* Sở Hải quan Trung ương ra đời phục vụ nhiệm vụ cách mạng mới trong giai đoạn 1954-1960:
Chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ, kết thúc thắng lợi sự nghiệp kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược của nhân dân ta. Việt Nam tạm thời chia làm hai miền với hai chế độ chính trị khác nhau: Miền Bắc hoàn toàn giải phóng và đi lên chủ nghĩa xã hội, còn miền Nam tạm thời bị đế quốc Mỹ và các lực lượng tay sai thống trị. Nhiệm vụ mà Trung ương Đảng và Chính phủ đề ra cho toàn dân và toàn quân ta lúc này là: Ra sức củng cố miền Bắc về mọi mặt để làm cơ sở vững chắc cho cuộc đấu tranh thống nhất nước nhà.
Ngày 23-12-1954, Chính phủ ban hành Nghị định số 429-TTg về việc đánh thuế những mặt hàng xuất khẩu và nhập khẩu khu vực tập kết 300 ngày của quân đội Pháp gồm ở Bắc Bộ và tuyến Bắc Quảng Trị. trong phiên họp thường kỳ tháng 10 năm 1954, Hội đồng Chính phủ đã quyết định chuyển ngành Thuế xuất nhập khẩu sang Bộ Công thương để thành lập ngành Hải quan. Trên tinh thần đó, ngày 15-11-1954 liên Bộ Tài Chính - Công thương có Nghị định số 121/TC-CT-NĐ chuyển ngành Thuế xuất nhập khẩu thuộc Bộ Tài Chính sang Bộ Công thương. Tiếp đó, ngày 14-12-1954, Bộ trưởng Bộ Công thương ký Nghị định số 136/BCT/KB/NĐ thành lập Sở Hải quan thuộc Bộ Công thương.
Về hệ thống tổ chức, ngành Hải quan Việt Nam có: Sở Hải quan Trung ương đứng đầu là Giám đốc sở. Các cơ quan Hải quan địa phương: Sở Hải quan Liên khu hoặc Khu; Chi sở Hải quan tỉnh hay liên tỉnh; Phòng Hải quan Trên cơ sở đó, Bộ Công thương đã có quyết định thành lập:
- ở cấp Trung ương, Sở Hải quan Trung ương gồm các phòng: Hành chính và các phòng nghiệp vụ (Thống kê Kế toán, Thuế biểu, Kiểm soát, Giám quản, Kiểm nghiệm hàng hóa xuất nhập khẩu). Các phòng và các đội trực thuộc có: Phòng Hải quan 101 (Ga Hàng Cỏ), Phòng Hải quan ga Gia Lâm, Phòng Hải quan Bưu điện Hà Nội, Nam Định, Ninh
Bình và các đội kiểm soát lưu động, Đội kiểm soát thuốc phiện và Phòng quản lý thương nhân Nam - Bắc.
- ở cấp địa phương:
+ Phân sở Hải quan khu Tả ngạn, Phân Sở Hải quan Liên khu IV. + Sở Hải quan Hà Nội, Sở Hải quan Hải Phòng.
+ Các Chi sở Hải quan: Hải Ninh, Lạng Sơn, Cao Bằng, Hà Giang, Lào Cai, Hồng Quảng, Nghệ An, Vĩnh Linh (có nhiệm vụ chuyển nhận bưu thiếp của nhân dân hai miền Nam - Bắc trao đổi cho nhau qua cầu Hiền Lương).
+ Các Phòng Hải quan: Ma Lù Thàng (Lai Châu), Hòn Gai, Cẩm Phả, Mường Xén, Hải Ninh.
Việc Sở Hải quan Trung ương ra đời đã thay đổi căn bản về cơ cấu tổ chức và hoạt động Hải quan từ thời chiến sang thời bình, đáp ứng yêu cầu và nhiệm vụ mới. Cũng từ đây, thuật ngữ "Hải quan" được sử dụng chính thức trong các văn bản của Nhà nước ta.
Do yêu cầu thành lập thêm các Bộ, cơ quan ngang Bộ để tăng cường hiệu quả công tác chỉ đạo của Chính phủ, theo các nghị quyết của Quốc hội, Bộ Công thương được chia tách thành Bộ Công nghiệp và Bộ Thương nghiệp (tháng 9-1955). Sau đó Bộ Thương nghiệp được tách thành Bộ Nội thương và Ngoại thương. Ngành Hải quan cũng được chuyển giao trực thuộc Bộ Thương nghiệp rồi Bộ Ngoại thương, là các Bộ có chức năng quản lý Nhà nước về kinh tế đối ngoại và ngoại thương (tháng 4-1958).
