Ở Việt Nam hiện nay có 3 tông phái lớn có ảnh hưởng đến Phật giáo Việt Nam là:
Mật tông: Hình thành từ Đạo Phật Đại thừa và các yếu tố bùa chú, pháp thuật thần linh của Ấn Độ, ra đời từ thế kỷ thứ VII khi Phật giáo ở Ấn Độ đã suy yếu và Ấn Độ giáo đang hình thành. Những người tu hành trong phái này có tính chất bí truyền, lễ thức thờ phụng rờm rà phức tạp. Mật tông đã ảnh hưởng lớn Phật giáo Việt Nam thời nhà Lý với các sư Vạn Hạnh, Từ Đạo Hạnh, Khổng Minh Không ... phái này đề cao vai trò của người xuất gia tu hành, thậm chí còn coi là hiện thân của Phật.
Tịnh độ tông: Do sư Tuệ Viễn (Viễn Công) lập ra ở Trung Quốc cuối thế kỷ thứ IV. Phái này thờ Tam Bảo. Tam Bảo tức là ba ngôi báu: Phật (Đại giác, đại ngộ, hiểu biết tất cả); Pháp (những giáo thuyết của Đức Phật); Tăng (những người xuất gia cùng hòa hợp, cùng chung nhau tu học giáo thuyết của Phật). Tam Bảo là Phật Bảo, Pháp bảo và Tăng bảo.
Quy y tam bảo là gửi thân vào đức Phật, vào đạo Phật, vào tăng chúng của Phật. Tức là nương theo đức Giác có đủ phước và huệ; là nương theo sự Chính không tà kiến; là nương theo đức Tịnh không nhiễm ô trọc, không chấp nê (Như vậy Phật tức là giác, Pháp tức là chính, tăng tức là tịnh).
Có ba thứ tam bảo là đồng thể tam bảo (3 ngôi quý đều như nhau), xuất thế tam bảo (ba ngôi quý ra khỏi thế gian), thế gian trụ trì tam bảo (ba ngôi còn ở trong thế gian).
Họ niệm Phật, chủ trương dựa vào Phật lực để giải thoát là chủ yếu. Điều quan trọng không phải là nơi niệm hoặc cách niệm Phật, cái chính là giữ cho tâm tính yên tĩnh, không vọng động, phải hướng thiện và hướng thượng, luôn nhớ công đức cũng như lời răn dạy của Phật. Phải có niềm tin vào sự giác ngộ.
Thiền tông: Được hình thành ở Trung Quốc vào thế kỷ thứ VI. Sư tổ là Bồ Đề Đạt Ma (Bodhidharma). Ông cho rằng giáo thuyết Phật giáo trừu tượng lại nhiều kinh sách, người bình dân khó tiếp thu chân lý của Phật, nên ông chủ trương tu thiền (Dhyana = yên lặng mà suy nghĩ). Tu thiền là cách tốt nhất để thấy được tâm, tính và giác ngộ, vì Phật tại tâm, tại tính chứ không ở ngoài. Có tu tiệm ngộ (thông qua 52 bậc mới đạt quả Phật). Có tu đốn ngộ (giác ngộ nhanh với điều kiện người tu hành phải tạo ra được công án làm trí tuệ bừng sáng). Thật ra thì tiệm là nhân của đốn, đốn là quả của tiệm trong cả quá trình tu hành.