Vào cuối Miocen vùng thành phố biï lún chìm và ở một số các thung lũng sơng nĩi trên đã được lấp đầy bởi một khối lượng trầm tích nhỏ Miocen.
Sau đĩ vùng được nâng và chịu quá trình phong hĩa trong thời gian ngắn ngủi để bước vào giai đoạn hạ lún liên tục trong Pliocen. Trong cả giai đoạn này các trầm tích thường là cát thơ, sạn sỏi, cuội được lấp đầy ở phần dưới chứng tỏ các
trầm tích được lắng đọng trong chế độ lục địa. Phần trên mới xuất hiện các trầm tích tướng châu thổ. Trong suốt thời kỳ này đã cĩ tới 4 nhịp trầm tích thể hiện sự biến đổi của bề mặt địa hình từ giai đoạn lục điạ với trầm tích sơng là chủ yếu đến giai đoạn trầm tích trong điều kiện châu thổ cĩ sự tham gia của biển. Mơi trường nước để lắng đọng các trầm tích ban đầu là nước sơng , chuyển dần sang nước lợ. Quá trình này đã hình thành các địa tầng 1
2N và 2 N và 2 2 N tương ứng với hệ tầng Nhà Bè, hệ tầng Bà Miêu . c) Thời kỳ Đệ Tứ :
Vào cuối Pliocen muộn đầu Pleistocen, vùng được nâng chịu quá trình phong hĩa, bĩc mịn tạo nên vỏ phong hĩa các trầm tích Pliocen. Tiếp đĩ vào giai đọan Pleistocen vùng lại bị sụp lún. Cùng với các pha biển tiến Pleistocen, đạt cực đại vào Pleistocen muộn. Thời kỳ này vùng thành phố được trầm tích bởi các vật liệu lục địa với tướng sơng là chủ yếu, mơi trường nước chủ yếu là nước nhạt. Vào cuối Pleistocen khi biển tiến đạt tới cực đại thì dọc các thung lũng lớn như Lê Minh Xuân, hay vùng phía Đơng Nam thành phố như Hiệp Phước, Cần Giờ, Thái Mỹ mới bị ảnh hưởng của nước biển. Giai đoạn này đã hình thành các trầm tích Pleistocen, các hoạt động tân kiến tạo kết hợp với các quá trình ngoại sinh đã tạo nên các bậc thềm bậc II , III , IV với các độ cao 5-15 mét ; 25-35 mét ; 40-47 mét.