Công tác điều tra đa dạng sinh học ở Cao Bằng chƣa đƣợc tiến hành một cách đầy đủ và đồng bộ. Chỉ có một số công trình nhỏ, lẻ nghiên cứu về động thực vật rừng, nghiên cứu về các loài lan, về hang động... Nhìn chung hệ Động thực vật tại Cao Bằng còn khá phong phú về cá thể, về quần cƣ và kiểu thảm thực vật có ý nghĩa lớn trong việc nghiên cứu khoa học, góp phần phát triển kinh tế địa phƣơng. Tuy nhiên đa dạng sinh học tại tỉnh Cao Bằng đang phải đối mặt với nhiều nguyên nhân suy thoái cơ bản sau:
Mất và phá huỷ nơi cư trú: thƣờng là kết quả trực tiếp do các hoạt động của con ngƣời và sự tăng trƣởng dân số. Tốc độ tăng dân số nhanh cùng với quá trình phát triển công nghiệp, nông nghiệp đã làm tăng mức độ sử dụng tài nguyên thiên nhiên do đó tăng lƣợng thải ra ngoài môi trƣờng với nhiều chủng loại chất thải khác nhau cũng nhƣ với các mức độc hại khác nhau. Ngoài ra, con ngƣời còn chuyển đổi mục đích đất nông nghiệp sang đất xây dựng, cấp phép các dự án khai thác khoáng sản trên đất nông nghiệp, đất rừng đã làm suy giảm diện tích đất đai, suy giảm đa dạng sinh học.
Đói nghèo cũng là một trong những nguyên nhân của việc khai thác không bền vững. Hiện nay một bộ phận lớn ngƣời dân sống phụ thuộc vào tài nguyên đa dạng sinh học. Tuy nhiên, nguồn tài nguyên đa dạng sinh học hiện đang bị khai thác và sử dụng một cách thiếu bền vững.
Khai thác thủy sản quá mức và huỷ diệt : sử dụng các phƣơng tiện đánh bắt hủy diệt diễn ra tại các đoạn sông có mực nƣớc sâu của sông Bằng, sông Gâm. Ngƣời dân sử dụng các phƣơng pháp đánh bắt nhƣ nổ mìn, đánh điện ngoài săn bắt cá lớn còn làm chết các loài cá nhỏ và các loài thủy sinh khác.
Xây dựng các đập thuỷ điện: Các đập hồ chứa làm mất sinh cảnh và ngăn dòng chảy tự nhiên ảnh hƣởng đến các hoạt động di cƣ, kiếm ăn, sinh sản của các loài cá ƣa nƣớc chảy.
Khai thác gỗ và các sản phẩm phi gỗ: Thiếu kiểm soát làm cạn kiệt nguồn tài nguyên rừng, hiện nay trên địa bàn tỉnh vẫn còn xảy ra tình trạng buôn bán gỗ lậu, buôn bán các sản phẩm từ gỗ trái phép, tình trạng phá rừng. Nguồn tài nguyên rừng tự nhiên đang ngày càng suy giảm.
Khung 6.1: Tình hình vi phạm luật bảo vệ và phát triển rừng
Năm 2009 lực lƣợng kiểm lâm đã lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý bảo vệ rừng 321 vụ. Đã xử lý hành chính 298 vụ. Đề nghị khởi tố hình sự 4 vụ, trong đó:
+ Cháy rừng 33 vụ thiệt hại 97,68ha; + Phá rừng trái phép 54 vụ;
+ Mua bán vận chuyển lâm sản trái phép 150 vụ;
+ Vi phạm quy định về quản lý động vật hoang dã 18 vụ, tịch thu tang vật 293kg (rắn, xƣơng khỉ...);
+ Vi phạm chế biến gỗ và lâm sản khác 29 vụ; + Lâm sản tịch thu: 130,541m3
gỗ.
