Theo tài liệu "Cơ quan Hải quan Australia" giới thiệu thỡ: Hải quan Australia thuộc Bộ Tư pháp, có một Tổng cục trưởng và hai Phó Tổng cục trưởng giúp việc chỉ đạo hoạt động của ngành. Quy định của Hải quan Australia nờu rừ Phú Tổng cục trưởng luân phiên thay mặt Tổng cục trưởng điều hành khi Tổng cục trưởng vắng mặt. Về mặt tổ chức Hải quan Australia cũng có hai loại: các đơn vị tham mưu, chỉ đạo về các mặt chính sách chung và các chuẩn mực nghiệp vụ, đánh giá rủi ro; và các đơn vị thực hiện phân theo vùng (ranh giới địa lý) tại từng Bang và khu vực thực hiện triển khai cỏc chớnh sỏch, chuẩn mực và cú thẩm quyền điều chỉnh về các nguồn lực.
Tại cấp trung ương có trụ sở tại Canberra, ngoài 6 đơn vị tham mưu như Cục Hàng hóa và thương mại, Cục Hành khách và thông tin biên giới, Cục Kiểm soát và tuân thủ
biên giới, Văn phũng Cụng nghệ thụng tin… cũn cú bộ phận giỳp việc lónh đạo được gọi là nhóm Chỉ đạo. Trong nhóm Chỉ đạo có ba đơn vị: tài chính, nhân sự, lập kế hoạch và quan hệ quốc tế.
Hải quan Australia quản lý an ninh biờn giới và phối hợp với cỏc cơ quan chính phủ và tổ chức quốc tế để thực hiện tốt nhiệm vụ này. Tổng số nhân viên của Hải quan Australia là 4800 người.
Một điểm đặc biệt là Hải quan Australia hợp đồng với một số đơn vị ngoài ngành thực hiện một một số nhiệm vụ như sử dụng hệ thống kiểm soát Coastwatch, hỗ trợ công nghệ thông tin và kiểm toán.
Hiện nay, Australia có 7 bang, và do đó, các Cục hải quan vùng cũng được tổ chức theo vùng để thuận lợi cho việc quản lý hải quan tại các khu vực đó. Đó là các Cục Hải quan New South Wales, Victoria, Queensland, South Australia, Tasmanis, Western Australia, Northen territory.