và Đào tạo cũng khụng cú quyền thay đổi, do đú cỏc cơ sở đào tạo đại học khụng thể tự chủ, tự chịu trỏch nhiệm trong nghiờn cứu, sỏng tạo của trường, của nhà giỏo để sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện,…
. Chưa tạo cơ chế thớch ứng gắn kết cỏc trường đại học với nền kinh tế thị trường định hướng xó hội chủ nghĩa.
. Việc trao quyền hạn đối với giỏo dục đại học được tiến hành nhỏ giọt, thiếu đồng bộ, nờn khú thực hiện. Cấp bộ cũn thiếu giỏm sỏt quỏ trỡnh cỏc trường thực hiện và chưa đưa ra được những chỉ đạo cơ bản, chưa cú bước đi trong thực hiện quyền tự chủ và trỏch nhiệm xó hội của cỏc trường đại học, nờn cú hiện tượng tự phỏt hoặc “phỏ rào” dẫn đến một số rối loạn trong chỉ đạo và thực hiện.
. Về quan hệ hợp tỏc quốc tế của cỏc trường đại học, Bộ Giỏo dục và Đào tạo vẫn cú nhiều thủ tục rườm rà, rắc rối, trong khi cỏc trường trực thuộc Chớnh phủ thỡ được tự do liờn kết với nước ngoài.
- Về hệ thống chất lượng giỏo dục:
. Hệ thống giỏo dục khụng đồng bộ, thiếu tớnh liờn thụng giữa cỏc cấp học và cỏc trỡnh độ đào tạo, trong đú giỏo dục nghề nghiệp vẫn chưa được quan tõm đỳng mức.
. Chất lượng giỏo dục chưa đỏp ứng được yờu cầu phỏt triển của đất nước trong thời kỳ mới.
. Chương trỡnh, giỏo dục, phương phỏp giỏo dục chậm đổi mới, chưa đỏp ứng được mục tiờu giỏo dục.
. Đội ngũ nhà giỏo và cỏn bộ quản lý giỏo dục phần đụng chưa đủ tầm để đỏp ứng nhiệm vụ giỏo dục trong thời kỳ mới.
- Kiểm định chất lượng của cơ quan quản lý nhà nước
Chớnh phủ đó thể hiện quyết tõm cao độ đối với việc đổi mới giỏo dục đại học, đặc biệt ở phần bảo đảm và kiểm định chất lượng đại học. Tuy nhiờn, việc Chớnh phủ gần đõy đồng ý cho thành lập đại trà cỏc trường đại học ở hầu hết cỏc tỉnh thành trong cả nước chủ yếu trờn cơ sở nõng cấp từ cỏc trường cao đẳng sẽ dẫn đến việc kiểm định và bảo đảm chất lượng ngày càng khú khăn hơn. Trong khi đú, việc quản lý và kiểm định chất lượng do Bộ Giỏo dục và Đào tạo chủ trỡ trong những năm qua dường như chưa thấy được kết quả, bỏo cỏo cụ thể ngoại trừ việc tự đỏnh giỏ diễn ra ở cỏc trường trọng điểm.
Cơ chế tự chủ, tự chịu trỏch nhiệm đó được thực hiện thử nghiệm ở Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chớ Minh nhưng đến nay vẫn chưa tổng kết để
đưa ra “chỉ số hoàn thành nhiệm số” của trường đại học, “khung đảm bảo chất lượng” và kiểm toỏn tài chớnh độc lập, quy định về bỏo cỏo giải trỡnh cụng khai,…