+ Nộp tiền phạt và bán lâm sản tịch thu vào ngân sách nhà nƣớc đƣợc: 1.172.164 đồng
Khai thác và buôn bán các loài động thực vật hoang dã: săn bắt động vật hoang dã vẫn diễn ra trên một số huyện, các món ăn từ động vật hoang dã vẫn đƣợc bầy bán tại các nhà hàng, ngƣời dân chƣa quan tâm đến việc bảo vệ các loài động vật từ rừng, một số ngƣời dân thƣờng xuyên tổ chức săn bắn động vật hoang dã. Hiện nay tại một số khu rừng các loài động vật có vú xuất hiện thƣa thớt, một số loài hiện nay không còn thấy xuất hiện trên các khu rừng trƣớc đây chúng thƣờng xuyên xuất hiện.
Sự thay đổi chất lượng nước Nƣớc thải sinh hoạt với đặc trƣng hàm lƣợng BOD5, N, P cao đang góp phần gây ô nhiễm nƣớc sông chảy qua khu vực thị xã và thị trấn. Nƣớc thải từ hoạt động khai thác, chế biến khoáng sản, hoạt động khai thác cát, sỏi đã và đang làm hủy hoại một số đoạn sông suối.
Cháy rừng : trong năm qua cũng đã xảy ra nhiều vụ cháy rừng gây thiệt hại hàng tỷ đồng, cháy rừng còn gây ảnh hƣởng xấu đến môi trƣờng sống, làm giảm tính đa dạng sinh học, phá vỡ cảnh quan.
Du nhập sinh vật ngoại lai và loài xâm lấn: Hiện trạng các sinh vật ngoại lai tại Cao Bằng phát triển chủ yếu là ốc bƣơu vàng. Về quản lý sinh vật biến đổi gen và các sản phẩm của chúng tại Cao Bằng còn nhiều hạn chế, một số loài chƣa có hoặc chƣa đƣợc phát hiện. Các sản phẩm của sinh vật biến đổi gen cũng chƣa đƣợc xác định rõ, đặc biệt các sản phẩm có nguồn gốc từ Trung Quốc.
Thể chế và chính sách: Quy hoạch đối với công tác bảo tồn đa dạng sinh học còn chƣa đồng bộ và toàn diện dẫn đến sự chồng chéo, phát triển tài nguyên thiên nhiên không hợp lý và bền vững, các văn bản hƣớng dẫn từ cấp tỉnh còn thiếu, chƣa tập trung mà rời rạc, tản mạn, công tác quản lý còn yếu kém, chƣa có các công trình nghiên cứu khoa học và các chiến lƣợc dài hạn liên quan đến phát triển đa dạng sinh học.
Khung 6.2: Các địa phƣơng xảy ra cháy rừng
Trong năm 2008 - 2009 đã xảy ra: 33 vụ cháy rừng so với cùng kỳ năm 2008 tăng 25 vụ; Diện tích thiệt hại 97,68 ha tăng so với năm 2008 là 73,3 ha (Trong đó thiệt hại rừng trồng 40,67 ha rừng, rừng tái sinh 57,01 ha).
Các địa phƣơng chảy ra cháy rừng là:
- Hòa An 08 vụ thiệt hại 17,36 ha trong đó rừng trồng là 15,22 ha;
- Trùng Khánh 06 vụ thiệt hại 20,74 ha trong đó rừng trồng là 3,24 ha;
- Hạ Lang 03 vụ thiệt hại 21,52 ha trong đó rừng trồng là 0,3 ha;
- Hà Quảng 06 vụ thiệt hại 21,52 ha trong đó rừng trồng là 14,2 ha;
- Thạch An 01 vụ thiệt hại là 4 ha rừng tái sinh; - Nguyên Bình 01 vụ thiệt hại 1,5 ha rừng trồng;
- Thông Nông 02 vụ thiệt hại 10,15 ha trong đó rừng trồng là 5 ha;
- Thị xã 03 vụ thiệt hại 6,11 ha. Trong đó rừng trồng là 6,11 ha;
Biến đổi khí hậu toàn cầu: có thể làm thay đổi các điều kiện môi trƣờng. Các loài và các quần thể có thể bị suy giảm nếu chúng không thể thích nghi đƣợc với những điều kiện mới hoặc sự di cƣ.