* Điều lệ Hải quan ra đời đánh dấu bước phát triển mới của Hải quan Việt Nam:
Ngày 27-2-1960, Chính phủ ban hành Điều lệ Hải quan kèm theo Nghị định số 03/CP "để đảm bảo thực hiện chính sách quản lý ngoại thương, quản lý ngoại hối của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, góp phần phục vụ đường lối ngoại giao, bảo vệ tài sản của Nhà nước…". Điều lệ Hải quan là văn bản pháp quy tương đối hoàn chỉnh đầu tiên về các luật lệ, thủ tục hải quan của Nhà nước ta được công bố, đánh dấu bước phát triển mới của Hải quan Việt Nam. Là một đơn vị hành chính sự nghiệp, nhưng trên thực tế thời kỳ này Hải quan đã được xác định là công cụ chuyên chính có nhiệm vụ bảo vệ chính sách Nhà nước độc quyền về ngoại thương. Trong kinh doanh xuất nhập khẩu, Nhà nước thực hiện
chế độ "thu bù chênh lệch ngoại thương", do đó Hải quan chỉ tập trung vào một số công việc như: làm thủ tục và phát hiện sai sót, tổn thất hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thu thuế hàng xuất nhập khẩu phi mậu dịch và đấu tranh chống buôn lậu qua biên giới.
Ngày 17-6-1962 Bộ Ngoại thương ban hành Quyết định số 490/BNT-QĐ đổi tên Sở Hải quan thành Cục Hải quan trung ương thuộc Bộ Ngoại thương; các Phân sở, Chi sở được đổi thành Phân cục, Chi cục. Cục Hải quan tập trung vào nhiệm vụ giám quản nhằm quản lý, theo dõi thanh ký các hợp đồng, phát hiện sai sót, tổn thất hàng hóa xuất nhập khẩu, thu thuế hàng hóa xuất nhập khẩu phi mậu dịch (không trực tiếp thu thuế xuất nhập khẩu mậu dịch); chống buôn lậu.
* Lực lượng Hải quan trong sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội, chiến đấu bảo vệ miền Bắc, góp phần chi viện cho chiến trường miền Nam, hoàn thành sự nghiệp thống nhất đất nước (1965-1975):
Từ năm 1965, cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước của nhân dân ta bước vào một thời kỳ mới. Tình trạng cả nước có chiến tranh đã buộc ngành Ngoại thương phải nhanh chóng chuyển hướng hoạt động cho phù hợp với tình hình mới. Ngành Hải quan cũng phải tổ chức thực hiện quân sự hóa mọi hoạt động của mình. Với khẩu hiệu "Đón hàng xuất, theo hàng nhập", "Bám cửa khẩu, bám hàng hóa", "Tất cả để đánh thắng giặc Mỹ xâm lược", Ngành đã bố trí lại tổ chức làm nhiệm vụ trong điều kiện ác liệt nguy hiểm nhất để làm thủ tục tiếp nhận, giải phóng hàng nhanh và an toàn, phục vụ kịp thời sự nghiệp cách mạng của cả nước.
Do điều kiện chiến tranh, số nước có quan hệ kinh tế với nước ta giảm nhiều từ 40 nước năm 1964, giảm xuống còn 27 nước vào năm 1974 và chủ yếu là các nước xã hội chủ nghĩa. Từ 1964 đến 1974, hầu hết hàng hóa xuất nhập khẩu đều được trao đổi với các nước xã hội chủ nghĩa (hàng xuất chiếm 70%, năm cao nhất 90,5% tổng kim ngạch xuất khẩu; hàng nhập trên 80%, năm cao nhất (1971) là 99,5%). Nhập khẩu phát triển nhanh, nhưng xuất khẩu giảm nhiều, nhất là những đợt đế quốc Mỹ đánh phá ác liệt ở miền Bắc. Nhưng công tác hải quan vẫn giữ vững và hoạt động thường xuyên, đảm bảo giải phóng hàng nhanh, góp phần chi viện cho tiền tuyến lớn miền Nam, cho cách mạng Lào và Campuchia, phục vụ cho sinh hoạt hàng ngày của nhân dân miền Bắc. Nhiệm vụ cho Cục Hải quan trong thời kỳ này
là: Tăng cường công tác giáo dục chính trị, lãnh đạo tư tưởng, chuyển biến sâu sắc hơn nữa nhận thức về tình hình và nhiệm vụ mới, nêu cao tinh thần tự lực cánh sinh, ý chí phấn đấu đối với cách mạng, phát huy thành tích và kinh nghiệm sẵn có, quyết tâm khắc phục mọi khó khăn, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ Hải quan trong mọi tình huống. Bước đầu quân sự hóa ngành Hải quan để công tác và chiến đấu tốt. Mọi mặt công tác nghiệp vụ giám quản, kiểm soát, chống buôn lậu cũng như tổ chức chỉ đạo phải chuyển biến và cải tiến mạnh mẽ, đi sâu vào nghiệp vụ, nâng cao hơn chất lượng nhằm phục vụ đắc lực và kịp thời cho nhiệm vụ ngoại thương, góp phần phục vụ nhiệm vụ bảo vệ chính trị và an ninh, đường lối ngoại giao của Đảng và Nhà nước. Tổ chức và công tác phải cơ động, gọn nhẹ, đơn giản, linh hoạt nhưng đảm bảo chặt chẽ các yêu cầu cơ bản về nghiệp vụ, phục vụ kịp thời các yêu cầu chiến đấu, sản xuất, bảo vệ an ninh chính trị và đường lối đối ngoại của Đảng và Nhà nước. Mọi hoạt động phải chuyển hướng cho phù hợp với điều kiện chiến tranh, nhưng vẫn phải đảm bảo đúng pháp luật, duy trì nề nếp chính quy của từng khâu nghiệp vụ để tạo đà cho việc xây dựng ngành Hải quan lâu dài.
