Ngoài những thách thức mang tính truyền thống và cố hữu của cạnh tranh thị trường và toàn cầu hóa là tính không đồng đều, bất bình đẳng trong quá trình phát triển. Cùng với sự nhất thể hóa nền kinh tế toàn cầu và sự phụ thuộc lẫn nhau ngày càng tăng thì tính phân chia, đa nguyên không chỉ về kinh tế, mà cả chính trị và văn hóa của thế giới trở nên phong phú và đa dạng hơn. Trong khi khu vực các nước tiên tiến về công nghệ với mức sống cao ngày càng mở rộng, thì nhóm nước bị thiệt thòi, "thất bại" cũng nhiều lên. Sự chi phối và tính áp đặt của các nước lớn, mạnh đối với các nước bé, yếu kém cũng gia tăng. Các tập đoàn tư bản lớn, xuyên quốc gia ngày càng trở nên mạnh mẽ hơn, chi phối đời sống kinh tế và chính trị thế giới. Chính vì vậy, vấn đề an ninh và chủ quyền quốc gia trước sự gia tăng của toàn cầu hóa lại càng trở nên nhạy cảm. Tất cả những điều đang tạo ra không ít thách thức mới, nhất là trong việc duy trì bản sắc dân tộc và chủ quyền quốc gia.
- Thách thức từ sự thay đổi nhanh chóng môi trường địa-chính trị và gia tăng của toàn cầu hoa, khu vực hóa:
Trước hết là thách thức từ sự gia tăng cạnh tranh chiến lược giữa các nước lớn,
trước hết là giữa Mỹ và Trung Quốc. Do nhiều yếu tố khách quan và chủ quan, việc tái
dính líu và gia tăng sự hiện diện của Mỹ tại Đông Nam á đã và đang gây ra nhiều phản ứng khác nhau từ phía các nước ASEAN. Việc này có thể tạo ra những điều khó xử trong nội bộ ASEAN và quan hệ của ASEAN với các đối tác chính khác, nhất là với Trung Quốc. Hơn nữa, vấn đề gia tăng sự hiện diện của Mỹ này có thể làm tăng thêm cuộc chạy đua vũ trang và tâm trạng chống cường quyền của một số nước trong vùng, gây khó dễ trong việc duy trì tính độc lập và chủ quyền quốc gia của nhiều nước trong đó có Malaixia. Thông qua mở rộng và gia tăng hợp tác giữa Mỹ với ASEAN và các nước
thành viên, trong đó có Malaixia Mỹ thúc đẩy nhanh hơn tiến trình "Mỹ hóa" khu vực này. Điều này phần lớn dân chúng và nhiều phe phái chính trị của Malaixia không muốn. Ngoài ra, việc Mỹ coi Đông Nam á là "Mặt trận thứ hai" chống khủng bố cũng ít nhiều gây khó xử cho Malaixia, một quốc gia Hồi giáo. Nếu không hợp tác với Mỹ, Malaixia sẽ bị phân biệt đối xử; sẽ bị đẩy ra ngoài cuộc chơi toàn cầu và sẽ khó mà phát triển được; Nếu tham gia một cách mạnh mẽ thì sẽ bị một bộ phận dân chúng và nhiều đảng phái trong nước và các nước trong tổ chức Hồi giáo phản đối hoặc chống đối.
Mặt khác, sự gia tăng vai trò của Trung Quốc trong khu vực cũng đặt ra nhiều vấn đề mới, khó xử đối với Malaixia. Trước hết, sự gia tăng hiện diện của họ ở Biển Đông, nhất là trong việc thăm dò và khai thác tài nguyên thiên nhiên khu vực Trường Sa làm cho Malaixia, nước có yêu sách chủ quyền về khu vực này lo ngại. Ngoài ra, việc hình thành Khu vực mậu dịch tự do Trung Quốc - ASEAN (CAFTA) và các hợp tác tiểu vùng như Tiểu vùng sông Mê Công mở rộng, Hành lang kinh tế phía Bắc v.v... cũng đặt không ít thách thức. Sự phát triển nhanh chóng của nhiều nước có nền kinh tế đang chuyển đổi như Trung Quốc, ấn Độ, Việt Nam v.v... đã và đang tạo ra sức ép cạnh tranh lớn, nhất là trong thu hút đầu tư nước ngoài của Malaixia.
Cùng với quá trình trên, sự gia tăng Hợp tác Đông á theo Mô hình ASEAN +3, ASEAN +1, ASEAN + X v.v... cũng như sự liên kết ngày càng sâu rộng trong nội bộ ASEAN (như cam kết hình thành Cộng đồng ASEAN vào năm 2020, trong đó Cộng đồng Kinh tế ASEAN rút xuống vào năm 2015) đã và đang tạo ra sức cạnh tranh ngày càng lớn. Vấn đề chủ quyền quốc gia truyền thống dù muốn, dù không sẽ bị các quá trình trên làm xói mòn. Hơn nữa, quá trình địa phương hóa (sự mở rộng trách nhiệm và quyền tự trị của những đơn vị nhỏ hơn nhà nước, như các thành phố, khu vực theo địa lý hành chính, văn hóa và kinh tế đặc trưng (như các đặc khu, các khu vực tự trị, các khu kinh tế mở, khu vực hành chính trực thuộc trung ương v.v...) ít hay nhiều cũng làm yếu đi quyền lực nhà nước trung ương tập quyền, có thể làm tổn thương đến tính thống nhất quốc gia, nhất là đối với các nước đa dân tộc, đa văn hóa-tôn giáo và lãnh thổ bị chia cắt như trường hợp Malaixia.
