Từ thời Chính sách Kinh tế Mới, (NEP) (từ 1971), đặc biệt từ khi Chính sách Phát triển Quốc gia (NDP) ra đời vào năm 1991, ở Malaixia đã dấy lên phong trào xây dựng bản sắc quốc gia - dân tộc hay tổ quốc Malaixia. Điều này được biểu hiện rõ nét trong văn kiện Tầm nhìn 2020 được đưa ra vào năm 1991. Tuy nước này đã đạt được thành tựu khá lớn trong vấn đề này, nhưng biên giới tộc người giữa 3 nhóm cộng đồng chính là người Melayu, người Hoa và người gốc ấn Độ trong kinh tế, chính trị và văn hóa còn khá lớn. Hay nói một cách khác, bước sang đầu thế kỷ XXI, chủ nghĩa cộng đồng sắc tộc ở Malaixia vẫn còn tác động lớn, chi phối nhiều mặt của đời sống xã hội nước này. Như vậy, sự tồn tại dai dẳng của chủ nghĩa cộng đồng dân tộc là một trong những vấn đề lớn, cản trở sự hình thành và phát triển chủ nghĩa quốc gia - dân tộc Malaixia.
Chủ nghĩa cộng đồng sắc tộc được biểu hiện trên mọi khía cạnh, từ văn hóa đến hoạt động chính trị và kinh tế. Ví dụ như trong lĩnh vực văn hóa, chính phủ Malaixia từ trước tới nay luôn giành ưu tiên cho người bản địa trong giáo dục phổ thông và đại học, xây dựng hạ tầng cơ sở kỹ thuật, nhất là các thánh đường cho người Hồi giáo. Trong khi đó nhà nước hầu như không hỗ trợ cho cấp giáo dục trung học của người Hoa trở lên. Tuy các trường tư thục được chính phủ cho phép hoạt động. Để bù lại, người Hoa đã tự bỏ rất nhiều tiền của để phát triển hệ thống giáo dục của mình. Hiện nay hầu hết các con em người Hoa theo học các trường Hoa ở cấp tiểu học và phần lớn ở cấp trung học. Tỷ lệ này so với những năm 60-80 là cao hơn [42, tr. 99-102]. Rõ ràng ai cũng biết rằng, sự duy trì tiếng mẹ để và nền giáo dục dân tộc là một trong những yếu tố chính duy trì bản sắc dân tộc. Việc người Hoa nhấn mạnh đến nền giáo dục Hoa văn du muốn dù không ít hay nhiều tiếp tục duy trì ranh giới tộc người, làm cản trở đến xây dựng bản sắc quốc gia - dân tộc chung, thống nhất của Malaixia. Ngay cả các nhà lãnh đạo, đảng phái chính trị đại diện cho 3 nhóm cộng đồng chính trên là UMNO, MCA, MIC luôn ý thức đấu tranh để củng cố và và phát triển bản sắc văn hóa của tộc người họ, và coi đó như một trong những phương tiện chính bảo vệ quyền lợi của họ tại đất nước này. Thậm chí trong các trường đại học, nơi được coi là có đội ngũ trí thức có tinh thần khai sáng hơn thì ý thức sắc tộc hay hiện tượng của chủ nghĩa cộng đồng sắc tộc vẫn được biểu hiện [5, tr. 16-19].
- Sự chênh lệch giàu nghèo giữa các nhóm dân cư, giai tầng xã hội và tộc người vẫn còn khá lớn:
Như đã đề cập ở trên, NEP và sau đó NDP đã mang lại nhiều lợi lộc cho Liên minh cầm quyền là Mặt trận Quốc gia, trước hết là Đảng UMNO. Các nhà lãnh đạo UMNO và các công ty UMNO đã dễ dàng có được những dự án hạ tầng bởi chính sách tư nhân hóa. Sự hoạt động tương đối có hiệu quả của phần lớn các công ty do UMNO kiểm soát đã tạo nên một ảo tưởng rằng người Malay đã bước vào một kỷ nguyên mới trong lĩnh vực làm ăn công nghiệp. Tuy nhiên thực tế khác xa với điều ấy. Ví dụ vào thời điểm cuối giai đoạn thực hiện NEP cổ phần vốn của người Malay chiếm 14,3%, còn rất xa con số 30% so với dự tính. Đến năm 1998 con số cũng chỉ là 14,9%. Tỉ lệ số các nhà hoạt động chuyên nghiệp Malay còn thấp: bác sĩ và kiến trúc sư Malay chiếm 15,7% và 28,5%. Vào năm 1997, tỉ lệ đói nghèo giảm nhanh chỉ còn 6,1%, nhưng đa phần là ở các khu vực của người Malay tỷ lệ đói nghèo cao. Cấu trúc công việc làm cũng đã được thay đổi, cụ thể: đa phần người Malay đã thôi không làm nông nghiệp truyền thống nữa, tuy nhiên, điều này cũng không phải là mang lại quyền lợi lớn cho người Malayu, bởi 28,2% trong số họ là những công nhân trực tiếp sản xuất, chứ không phải là giới chủ hay các nhà quản lý hành chính [5, tr. 19]. Số lượng các xí nghiệp vừa và nhỏ được tăng lên hàng loạt trong những năm 80 - 90 nhưng chủ yếu là của người Hoa. Đến cuối những năm 90, tính trong cả nước, kể cả dầu cọ và cao su thì có khoảng 80% các ngành công nghiệp có quy mô vừa và nhỏ là của người Hoa [42, tr. 103]. Do vậy, khoảng cách về thu nhập giữa đa số người Melayu nghèo đói với giới lãnh đạo thương nhân Melayu và phi Melayu là rất lớn.
