Cơ cấu tổ chức và bộ máy hoạt động của Công ty Xây dựng Lũng Lô theo quyết định số 466/ QĐ- BQP ngày 17 tháng 4 năm 1996 bao gồm:
- Ban Giám Đốc gồm Giám Đốc và 04 Phó Giám Đốc - Các phòng, ban chức năng:
+ Phòng kế toán Tổng hợp + Phòng kỹ thuật thi công + Phòng tài chính Kế toán + Văn phòng
+ Phòng Chính trị + Ban bom mìn + Phòng Tổ chức lao động – tiền lương + Ban kiểm toán * Các xí nghiệp thành viên
- Xí nghiệp Khảo sát thiết kế và tư vấn xây dựng; - Xí nghiệp xây dựng công trình Ngầm;
- Xí nghiệp xây dựng phía Bắc; - Xí nghiệp xây dựng phía Nam;
- Xí nghiệp xử lý môi trường và ứng dụng vật liệu Nổ (XLMT& ƯDVLN) - Xí nghiệp công trình giao thông phía Bắc;
* Các văn phòng đại diện
- Văn phòng đại diện Miền Trung; - Văn phòng đại diện Miền Nam;
Xuất phát từ đặc điểm của công tác quản lý hoạt động kinh doanh xây lắp cũng như tính chất đặc thù của doanh nghiệp thuộc Bộ quốc phòng. Có thể thấy cơ cấu tổ chức của công ty theo mô hình trực tuyến chức năng. Những người lao động được sự trợ giúp của các phòng, ban, chức năng, chuyên gia các hội đồng tư vấn trong suy nghĩ, nghiên cứu bàn bạc tìm giải pháp tối ưu cho những vấn đề phức tạp. Tuy vậy, quyền ra quyết định thuộc về lãnh đạo doanh nghiệp. Các phòng ban có sự chuyên môn hóa rõ ràng, có trách nhiệm tham mưu cho toàn bộ hệ thống trực tuyến. Kiểu tổ chức này phát huy năng lực chuyên môn các bộ phận quản lý chức năng, vừa đảm bảo quyền chỉ huy trực tuyến. Đây là loại cơ cấu áp dụng nhiều doanh nghiệp đặc biệt đối với các tổng công ty xây lắp như Công ty xây dựng Trường Sơn, Lũng Lô. Nhưng mặt khác,cũng đòi hỏi người quản lý phải có trình độ chuyên môn để có để điều hành công việc một cách hiệu quả. Công tác đào tạo và phát triển nguồn nhân lực của toàn công ty sẽ do phòng Tổ chức – lao động – tiền lương phụ trách.. Bên cạnh đó, mỗi xí nghiệp, công trường, phòng ban cũng có cán bộ đảm nhiệm các công việc liên quan đến đào tạo như: xác định nhu cầu; lựa chọn đối tượng...nhằm giúp cho đào tạo được hoàn thiện. Nhưng cũng đặt ra vấn đề đối với công tác đào tạo và phát triển là phải có đội ngũ công nhân viên thực sự có năng lực chuyên môn và quản lý để thực hiện các mục tiêu đề ra của công ty.