Theo tài liệu có tên gọi: "Cơ quan Hải quan Nhật Bản năm 2004" thỡ: Cục Thuế và Hải quan Nhật Bản thực hiện năm nhiệm vụ chính: thu thuế, thông quan, kiểm soát và kiểm tra, quản lý cỏc khu vực Hozzei (một hỡnh thức kho bảo thuế) và thu thập số liệu thống ngoại thương. Tại Nhật Bản, Luật Hải quan là cơ sở cơ bản cho việc quản lý hải quan.
Cơ quan Trung ương của Hải quan Nhật Bản là Cục Thuế và Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính. Đứng đầu cơ quan này là Tổng cục trưởng Hải quan và được hỗ trợ của hai Phó Tổng cục trưởng. Tại cấp trung ương có 7 đơn vị, trong đó có thể kể đến: Văn phũng kiểm tra cỏc đơn vị hải quan, Văn phũng nghiờn cứu quản lý hải quan và Văn phũng quản lý cỏc hệ thống tự động hoá. Tổng số nhân viên tại cơ quan trung ương là gần 200 người (tính đến tháng 4/2004). Các đơn vị tại cơ quan trung uơng là 11 Phũng điều phối, nhân sự, pháp chế và chính sách thuế, quan hệ quốc tế, kiểm soát, thông tin tỡnh bỏo… Ngoài ra, trong hệ thống tổ chức của Bộ Tài chớnh cũn cú hai đơn vị độc lập về mặt hành chính với Cục Thuế và Hải quan Nhật Bản và thuộc Bộ Tài chính là Học viện đào tạo hải quan và Trung tâm giám định hải quan.
Về nguyên tắc hoạt động, Cục Hải quan vùng không chịu trách nhiệm báo cáo tới chính quyền vùng mà chỉ chịu sự quản lý của Cục Hải quan và Thuế Nhật Bản. Cỏc Cục Hải quan vùng bao gồm: Hakodate, Tokyo, Yokohama, Nagoya, Osaka, Kobe, Moji, Nagasaki và Okinawa. Tổng số nhận viên của Hải quan Nhật Bản năm 2004 vào khoảng 8.000 người.
Một điểm quan trọng của Hải quan Nhật Bản là tính độc lập trong giải quyết công việc của cấp Hải quan vùng. Hải quan Nhật Bản áp dụng cơ chế chủ động, phân quyền các Cục Hải quan vùng giải quyết các vấn đề nghiệp vụ. Những vụ việc phức tạp, vượt cấp mới báo cáo cấp trên.
Về mặt nhõn sự giỳp việc lónh đạo Hải quan Nhật Bản: hiện nay Hải quan Nhật Bản có một Tổng cục Trưởng và hai Phó Tổng cục trưởng, bộ phận giỳp việc Lónh đạo Cục Hải quan và Thuế Nhật Bản - trực thuộc Bộ Tài chính - là Phũng điều phối. Đơn vị này bao gồm các bộ phận khác nhau như: nhân sự, ngân sách, hành chính… Với đặc điểm này, có hai thư ký giỳp việc cho lónh đạo Hải quan Nhật Bản. Một thư ký giỳp việc cho Tổng cục trưởng và Phó Tổng cục trưởng phụ trách nghiệp vụ. Một thư ký giỳp việc một Phú Tổng cục trưởng và Trưởng Văn phũng Điều phối. Văn phũng Điều phối: tổng hợp các yêu cầu, đề xuất… của các đơn vị thuộc Cục Hải quan và Thuế và các Cục Hải quan vùng để xử lý hoặc chuyển tới cỏc Cục, Vụ liờn quan trong Bộ Tài chớnh Nhật Bản. Về mụ hỡnh tổ chức, đơn vị Văn phũng của Cục Thuế và Hải quan Nhật Bản tương đối giống với tổ chức Văn phũng của Hải quan Việt Nam. Tuy nhiên, đặc điểm của Cục Thuế và Hải quan Nhật Bản là quy mô nhỏ do được coi là một đơn vị trực thuộc Bộ Tài chính (sau khi được tổ chức lại từ năm 1961). Hiện nay, Cục Thuế và Hải quan Nhật Bản có tru sở làm việc đặt trong toà nhà của Bộ Tài chính.