Chứng từ kế toán là tài liệu đầu vào của công tác kế toán, là nơi chứa đựng những thông tin kế toán quan trọng nhất, nơi quyết định tính hợp lý và hợp pháp của nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Việc lập, ký, quản lý chứng từ kế toán không tuân thủ quy định của Nhà nước, việc phê duyệt không kịp thời sẽ tạo ra sự dễ dãi và cẩu thả đối với người cung cấp và đệ trình chứng từ. Xét về khía cạnh quản lý của các đơn vị, nó sẽ tạo ra các kẽ hở cho việc cung cấp chứng từ không hợp pháp và làm giảm hiệu quả hoạt động kinh doanh. Xét về mặt quản lý của các cơ quan Nhà nước, nó sẽ gây thiệt hại kinh tế trực tiếp cho doanh nghiệp trong trường hợp các chứng từ chi phí này không được coi là chi phi hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Ngoài ra, nó còn có thể dẫn tới những rủi ro pháp lý, nếu đơn vị gặp phải những chứng từ, hóa đơn giả
Chi nhánh nên chấn chỉnh lại công tác kiểm soát chứng từ kế toán ban đầu. Cần có các văn bản quy định rõ trách nhiệm của từng người tham gia quá trình xử lý chứng từ như: người chuẩn bị chứng từ ( người lập Đề nghị thanh toán), người kiểm soát chứng từ ( kế toán thanh toán), kế toán trưởng. Đồng thời văn bản cần chỉ rõ trong trường hợp nào hay những thông tin cần thiết để bộ chứng từ được chấp nhận để hoàn thiện hơn kế toán tiêu thụ hàng hóa. Ví dụ, trong các hóa đơn bán hàng hay bảng kê hóa đơn bán hàng không ghi rõ phương thức thanh toán của khách hàng. Điều này gây khó khăn trong công tác đối chiếu giữa thủ quỹ và kế toán tiền mặt, hay kế toán thanh toán và kế toán tiền gửi.
Chi nhánh cần xem xét hướng dẫn cho các nhân viên, bộ phận kế toán cách kiểm tra các chứng từ, hóa đơn trong quá trình mua hàng thông qua phần mềm kiểm tra hóa đơn miễn phí của Cơ quan Thuế được cập nhật hàng tháng trên trang web của Tổng Cục Thuế để hạn chế tối đa các trường hợp hóa đơn giả và hóa đơn không hợp pháp