Cùng với quá trình tư do hóa nền kinh tế, nhất là cuộc khủng hoảng tài chính-tiền tệ 1997-1998 nổ ra đã làm tăng sự bất bình đẳng về phân phối thu nhập. Theo số liệu đưa ra, thu nhập của 20% số hộ có thu nhập cao nhất tăng từ 50,4% năm 1990 lên 52,4% năm 1997 và giảm còn 50,5% vào năm 1999. Thu nhập của 40% có thu nhập thấp nhất giảm từ 14,3% năm 1990 xuống còn 13,2% năm 1997 và tăng chút ít lên 14% vào năm 1999. Sự bất bình đẳng trên còn được thể hiện ở chỉ số Gini, theo đó năm 1990 đạt ở con số 0,446 tăng lên 0, 470 năm 1997 và trở về mức cũ là 0,443 vào năm 1999 [32, tr. 71].
Xét theo cộng đồng tộc người, thì tình trạng có vẻ xấu đi đối với người Melayu bản địa kể từ khi thực hiện NDP. Theo chỉ số Gini, thì ở người Melayu và người gốc ấn lần lượt tăng từ 0, 420 và 0,390 năm 1990 lên 0,448 và 0,409 năm 1997; Trong khi đó chỉ số Gini của người Hoa giảm từ 0,419 xuống còn 0,416 trong cùng thời kỳ [32, tr. 73]. Nếu xét theo tỷ lệ tăng trưởng trung bình của thu nhập hộ gia đình theo nhóm tộc người, thì tỷ lệ tăng trưởng trung bình của người Melayu chỉ là 10,3% so với người Hoa là 10,9% và người gốc ấn là 11,4%. Xét trên tổng thể, cả ở khu vực nông thôn cũng như thành thị thì nhóm sắc tộc người Melayu vẫn là cộng đồng có tỷ lệ tăng trưởng thu nhập hộ gia đình thấp nhất. Đây là vấn đề tồn tại khá lớn, và lâu dài trong lịch sử, đòi hỏi chính phủ Malaixia cần có các biện pháp mới, nếu như muốn đạt được các chỉ tiêu đã đưa ra trong Tầm nhìn 2020.
Sự suy giảm về thu nhập và bất bình đẳng xã hội tăng lên đã tạo nên sự chỉ trích đối với chính sách của chính phủ và đảng UMNO cầm quyền. Trong một cuộc điều tra xã hội học vào năm 1997, có khoảng 51,1% số người Melayu được hỏi cho rằng, các nhà lãnh đạo UMNO đã dùng quyền lực để làm giàu cho chính họ, người thân và họ hàng gia đình họ, chứ không phải là cho người Melayu nói chung. Điều này đã dẫn đến làn sóng buộc tội một bộ phận của giới lãnh đạo UMNO vô trách nhiệm lợi dụng chức quyền, xa hoa lãng phí diễn ra trong những năm 1997-1999. Nhiều người Melayu, trong đó có đông đảo tầng lớp trẻ đã buộc tội UMNO đã phản bội sự nghiệp của người Melayu [5, tr. 19].
Ngoài các thách thức từ chủ nghĩa cộng đồng sắc tộc và sự bất bình đẳng xã hội, mâu thuẫn bên trong của liên minh cầm quyền, trước hết là trong nội bộ đảng UMNO và sự khác biệt, chênh lệch phát triển giữa các vùng miền, các tiểu bang cũng như những thay đổi lớn trong cơ cấu giai cấp - xã hội và nghề nghiệp cũng là những vấn đề lớn, thách thức sự ổn định và phát triển của quốc gia này. Cụ thể là sự gia tăng mâu thuẫn giữa UMNO với các đảng đối lập như đảng PAS, giữa những người ôn hòa với các phần tử cấp tiến trong các tín đồ Hồi giáo, giữa các thế hệ trong nội bộ cầm quyền. Thời gian gần đây, mâu thuẫn đang tăng lên giữa các thế hệ lãnh đạo của những năm 70-90 với thế hệ đương thời. Biểu hiện rõ nét nhất là sự chỉ trích của cựu thủ tướng Mahathir Mohamad đối với đương kim Thủ tướng Abdullah Badawi về cách điều hành đất nước. Điều này
chứng tỏ có sự rạn nứt bên trong giới thượng lưu cầm quyền. Cùng với sự tồn tại khác biệt về sắc tộc và bất bình đẳng xã hội, sự mất đoàn kết trong đảng cầm quyền luôn là vấn đề tồn tại, thách thức không nhỏ đối với sự ổn định chính trị và phát triển kinh tế của Liên bang Malaixia.