Bên cạnh những thuận lợi có được huyện Tràng Định còn gặp phải nhiều khó khăn không nhỏ:
Khí hậu có một mùa đông lạnh kéo dài, nhiệt độ xuống thấp ảnh hưởng lớn đến canh tác của người dân, nhiệt độ xuống quá thấp và có sương muối gây chết cây trồng và vật nuôi.
Địa hình phức tạp, đồi núi nhiều, gây trở ngại cho việc đi lại, giao thông khó khăn, đường xá hay bị sạt lở, đường trơn trượt khi trời mưa, tốn kém kinh phí cho tu sửa nâng cấp.
Địa hình Cánh đồng địa lòng trũng hay bị ngập lụt khi mùa mưa. Gây thiệt hại đáng kể về năng suất phẩm chất cây trồng, thiệt hại lớn về kinh tế.
Các dự án triển khai còn chậm thiếu hiệu quả, năng lực quản lý của một số cán bộ chưa cao, thủ tục hành chính rườm ra gây trở ngại cho việc khai thác và sử dụng tài nguyên.
Công tác chỉ đạo điều hành của chính quyền một số xã chưa ngang tầm với nhiệm vụ, lúng túng trong công tác chỉ đạo, biện pháp chưa cụ thể, kết quả công việc không được đánh giá kịp thời để tìm ra nguyên nhân và bài học kinh nghiệm.
Trình độ dân trí, mức độ tiếp thu, áp dụng tiến bộ KH - KT của nông dân không đồng đều, do thói quen đưa cái mới vào sản xuất còn hạn chế, ảnh hưởng lớn đến thực hiện chỉ đạo sản xuất, xây dựng mô hình điển hình, đưa nhân tố mới vào thực tế sản xuất, khó khăn trong việc chuyển dịch cơ cấu cây trồng và vật nuôi.
Nhận thức của người dân chưa cao, thiếu ý thức gây ô nhiễm môi trường, tệ nạn xã hội vẫn còn xảy ra, an ninh nhiều khi bất ổn, trở ngại cho phát triển kinh tế.