ĐHQGHN cú một mụ hỡnh đặc biệt, cú quy chế hoàn toàn khỏc với điều lệ trường đại học núi chung.
ĐHQGHN trực thuộc Chớnh phủ, được Nhà nước trao quyền tự chủ cao hơn cỏc trường đại học khỏc trong cỏc hoạt động đào tạo, nghiờn cứu khoa học, tự chủ tài chớnh và mở rộng quan hệ hợp tỏc quốc tế. Đõy là lợi thế lớn để ĐHQGHN cú điều kiện phỏt triển ngang tầm khu vực và thế giới, cú cỏc trường thành viờn đạt tiờu chuẩn quốc tế.
Mục tiờu của ĐHQGHN là đến năm 2010, Đại học Quốc gia thuộc "top" đại học tiờn tiến trong khu vực Đụng Nam ỏ, trong đú cú 16 ngành đại học và 23 chuyờn ngành đào tạo sau đại học đạt trỡnh độ quốc tế; Đến năm 2020, toàn Đại học Quốc gia sẽ đạt trỡnh độ tiờn tiến ở Chõu ỏ, trong đú cú một số trường đại học thành viờn và nhiều ngành, chuyờn ngành đạt trỡnh độ quốc tế.
ĐHQGHN được quyền thực hiện giảng dạy bất cứ chương trỡnh đào tạo nào trong danh mục của Tổng cục Thống kờ, đồng thời cú quyền thớ điểm cả những chương trỡnh khụng cú trong danh mục và sau một thời gian thớ điểm, Đại học Quốc gia sẽ bỏo cỏo để thuyết minh với Bộ Giỏo dục và Đào tạo.
Hiện tại, ĐHQGHN đó thớ điểm hàng chục chương trỡnh và hầu hết đều đó được cụng nhận như: Hệ thống thụng tin, Hải dương học, Khoa học biển, Kỹ thuật mụi trường, Kiểm định chất lượng,…
Đại học Quốc gia đó chủ động soạn thảo một giỏo trỡnh chuẩn cho cỏc trường thành viờn. Bộ Giỏo dục và Đào tạo đó cấp tiền thuờ Đại học Quốc gia Hà Nội biờn soạn giỏo trỡnh 3 lĩnh vực: Khoa học tự nhiờn, Khoa học xó hội và nhõn văn, Ngoại ngữ để Bộ Giỏo dục và Đào tạo cụng nhận, sử dụng cho cỏc trường đại học trong cả nước.
Đại học Quốc gia Hà Nội vẫn sử dụng quy chế chung của Bộ Giỏo dục và Đào tạo nhưng cú chỉnh sửa yờu cầu cao hơn. Bộ Giỏo dục và Đào tạo quy định rất chặt chẽ trong việc sinh viờn nghỉ học, nhưng thực tế là cú nhiều sinh viờn, vỡ hoàn cảnh cụng việc, tài chớnh, … cú thể khụng đảm bảo được việc học liờn tục, Đại học Quốc gia cho phộp sinh viờn cú quyền nghỉ và bảo lưu kết quả nhiều nhất 3 năm. Hội đồng Đại học Quốc gia là hội đồng duy nhất trong giỏo dục đại học Việt Nam cú quyền lực như vậy.