Kinh tế nông nghiệp vùng ĐBSCL chiếm một tỷ trọng rất lớn trong tổng sản phẩm xã hội và thu nhập quốc dân và là ngành có tỷ trọng lớn về lực lượng lao động trong toàn vùng. Tuyệt đại bộ phận lao động nằm ở nông nghiệp với cơ cấu kinh tế chuyển dịch chậm, trên 90% GDP nông thôn là từ nông nghiệp, trong lúc đó trình độ sản xuất hàng hóa còn thấp, diện tích đất chủ yếu là trồng trọt, phần lớn giá trị sản phẩm cũng như thu nhập của nông dân đều từ sản xuất lương thực, trong đó chủ yếu từ sản xuất lúa. Nhiều loại cây, con đặc sản đặc trưng cho thế mạnh của nền nông nghiệp nhiệt đới của vùng chưa được phát huy.
Trong nội bộ nông nghiệp, cơ cấu giữa trồng trọt và chăn nuôi vẫn mất cân đối lớn. Mặc dầu tỷ trọng chăn nuôi trong giá trị sản xuất nông nghiệp tuy có tăng chút ít và chăn nuôi ở ĐBSCL vẫn được coi là phát triển hơn một số vùng khác.
Trong trồng trọt, ĐBSCL có tiềm năng và thế mạnh về sản xuất trái cây, thế nhưng hiện trạng sản xuất trái cây ở vùng này hiện nay lại còn nhiều tồn tại như: chưa có quy hoạch vùng đất, loại cây trồng cụ thể; khoảng gần một nửa diện tích các vườn cây ăn trái hiện nay là vườn tạp năng suất thấp, chất lượng kém, kỹ thuật canh tác lạc hậu... với đầu ra
của vùng thì sau một thời gian dài khó khăn về chế biến và tiêu thụ sản phẩm, đến nay đang có xu thế ổn định với diện tích 121.813 ha (1995) tăng lên khoảng 140.000 ha năm 1999; thêm nữa việc nhập tự do các loại trái cây vừa không khuyến khích sản xuất vừa mang nhiều mầm bệnh cho vùng thâm canh cây ăn quả trong cả nước. Do đó, dù có thế mạnh về cây trái nhưng thu nhập từ hàng hóa trái cây vẫn là thứ yếu trong cơ cấu kinh tế của ĐBSCL.
Trong trồng trọt đã xuất hiện xu hướng quay về lương thực nhất là lúa ngày càng rõ, kể cả trong những năm giá lúa giảm và đứng ở mức thấp (1997). Năm 1998 do giá lúa cao, nhiều địa phương và hộ nông dân ở ĐBSCL đã tăng diện tích vụ 3, biến một số diện tích ruộng 2 vụ thành 3 vụ trong năm. Xu hướng này tuy có tăng một số sản lượng lúa, tăng thu nhập cho nông dân, nhưng về lâu dài là không có lợi nhiều mặt. Bên cạnh đó, ở một số địa phương và hộ nông dân chạy theo lợi ích cục bộ trước mắt đã chuyển đổi một số đất vườn hoặc trồng cây ăn quả sang làm lúa, làm tăng xu hướng độc canh cây lúa, giảm nhịp độ chuyển đổi cơ cấu cây trồng theo hướng đa dạng hóa.
Có thể nói, khuynh hướng tự phát, thiếu quy hoạch tổng thể trước mắt cũng như lâu dài đối với từng loại cây trồng, vật nuôi, cũng như từ sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm và thị trường xuất khẩu diễn ra khá phổ biến làm cho nông dân không an tâm đầu tư phát triển sản xuất, khai thác hợp lý các tiềm năng nông nghiệp. Cái khó của nông dân hiện nay là nếu chuyển đổi cơ cấu cây trồng vật nuôi theo hướng đa dạng hóa sản phẩm, thì ai là người đảm bảo khâu tiêu thụ sản phẩm và giá cả sẽ ra sao.