Về mặt chủ quan, trước hết phải nói đến đó là sự yếu kém của Hệ thống chính trị cơ sở ở vùng có đạo Tin Lành xâm nhập.
Trước hết về Hệ thống chính trị cơ sở, cho đến nay 100% số xã, phường, thị trấn đã thành lập được tổ chức đảng. Còn 428/2452 số bản "trắng" đảng viên chiếm tỷ lệ 17,5% [39, tr. 24]. Nhìn chung các tổ chức Đảng ở vùng cao trình độ, năng lực còn yếu: Chưa thể hiện rõ được vai trò, chức năng lãnh đạo của mình. Đặc biệt việc xây dựng nghị quyết, đề ra chủ trương phát triển kinh tế- xã hội cũng như xây dựng quy chế lãnh đạo trong điều kiện kinh tế thị trường, còn là vần đề khó và mới đối với cán bộ, đảng viên ở các xã vùng cao, biên giới. Nhiều nơi chưa chú trọng tới công tác đào tạo, bồi dưỡng, bố trí sắp xếp đội ngũ cán bộ, công tác tuyên truyền đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước... Hoạt động của chính quyền, Mặt trận tổ quốc và các tổ chức đoàn thể còn rất hạn chế, lúng túng và kém hiệu quả , thậm chí có nơi mối quan hệ giữa tổ chức Đảng, chính quyền, đoàn thể chưa rõ ràng, biểu hiện "lấn sân", "bao biện làm thay" diễn ra khá phổ biến.
Đội ngũ cán bộ vùng cao, ở các dân tộc ít người trong Tỉnh có nhiều vấn đề bức xúc. Tỷ lệ đảng viên trong 6 dân tộc ít người (Hmông, Dao, Kháng, Khơ mú, Sinh mun, La ha) chỉ chiếm 6,8% tổng số đảng viên toàn Tỉnh (Trong đó đảng viên là dân tộc Hmông chỉ chiếm khoảng 3% bằng 0,85% so với số dân Hmông). Trình độ văn hoá trung bình lớp 5/12 (Trong khi trình độ văn hoá trung bình của đảng viên toàn tỉnh là 8/12), đối với trưởng bản tỷ lệ đảng viên chỉ đạt khoảng 20% [46, tr. 5]. Qua khảo sát thực trạng đội ngũ chính quyền cơ sở ở 14 xã vùng III cho thấy: Trình độ văn hoá cấp 1: 27,4%, cấp 2: 68,8% (chủ yếu lớp 5,6 cũ), cấp 3: 4,8%; Trình độ lý luận chính trị : chưa
học 61,62%, sơ cấp 8,8% ,trung cấp bồi dưỡng: 29,6%; Về quản lý nhà nước: số chưa học 86,4%, bồi dưỡng sơ cấp 13,6%; Về chuyên môn khác: số chưa học 84,8%, sơ cấp 3,2%, trung cấp 12%, không có đại học. Đánh giá về phẩm chất: khá, tốt 84,8%, Trung bình: 11,2%. Đánh giá về năng lực: khá 32,8%, trung bình và yếu kém 67,2% (xem phụ lục 16,17]. Từ thực trạng Hệ thống chính trị cơ sở và đội ngũ cán bộ trên đây có thể rút ra những kết luận sau:
- Công tác xây dựng đảng ở vùng sâu, vùng xa, vùng dân tộc ít người chưa được quan tâm đúng mức do đó cơ sở đảng, chính quyền, các đoàn thể quần chúng mỏng và yếu, đảng viên, cán bộ là người Hmông chiếm tỷ lệ quá nhỏ, chưa quan tâm tới đội ngũ già làng, trưởng bản, các đoàn thể hoạt động yếu ớt, hình thức, cầm chừng. Công tác quản lý đối tượng, quản lý địa bàn thiếu chặt chẽ, nhất là quản lý nhân khẩu... Chính vì những lý do trên mà một số người truyền đạo trái phép tự do đi lại, truyền đạo một cách bất hợp pháp .