- Thách thức từ những biến động mới của môi trường an ninh phi truyền thống:
Trước hết, sự gia tăng khủng bố bạo lực, phong trào ly khai dân tộc dưới nhiều hình thức khác nhau liên tục xẩy ra trên thế giới nói chung ở nhiều nước Đông Nam á nói riêng trong thời gian gần đây cũng tác động tiêu cực đến sự ổn định và phát triển của Malaixia. Đảng PAS và nhiều tổ chức Hồi giáo cực đoan trong nước lợi dụng phong trào phục hưng Hồi giáo để chống lại chính sách xây dựng nhà nước pháp quyền, xã hội công dân của chính phủ, đòi Hồi giáo hóa Malaixia (như đòi áp dụng Luật hình sự Hồi giáo - huhud ở Bang Kelantan). Nhiều phần tử Hồi giáo cực đoan ở các bang phía Bắc Malaixia bắt nối, cấu kết với các phần tử cấp tiến Hồi giáo ở các tỉnh miền Nam Thái Lan gây bất ổn ở vùng biên giới.
Cùng với chủ nghĩa khủng bố, tư tưởng ly khai đòi thành lập các khu tự trị hay nhà nước riêng, nhất là giữa khu vực miền Đông và miền Tây, giữa các bang có đông người Melayu và các nhóm tộc người khác ở Malaixia tuy chưa đến mức độ báo động nhưng cũng chứa đựng một số nguy cơ. Điều này đòi hỏi chính phủ nước này cần gia tăng chính sách phát triển cân đối vùng nhất là giữa miền Tây giàu có phát triển mạnh mẽ với miền Đông nghèo nàn, dân cư thưa thớt, nhưng lại giàu có về nguồn tài nguyên thiên nhiên.
Ngoài ra, sự tranh chấp lãnh thổ và các tài nguyên thiên nhiên, nhất là tranh chấp Biển Đông, các thềm lục địa, trên biển, những yêu sách về chủ quyền dọc theo biên giới, việc khai thác các nguồn thủy sản ở biển, các nguồn nước v.v... giữa Malaixia với các nước trong khu vực, nhất là với Inđônexia và Xingapo cũng góp phần làm tăng tính nhạy cảm khu vực, ít nhiều tác động tiêu cực đến tình hữu nghị và chủ quyền quốc gia trong khu vực.
Ngoài các yếu tố trên, những vấn đề mới nổi lên như dịch bệnh, thảm họa thiên tai cũng đang đặt ra nhiều thách thức cho sự phát triển bền vững, trong đó có nền an ninh quốc gia của mỗi nước. Trước hết là dịch cúm gà, bệnh lở mồm long móng ở lợn và trâu bò, bùng nổ từ 2003, tuy đã được kiểm soát, nhưng vẫn còn là mối đe dọa tiềm tàng đối với Đông Nam á. Cho đến nay (2006) bệnh dịch này lây lan ra khắp các nước trong vùng
và đang còn tiềm ẩn nguy cơ mới. Dịch cúm gà đã có những tác động nghiêm trọng về mặt kinh tế đến ngành chăn nuôi gia cầm nói riêng và đến lĩnh vực nông nghiệp nói chung. Không chỉ có vậy, nó còn đang đe dọa gây ra một tỷ lệ mắc bệnh cũng như tỷ lệ chết cao do có khả năng xuất hiện những biến thể mới có thể lây truyền từ người sang người. Nếu như một đại dịch xảy ra, có thể cướp đi sinh mạng của hàng chục triệu người. Cái giá phải trả là rất lớn, không chỉ là kinh tế, mà còn cả chính trị - an ninh. Đây là một vấn đề khá lớn, mới xuất hiện, mà Việt Nam đang phải đối mặt, đòi hỏi có sự quyết tâm và hợp tác chặt chẽ giữa các nước mới có thể kiểm soát được dịch bệnh.
Tiếp đến là thảm họa của sóng thần Tsunami xảy ra vào cuối tháng 12/2004. Thảm họa này không chỉ cướp đi sinh mạng của hàng trăm ngàn người dân, mà còn tàn phá một cách khủng khiếp cơ sở hạ tầng và môi trường sinh thái của nhiều nước trong đó có Malaixia. Ngoài ra, khu vực này còn đang đối mặt với sự thay đổi lớn của môi trường sống do nạn phá rừng bừa bãi và hệ thống. Bão lụt, hạn hán, mất mùa v.v… đang có chiều hướng gia tăng đáng báo động, đòi hỏi có những nỗ lực chung để bảo vệ môi trường.
Ngoài các quá trình trên, sự gia tăng của chạy đua vũ trang, sự bất ổn của và gia tăng của giá nguyên liệu, nhất là dầu khí ít hay nhiều gây khó khăn cho phát triển kinh tế và an ninh quốc gia của nhiều nước trong khu vực. Malaixia đang trong quá trình hiện đại hóa đất nước, phải chi phí nhiều cho quốc phòng và cho các vấn đề an ninh phi truyền thống thì rõ ràng sẽ ảnh hưởng bất lợi đến phát triển nói chung.