Nhìn chung quy trình quản lý thu thuế đối với hộ kinh doanh cá thể và quy trình nhận, kiểm tra tờ khai thuế đối với doanh nghiệp đã thực sự phát huy những mặt tích cực đảm bảo cho công tác quản lý thu thuế được thực hiện và theo một trình tự, một cách khoa học.
Quy trình quản lý thu thuế đối với hộ kinh doanh cá thể khá chặt chẽ, giúp cho các Đội thuế liên xã thực hiện tốt công tác quản lý và thu thuế các hộ cá thể kinh doanh tại địa bàn xã quản lý góp vào Ngân sách nhà nước.
Đối với các doanh nghiệp, quy trình nhận và kiểm tra tờ khai thuế đã góp phần giúp cho công tác quản lý doanh nghiệp của cơ quan thuế được đơn giản hơn, giảm gánh nặng so với trước đây.
Tuy nhiên, cả hai quy trình cũng có một số hạn chế. Quy trình quản lý thu thuế đối với hộ kinh doanh cá thể phải qua nhiều trung gian, trong đó hai trung gian chính là lực lượng Ủy nhiệm thu và Đội thuế liên xã. Do đó những bất cập về cơ sở vật chất (máy vi tính), những yếu kém về trình độ, chuyên môn nghiệp vụ và đạo đức nghề của hai bộ phận này cũng ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện công việc chung của cơ quan thuế, kết quả nguồn thu cho Ngân sách nhà nước. Thật vậy, qua đánh giá công tác thực hiện thu thuế trong 3 năm qua vẫn còn tồn tại một số hạn chế, yếu kém của phần nhỏ lực lượng Ủy nhiệm thu và một số cán bộ đội thuế liên xã. Đối với doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ (kê khai) thì công tác quản lý đơn giản hơn nhưng đặt nặng về công tác kiểm tra. Do đó tần suất kiểm tra, khả năng kiểm tra bao nhiêu hộ, trình độ chuyên môn, sự nhạy bén trong kiểm tra, đạo đức nghề của đội ngũ kiểm tra và việc chọn hộ đại diện, khi có dấu hiệu bất thường mới kiểm tra cũng phần nào ảnh hưởng đến kết quả nguồn thu nộp vào Ngân sách nhà nước vì không thể kiểm tra hết tất cả các đối tượng nộp thuế nên việc thất thoát nguồn thu vẫn “ngầm” xảy ra.
Sự phối hợp của các bộ phận, các Đội trong việc quản lý kiểm tra và thu thuế là rất cần thiết. Nhưng cần có sự quan tâm, chú trọng đặc biệt chủ yếu vào những bộ phận then chốt, công tác chính để có biện pháp nâng cao, bồi dưỡng và quản lý tốt. Chẳng hạn đối với quy trình quản lý thu thuế hộ kinh doanh cá thể, Chi cục cần quan tâm đến hai bộ phận chính là Đội thuế liên xã và lực lượng Ủy nhiệm thu. Đối với Doanh nghiệp thuộc đối tượng quản lý trực tiếp tại Chi cục thì cần có sự phối hợp giữa các Đội liên quan, trong đó chú trọng quan tâm công tác kiểm tra của Đội Kiểm tra thuế như: nâng cao chuyên môn nghiệp vụ về kiểm tra thuế để tăng tính nhạy bén, linh hoạt trong công tác kiểm tra của Đội. Đội Kiểm tra nội bộ thực hiện kiểm tra về công tác kiểm tra của Đội Kiểm tra thuế theo chỉ đạo của Chi cục trưởng góp phần xây dựng tính trong sạch, vững mạnh trong cơ quan thuế.
6.1.2. Về kết quả thu thuế GTGT qua 3 năm
Kết quả tình hình thu thuế GTGT trong 3 năm qua tại Chi cục thuế như sau: + Năm 2006, Chi cục thuế đã phấn đấu vượt mức chỉ tiêu với tổng số thuế GTGT thực thu trong năm 2006 là 10.265 triệu đồng, hơn 623 triệu đồng so với kế hoạch được giao, tương đương đạt 106,46 % so với chỉ tiêu năm.
+ Năm 2007, với chỉ tiêu 11.852 triệu đồng nhưng kết quả thực thu là 11.031 triệu đồng thấp hơn so với chỉ tiêu 821 triệu đồng, tương ứng chỉ đạt 93,07% so với kế hoạch, chứng tỏ Chi cục thuế đã chưa hoàn thành chỉ tiêu do Cục thuế Tỉnh đặt ra.
+ Năm 2008, Số thực thu thuế GTGT năm 2008 là 11.391 trong khi chỉ tiêu của Cục thuế Tỉnh giao là 13.401 triệu đồng, chênh lệch hơn 2.000 triệu đồng. Như vậy số thu thuế GTGT của Chi cục thuế huyện chỉ đạt 85% so với chỉ tiêu, không hoàn thành kế hoạch được giao.
Tuy nhiên nhìn chung trong 3 năm qua, từ năm 2006 đến 2008, kết quả nguồn thuế GTGT thực thu vẫn tăng trưởng hàng năm tuy mức tăng không nhiều nhưng điều này cũng phản ánh Chi Cục Thuế huyện Châu Thành đã cố gắng nổ lực phấn đấu trong công tác quản lý nguồn thu thuế tại địa phương.