Mô hình tổ chức hải quan Hàn Quốc là Hải quan Vùng. Mô hình này gồm ba cấp: Hải quan Trung ương, Hải quan Vùng, các điểm thông quan. Thực hiện mô hình này phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ, việc tiến hành các thủ tục hải quan, quyết định hình thức kiểm tra theo kỹ thuật quản lý rủi ro chủ yếu được thực hiện ở Hải quan Vùng, các điểm thông quan là nơi thực hiện việc thông quan.
- Phương châm hoạt động của hải quan Hàn Quốc dựa trên tiêu chí 3S là an toàn (safe), thông minh (smart) và nhanh chóng (swift);
- Tầm nhìn của Hải quan Hàn quốc là quản lý hải quan hướng về khách hàng, hải quan điện tử nhanh chóng và rõ ràng, cơ quan hải quan thông minh và chuyên nghiệp; mục tiêu của Hải quan Hàn Quốc là phấn đấu trở thành Hải quan tốt nhất thế giới trong thế kỷ XXI.
- Việc cải tiến về thủ tục và phương pháp quản lý của Hàn Quốc tập trung vào các yếu tố như:
+ Tự động hóa hoàn toàn việc quản lý hàng hóa bằng việc hoàn thiện hệ thống mạng EDI nối với cơ quan có liên quan đến quản lý hàng hóa như các công ty vận tải, giao nhận, khai thuê, hãng hàng không, các cơ quan chính phủ...
+ Quản lý toàn diện và tập trung bằng việc kiểm tra tổng khối lượng hàng hóa luân chuyển qua các khâu từ cảng nhập khẩu - dỡ hàng - vận chuyển - lưu kho- thông quan để hạn chế luồng hàng hóa bất hợp pháp;
+ Hệ thống theo dõi sự di chuyển của hàng hóa theo từng khâu (cargo tracing) bằng việc theo dõi sự di chuyển hàng hóa từ cảng xuất khẩu đến cảng nhập khẩu thông qua trao đổi thông tin hàng hóa toàn cầu giữa các cơ quan hải quan.
Hải quan Hàn Quốc đã đạt đến mức áp dụng ở trình độ cao các tiến bộ của công nghệ tin học vào quản lý Hải quan, sự gắn kết và đồng bộ giữa tin học hóa và tự hóa thông qua các hệ thống quản lý thống nhất và hoàn chỉnh như: hệ thống tổng hợp bản lược khai hàng hóa (Cargo Manifest Consonlidation System - MFCS), dựa trên trên các thông tin vận đơn gốc (Manifest B/L và vận đơn nhà (House B/L) do người vận tải và các công ty giao nhận cung cấp; hệ thống thông quan hàng hóa tự động dựa trên việc trao đổi dữ liệu điện tử EDI của Hải quan Hàn Quốc được xây dựng từ năm 1991, hệ thống tự động hóa đã dựa trên các tiêu chí về quản lý rủi ro để xác định tiêu chí về hàng hóa cần phải kiểm tra chứng từ, kiểm tra thực tế, các tiêu chí về doanh nghiệp, về các công ty khai thuê, các tiêu chí về xuất xứ hàng hóa, hành trình hàng hóa... thông tin về các tiêu chí này được khai thác thông qua kho dữ liệu hải quan (Customs Data Wearhouse - DW). Kho dữ liệu hải quan được xây dựng bằng việc thu thập dữ liệu bên trong (dữ liệu thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thông tin từ bộ phận kiểm soát, thống kê thương mại và thông tin từ bộ phận kiểm tra sau thông quan) và bên ngoài (nguồn dữ liệu của cơ quan thuế quốc gia, các ngân hàng, Bộ Tư pháp… và những thông khai thác từ kho dữ liệu hải quan được chuyển đến các bộ phận hữu quan như điều tra, kiểm toán và thống kê thương mại); hệ thống thông quan hành khách được thực hiện qua việc xây dựng và áp dụng hệ thống thông tin hành khách trước chuyến bay (Advance Passenger Infmation System - APIS); hệ thống kiểm tra sau thông quan (PAC) được thiết lập từ trung ương đến các Hải quan Vùng, hệ thống PCA hoạt động dựa trên việc phân tích thông tin tình báo, những thông tin này được thu thập từ các nguồn bên trong và bên ngoài hải quan thông qua khai thác hải quan
(Customs Data Wearhouse - CDW); hệ thống phân loại trước khi hàng đến nhằm cung cấp những ý kiến tư vấn của hải quan cho các doanh nghiệp nhập khẩu liên quan đến phân loại và áp mã tính thuế hàng hóa; đầu tư trang thiết bị hiện đại như hệ thống máy soi container tại các cảng, hệ thống camera giám sát tại cảng và sân bay, hệ thống máy tính nối mạng với các cơ quan hữu quan (hàng không, cảng, các công ty giao nhận, vận tải, ngân hàng, bảo hiểm..); không ngừng cải tiến và hiện đại hóa quy trình thủ tục hải quan và áp dụng các phương thức quản lý tiên tiến.
Hiện nay quy trình thủ tục hải quan được kéo dài từ trước khi hàng hóa đến cảng cho đến sau khi thông quan. Hải quan Hàn Quốc đã rất chú trọng vào việc khai thác, phân tích thông tin trước khi hàng đến và kiểm tra sau thông quan thông qua việc ứng dụng kỹ thuật quản lý rủi ro, phân loại trước khi hàng đến và ứng dụng máy móc công nghệ hiện đại vào hoạt động hải quan. Hải quan Hàn Quốc đáng tiến tới hải quan điện tử, phi giấy tờ theo tiêu chuẩn quốc tế theo đúng phương châm đặt ra là an toàn, thông minh và nhanh chóng.