Các yếu tố tự nhiên chủ yếu cĩ ảnh hưởng đến sự thay đổi mực nước dứơi đất gồm: các yếu tố về khí tượng , các yếu tố về thủy văn, các yếu tố về biển, các yếu tố địa hình- địa mạo, các yếu tố địa chất - địa chất thủy văn.
♦ Các yếu tố khí tượng : lượng mưa, độ ẩm, lượng bốc hơi, nhiệt độ khơng khí, tốc độ giĩ đều cĩ ảnh hưởng đến sự thay đổi mực nước. Lượng mưa rơi trên vùng cấp của các tầng chứa nước ít hay nhiều đều làm cho mực nước dâng lên ít hay nhiều. Các yếu tố khí tượng cĩ ảnh hưởng rõ rệt đến các tầng chứa nước gần mặt đất và các tầng chứa nước cĩ diện phân bố hạn hẹp. Đối với các đơn vị chứa nước nằm dưới sâu, tùy thuộc vào đặc điểm khí hậu tại miền cấp, tốc độ di chuyển của nước trong tầng chứa nước đĩ và mực nước tăng hay hạ và thời điểm thay đổi mực nước trên miền phân bố, miền thốt của nĩ khác nhau.
♦ Các yếu tố thủy văn : Mật độ sơng suối , sự thay đổi mực nước trong chúng cĩ ảnh hưởng trực tiếp đến mực nước dưới đất. Tác động này khá rõ rệt đối với các tầng chứa nước ở gần mặt đất, dọc các hệ thống dịng mặt này, các tầng chứa nước
bị hệ thống thủy văn cắt qua và được nước từ chúng cấp cho các tầng chứa nước. Mối quan hệ này được thể hiện rất rõ ở thượng nguồn các sơng suối, vào mùa khơ do mực nước sơng suối hạ thấp đơi chỗ bị cạn, ta thấy nước từ hai bên sườn cung cấp cho sơng suối. Lúc này người ta nĩi nước dưới đất cung cấp nước cho nước mặt, làm cho mực nước dưới đất bị hạ thấp.
Từ những phân tích trên, yếu tố thủy văn là một trong những yếu tố cĩ tác động trực tiếp đến sự thay đổi mực nước của các tầng chứa nước gần mặt đất, và các tầng chứa nước cĩ quan hệ thủy lực với các dịng mặt.
♦ Các yếu tố biển : các yếu tố biển cĩ ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp đến sự thay đổi mực nước dưới đất. Aûnh hưởng trực tiếp xảy ra khi các tầng chứa nước cĩ quan hệ trực tiếp với biển, ở các đơn vị chứa nước dọc bờ biển. Nước nằm trong các đơn vị chứa nước này thường là các thấu kính ngọt nằm ngay phía trên nước mặt. Do đĩ khi mực nước biển thay đổi sẽ làm thay đổi mực nước dưới đất khu vực này. Aûnh hưởng gián tiếp thường xảy ra đối với các tầng chứa nước cĩ diện phân bố lớn, khơng cĩ quan hệ trực tiếp với nước biển. Sự ảnh hưởng này thường được quan sát thấy rõ rệt ở những vùng bị ảnh hưởng triều. Sự thay đổi mực nước của các tầng chứa nước này là do sự thay đổi độ xốp của đất đá (các đơn vị chgứa nước) theo chu kỳ dưới tác động của sự thay đổi áp lực nước biển theo chu kỳ.
♦ Các yếu tố địa hình địa mạo : Các yếu tố địa mạo cĩ ảnh hưởng trực tiếp đến sự thay đổi mực nước của các đơn vị chứa nước hữu hạn (cĩ diện phân bố hẹp). Tùy thuộc vào địa hình là dốc, bằng phẳng hay thoải thì động lực của tầng chứa nước khác nhau. Mực nước của các tầng chứa nước hữu hạn thường chạy song song với địa hình. Ở khu vực cĩ địa hình dốc, mực nước cĩ xu thế dốc dần về phía thấp, và mực nước nằm ngang nếu địa hình phẳng. Mức độ phân cắt của địa hình cĩ ảnh hưởng lớn đến sự thay đổi mực nước dưới đất. Sự phức tạp của địa mạo khu vực, nĩ quyết định quy luật thay đổi của mực nước dưới đất.
♦ Các yếu tố địa chất: Các yếu tố địa chất cĩ ảnh hưởng trực tiếp đến sự thay đổi mực nước dưới đất. Thành phần tạo đất đá, kiến trúc, cấu tạo của các hạt đất, nguồn gốc các loại đất đá đều cĩ tác động đến sự thay đổi mực nước. Các trầm tích bởi rời cĩ cấu trúc dạng lớp sẽ cĩ chế độ thay đổi mực nước dưới đất sẽ khác với nước chứa trong khe nứt của các lớp đất đá. Sự phân bố của các lớp đất đá cục bộ hay vơ hạn đều dẫn đến sự thay đổi mực nước trong chúng khác nhau. Mức độ chọn lọc các loại kích cỡ hạt, phần trăm các kích cỡ hạt tạo thành các đơn vị chứa nước đều cĩ tính quyết định đến sự thay đổi mực nước.
♦ Các yếu tố địa chất thủy văn : Kiểu chứa nước lổ rỗng hay khe nứt, khả năng chứa nước, tính thấm của lớp đất đá chứa nước đều cĩ ảnh hưởng đến sự thay đổi của mực nước dưới đất. Thơng thường nước chứa trong các loại đất đá cĩ khả năng chứa nước tốt hơn, nguồn cấp nhiều, gần nguồn cấp thì cĩ sự dao động mực nước xảy ra nhanh hơn là nước chứa trong các loại đất đá cĩ khả năng chứa nước kém, xa nguồn cấp và khảnăng cấp ít. Mối quan hệ của các đơn vị chứa nước cĩ ảnh hưởng khơng nhỏ đến sự thay đổi mực nước. Nếu hai đơn vị chứa nước cĩ quan hệ thủy lực thơng qua các cửa sổ địa chất thủy văn, thì sự thay đổi mực nước của đơn vị chứa nước này sẽ kéo theo sự thay đổi mực nước của tầng chứa nước kia. Quy mơ của miền cấp và miền thốt lớn hay nhỏ cũng cĩ ảnh hưởng đến sự dao động mực nước của các đơn vị chứa nước, tầng chứa nước cĩ quy mơ miền cấp lớn và miền thốt lớn thì làm cho mực nước của đơn vị chứa nước đĩ cĩ sự dao động nhanh hơn là các đơn vị chứa nước cĩ quy mơ miền cấp và miền thốt nhỏ.