- Công tác tuyên truyền lãnh đạo tư tưởng chưa được chú trọng. Do đó lượng thông tin của Đảng, Nhà nước đến với chính quyền và quần chúng nhân dân còn hạn chế . Có không ít thôn bản vùng cao, vùng đồng bào Hmông trong suốt 2 - 3 năm liền chưa được nghe lãnh đạo xã phổ biến chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước ...Việc đói thông tin là một nguyên nhân quan trọng khiến cho một bộ phận người Hmông nghe kẻ xấu tuyên truyền theo đạo Tin lành.
- Trình độ năng lực của đội ngũ cán bộ cơ sở vùng cao thấp và yếu đã ảnh hưởng không nhỏ tới chất lượng và hoạt động của bộ máy đảng, chính quyền, đoàn thể. Đội ngũ cán bộ các cấp trong những năm qua có biểu hiện sống xa dân, ít xuống cơ sở không nắm được tâm tư nguyện vọng của đồng bào, làm giảm niềm tin của dân đối với Đảng. Trong khi đó một bộ phận cán bộ đảng viên sa đoạ, biến chất, làm mất uy tín trong dân, thậm chí còn trở thành những phần tử tích cực trong việc truyền đạo .
- Các cấp uỷ đảng, chính quyền, đoàn thể, đội ngũ cán bộ hiểu biết về tôn giáo còn ít, việc nhận thức về đạo truyền vào người Hmông chưa nhất quán. Vì thế khi Tin Lành truyền vào thì tỏ ra lúng túng, chưa tìm được giải pháp ngăn chặn kịp thời và kiên quyết. Có một số nơi chính quyền buông trôi thả nổi hoặc sử dụng những biện pháp không thích hợp vì vậy mà Tin lành có điều kiện để phát triển.
- Một số nơi cấp uỷ, chính quyền và đoàn thể, một bộ phận cán bộ và nhân dân chưa nhận thức rõ âm mưu "DBHB" của các thế lực thù địch lợi dụng vấn đề dân tộc và tôn giáo chống phá cách mạng Việt nam, do vậy có biểu hiện chủ quan, mất cảnh giác. Sự kiện vụ ép tự sát tập thể ở bản Pahé (Tranh đấu-Thuận châu) tháng 10/1993 là một vụ điển hình minh chứng cho điều đó. Công tác nắm tình hình chậm, khi phát hiện được để tiến hành vận động, ngăn chặn thì việc truyền đạo ở đó đã xong. Công tác tuyên truyền, vận động quần chúng đấu tranh chống âm mưu DBHB, lợi dụng vấn đề dân tộc và tôn giáo chưa trở thành phong trào quần chúng bảo vệ an ninh chính trị và trật tự an toàn xã hội. Một số nơi Công tác tôn giáo lại "khoán" cho cơ quan chức năng... Những yếu tố chủ quan nói trên đã làm cho tình hình truyền đạo trái phép vào người Hmông chậm được xử lý và có những diễn biến phức tạp .
Như vậy, sự xâm nhập và phát triển của Tin lành trong người Hmông Sơn La những năm qua là kết quả tổng hợp của nhiều nguyên nhân khách quan và chủ quan, bên trong và bên ngoài. Có những nguyên nhân xuất phát từ âm mưu lợi dụng tôn giáo trong chiến lược DBHB của Mỹ và các thế lực thù địch, từ sự chỉ đạo và giúp đỡ về vật chât và tinh thần của các tổ chức tôn giáo quốc tế, của Hội thánh Tin lành miền Bắc, của đài truyền đạo FEBC. Song cũng có những nguyên nhân từ những khó khăn về kinh tế đời sống, từ sự thấp kém về văn hoá, từ sự bế tắc trong việc tìm một lối thoát trong đời sống tinh thần hoặc từ sự yếu kém của ta trong quản lý nhà nước, kinh tế và xã hội. Các nguyên nhân nói trên cho thấy Tin lành ở Sơn la đã hội tụ đủ các điều kiện để xâm nhập và phát triển khá nhanh trong người Hmông Sơn la và gây ra những hậu quả trên nhiều mặt của đời sống xã hội. Vì vậy việc nghiên cứu và làm rõ những tác động và ảnh hưởng của nó là hết sức cần thiết.