Thủ tục kiểm soát chỉ đợc thực hiện sau khi tìm hiểu hệ thống kiểm soát nội bộ với đánh giá ban đầu là khách thể kiểm toán có hệ thống kiểm soát nội bộ hoạt động có hiệu lực. Khi đó, thủ tục kiểm soát đợc triển khai nhằm thu thập các bằng chứng kiểm toán về thiết kế và về hoạt động của hệ thống kiểm soát nội bộ. Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam số 500 qui định: “Thử nghiệm kiểm soát là việc kiểm tra để thu thập bằng chứng kiểm toán về sự thiết kế phù hợp và sự vận hành hữu hiệu của hệ thống kế toán và hệ thống kiểm soát nội bộ.” Cụ thể, các bằng chứng kiểm toán phải chứng minh đợc :
• Thiết kế các hoạt động kiểm soát cụ thể của khách thể kiểm toán thích hợp để ngăn ngừa, phát hiện và sửa chữa các sai phạm trọng yếu.
•Hoạt động kiểm soát đã đợc triển khai theo đúng yêu cầu của thiết kế trong thực tế. Bằng chứng về sự vận hành này liên quan đến cách thức áp dụng các hoạt động kiểm soát về tính nhất quán trong quá trình áp dụng và đối tợng áp dụng những hoạt động đó.
Kiểm soát nội bộ về vốn vay thờng đợc tổ chức chặt chẽ từ khâu phê chuẩn của ngời có trách nhiệm, qua ký kết hợp đồng vay đến hoàn trả gốc và lãi vay tuỳ theo thời hạn vay: ngắn hạn hay dài hạn.
Các khoản vay ngắn hạn, thờng gắn với mua hàng và thanh toán. Do đó, kiểm toán vốn vay ngắn hạn thờng gắn với nghiệp vụ mua hàng và thanh toán tiền
hàng. Thông thờng doanh nghiệp phải mở sổ phụ cho từng khách hàng để theo dõi các khoản phải trả. Doanh nghiệp chỉ thanh toán tiền hàng khi nhập đủ hàng hoá. Do đó, doanh nghiệp phải lập bảng theo dõi nhận hàng trên cơ sở hoá đơn và đơn đặt hàng. Để tăng cờng kiểm soát nội bộ, các loại nghiệp vụ: đặt hàng, nhận hàng, lập và theo dõi các hồ sơ thanh toán và việc giải ngân phải đợc phân cách đầy đủ.
Việc thanh toán phải đợc thực hiện trên cơ sở hoá đơn của hàng bán, không căn cứ vào bảng sao kê để tránh khả năng thanh toán trùng. Doanh gnhiệp cần thanh toán đúng hạn trong quan hệ trực tiếp đến các khoản triết khấu lớn hơn lãi suất vay ngân hàng.
Các khoản nợ dài hạn thờng liên quan nhiều đến đầu t phát triển, có qui mô lớn và hớng thanh toán nhiều lần. Do đó, kiểm soát nội bộ cần đợc đặc biệt qua tâm từ phê chuẩn và các biện pháp khác đến kiểm tra định kỳ để đánh giá sự cần thiết và hiệu quả vốn vay, sử dụng vốn vay và thanh toán.
Do có nhiều khoản vay với thời hạn và lãi suất khác nhau nên trớc khi kiểm toán có thể yêu cầu doanh nghiệp lập “Bảng liệt kê vốn vay và lãi tính dồn”.
Để đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ của khách thể kiểm toán kiểm toán viên có thể dùng những phơng pháp sau: Điều tra, phỏng vấn, thực hiện lại, Kiểm tra từ đầu đến cuối, kiểm tra ngợc lại. Song phỏng vấn đợc kiểm toán viên hiện nay lựa chọn phổ biến nhất. Bảng câu hỏi về kiểm tra hệ thống kiểm soát nội bộ đ- ợc trình bày trong bảng 5.