Thành lập Sở Thuế quan và Thuế gián thu: Nhằm phục vụ tốt chính sách thu thuế, Sở Thuế quan và Thuế gián thu được thành lập từ rất sớm. Theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính, ngày 10/9/1945, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp thay mặt Chính phủ lâm thời Việt Nam dân chủ cộng hòa ký Sắc lệnh số 27/SL thành lập Sở Thuế quan và Thuế gián thu "để đảm nhiệm công việc của sở Tổng thanh tra độc quyền muối và thuốc phiện và các Sở Thương chính Bắc, Trung và Nam Bộ".
Hệ thống tổ chức của Sở Thuế quan và Thuế gián thu: Ngày 3/10/1945 Bộ trưởng Bộ Nội vụ Võ Nguyên Giáp ký Sắc lệnh "Để Sở Thuế quan và thuế gián thu thuộc Bộ Tài chính". Khi mới ra đời, về cơ bản hệ thống tổ chức Sở Thuế quan và Thuế gián thu từ Trung ương xuống đến địa phương vẫn áp dụng theo mô hình bộ máy Thương chính. ở Trung ương, Sở Thuế quan và Thuế gián thu là cơ quan đầu não phụ trách chung việc thu thuế (theo đúng chức năng, nhiệm vụ mà Sắc lệnh 27/SL quy định) trên phạm vi toàn quốc. Tổ chức của các Ty chính Thuế quan ở các địa phương, ngoài bộ phận hành chính, văn phòng có ban Kiểm nã lưu động và các trạm kiểm soát Thuế quan. Tại các thương
cảng lớn như Hải Phòng, Đà Nẵng và Sài Gòn có tổ chức thêm một bộ phận Thanh tra thường trú, thực chất đây là cơ quan có nhiều nhân viên để quản lý và thu thuế hàng hóa xuất nhập cảng. Do tình hình chiến tranh, nên ở Sài Gòn không triển khai được.
Ngày 5/2/1946, Bộ trưởng Bộ Tài chính ký Nghị định số 192-TC gồm 7 điều quy định về tổ chức Sở Thuế quan và Thuế gián thu. Ngày 20/2/1946, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Nghị định chuyển ba tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An và Hà Tĩnh trước thuộc quyền Nha Giám đốc Thuế quan Bắc Bộ theo Nghị định ngày 24/4/1944 của Toàn quyền Đông Dương, nay trở lại thuộc quyền Nha Giám đốc Thuế quan Trung Bộ.
Cùng với việc tổ chức lại một số cơ sở Thuế quan hiện có, Bộ Tài chính căn cứ vào tình hình thực tế trên từng địa bàn, đặt thêm các cơ sở thuế quan mới. Ngày 12/3/1946, Bộ trưởng Bộ Tài chính ra Nghị định đặt tại tỉnh Quảng Ngãi (Trung Bộ) một Chánh thu sở Thuế quan và Thuế gián thu và đặt tại Cổ Lũy (Quảng Ngãi) một Phụ thu sở Thuế quan và Thuế gián thu. Chánh thu sở Thuế quan và Thuế gián thu Quảng Ngãi quản lý các Phụ thu sở Sơn Trà, Trung Hòa, Sa Huỳnh, Phú Nhơn và Cổ Lũy. Đồng thời, một đồn Phụ thu sở Thuế quan và Thuế gián thu cũng được đặt tại Cam Lộ, Quảng Trị thuộc quyền kiểm soát của Chánh thu sở thuế quan Quảng Trị.
Đến giữa năm 1946, hệ thống tổ chức các cơ sở Thuế quan và Thuế gián thu đã được xây dựng ở nhiều địa phương địa phương, chủ yếu là ở khu vực Bắc Bộ (có 1 Tổng thu sở, 28 Chánh thu sở và 29 Phụ thu sở) và Trung Bộ (có 1 Tổng sở thu, 15 Chánh thu sở và 54 Phụ thu sở). Tổng cộng ở Bắc Bộ và Trung Bộ có 2 Tổng sở thu (Hà Nội và Đà Nẵng), 43 Chánh sở thu và 83 Phụ thu sở. Riêng ở Nam Bộ, ngày 23/9/1945 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược của nhân dân Nam Bộ bùng nổ, việc tổ chức các cơ sở thuế quan không triển khai được.