Trên cơ sở đó, các mặt tổ chức và công tác được chuyển hướng kịp thời theo thời chiến. Những khẩu hiệu "ba tận", "đón hàng xuất, theo hàng nhập", "bám khẩu, bám hàng", ở đâu có hàng hóa xuất nhập khẩu, ở đấy có hoạt động của Hải quan, được đề cao để tạo điều kiện thuận lợi cho công tác giao nhận hàng hóa ở cửa khẩu.
Sau khi Hiệp định Pari được ký kết ngày 27-1-1973, cả miền Bắc nhanh chóng bắt tay vào hàn gắn vết thương chiến tranh, khôi phục kinh tế và dốc sức chi viện cho chiến trường lớn miền Nam. Hội nghị lần thứ 22 của Trung ương Đảng đã chỉ rõ: "Phải nhanh chóng hoàn thành cuộc hàn gắn vết thương chiến tranh, ra sức khôi phục và phát triển kinh tế, phát triển văn hóa, tiếp tục xây dựng cơ sở vật chất và kỹ thuật của chủ nghĩa xã hội, củng cố quan hệ xã hội chủ nghĩa về mọi mặt, ổn định tình hình kinh tế và đời sống nhân dân, củng cố quốc phòng; ra sức chi viện cho tiền tuyến và xây dựng vùng mới giải phóng của đồng bào miền Nam". Thời điểm này Ngành Hải quan có thêm nhiệm vụ mới: vừa củng cố các cơ sở hiện có, vừa gấp rút chuẩn bị thành lập các đơn vị mới phục vụ cho công tác đối ngoại của Đảng và lựa chọn nhân sự cho chiến trường miền Nam để triển khai nhiệm vụ trong vùng giải phóng khi có điều kiện. Thực ra, ngay từ năm 1968, Bộ Ngoại thương đã có kế hoạch chuẩn bị bổ sung cán bộ cho miền Nam. Một số cán bộ được tập
trung về thôn Kênh Đào, xã An Mỹ (Mỹ Đức - Hà Tây) để học tập chính trị và bồi dưỡng thể lực chuẩn bị đi B. Đoàn thứ hai đông hơn vào khu vực giới tuyến chuẩn bị thành lập các trạm hải quan hai bờ Nam - Bắc cầu Hiền Lương phục vụ công tác đối ngoại của Chính phủ cách mạng lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam. Tháng 7-1973, Bộ Ngoại thương quyết định thành lập hai trạm Hải quan ở bờ Bắc và Nam cầu Hiền Lương. Trên danh nghĩa, Hải quan bờ Bắc (trạm Hiền Lương) do Cục Hải quan của Bộ Ngoại thương quản lý, Hải quan bờ Nam (đồn Bến Hải) do Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam quản lý. Nhiệm vụ của hai đơn vị này là: làm thủ tục cho các đoàn qua lại khu vực Vĩnh Linh và vùng giải phóng Quảng Trị. Theo thỏa thuận nếu đoàn miền Bắc vào sẽ do trạm Hiền Lương làm thủ tục, đối với các đoàn ra sẽ do đồn Bến Hải đảm nhiệm. Trước khi thành lập các trạm Hải quan hai bờ Bến Hải, Cục Hải quan Trung ương đã quyết định thành lập trạm Hải quan sông Gianh (Quảng Bình) và đồn Hải quan Cửa Việt (Quảng Trị) để phục vụ công tác tiếp nhận hàng hóa chi viện cho chiến trường miền Nam.