Ngày 26/03/1988, Hội đồng Bộ trƣởng (nay là Chính phủ) đã ban hành nghị định số 53/HĐBT, cho phép Ngân hàng đƣợc tổ chức thành 2 cấp: Ngân hàng Nhà nƣớc - thực hiện chức năng quản lý nhà nƣớc điều hành vĩ mô các công cụ tài chính, tiền tệ, tín dụng của nhà nƣớc và Ngân hàng chuyên doanh - thực hiện chức năng kinh doanh tiền tệ, tín dụng và dịch vụ Ngân hàng. Đây là mốc lịch sử của Ngân hàng Việt Nam trong quá trình chuyển đổi từ nền kinh tế bao cấp sang cơ chế thị trƣờng có sự quản lý của Nhà nƣớc. Từ chủ trƣơng đúng đắn trên, hệ thống Ngân hàng sắp xếp lại từ Trung ƣơng đến địa phƣơng. Ngân hàng Nhà nƣớc tỉnh An Giang khẩn trƣơng chuẩn bị thành lập các Ngân hàng chuyên doanh, trong đó thành lập chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh An Giang. Riêng các chi nhánh Ngân hàng Nhà nƣớc huyện, thị trở thành chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn trực thuộc chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh An Giang, trong đó có chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn huyện Chợ Mới.
Ngày 14/07/1988, Tổng Giám đốc Ngân hàng Nhà nƣớc Việt Nam (nay là Thống đốc Ngân hàng Nhà nƣớc) đã ra quyết định số 53/NH-TCCB cho thành lập chi nhánh Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp tỉnh An Giang và ngày 15/08/1988 chi nhánh NHNo&PTNT huyện Chợ Mới chính thức đi vào hoạt động. Ngày 23-05-1990, Hội đồng Nhà nƣớc ban hành Pháp lệnh về Ngân hàng và các Tổ chức tín dụng. Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp tỉnh An Giang và các chi nhánh trực thuộc đƣợc xem là một Ngân hàng thƣơng mại quốc doanh. Đã qua 2 lần đổi tên gọi và hiện nay gọi là “Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn huyện Chợ Mới” là đơn vị trực thuộc đơn vị thành viên trong hệ thống NHNo&PTNT Việt Nam. Khi mới thành lập chi nhánh NHNo&PTNT huyện Chợ Mới chỉ có 1 trụ sở chính tại số 10 Lê Lợi, Thị trấn Chợ Mới, huyện Chợ Mới, tỉnh An Giang. Do kinh tế huyện ngày càng phát triển và địa bàn rộng lớn để tạo điều kiện cho bà con nông dân vay, gởi tiền đƣợc thuận tiện, NHNo&PTNT huyện Chợ Mới đã mở rộng thêm Phòng giao dịch có trụ sở tại thị trấn Mỹ Luông, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Chi nhánh NHNo&PTNT huyện.
18
Ngày 01/01/2008, Phòng giao dịch Thị trấn Mỹ Luông tách ra khỏi NHNo&PTNT huyện Chợ Mới, hình thành NHNo&PTNT Mỹ Luông (chi nhánh loại 3), trực thuộc NHNo &PTNT tỉnh An Giang và ngày 01/09/2009 Phòng giao dịch Hòa Bình bàn giao về Chi nhánh Mỹ Luông theo chỉ đạo của Giám đốc NHNo&PTNT tỉnh. Hiện nay, chi nhánh NHNo&PTNT huyện Chợ Mới hoạt động rộng, chủ yếu là thực hiện các chƣơng trình tài trợ phát triển nông nghiệp, nông thôn, cải thiện đời sống nhân dân, Ngân hàng đã tạo điều kiện thuận lợi cho khách hàng trong sản xuất, kinh doanh. Đây cũng chính là cơ sở giúp mở rộng kinh doanh tiền tệ, tín dụng và dịch vụ ngân hàng trên địa bàn.
Từ ngày thành lập đến nay Ngân hàng luôn bám sát các định hƣớng của ngành, địa phƣơng và xác định “Nông thôn là thị trƣờng cho vay, nông dân là khách hàng, nông nghiệp là đối tƣợng đầu tƣ”. Từ đó đề ra định hƣớng hoạt động kinh doanh để theo kịp xu thế phát triển chung của địa phƣơng và cả nƣớc. Với phƣơng châm “Agribank mang phồn thịnh đến với khách hàng”. Do đó, toàn thể lãnh đạo và cán bộ công nhân viên ngân hàng luôn nỗ lực nâng cao chất lƣợng phục vụ khách hàng, tổ chức các khoá huấn luyện nghiệp vụ trong nội bộ ngân hàng để nâng cao năng lực làm việc cho cán bộ công nhân viên, nghiên cứu cải tiến lề lối tác phong làm việc. Với mục tiêu tín dụng nông nghiệp là chính, NHNo&PTNT chi nhánh huyện Chợ Mới ngày một đáp ứng đầy đủ, kịp thời nhu cầu vốn của ngƣời nông dân, nâng cao đời sống vật chất lẫn tinh thần của ngƣời dân.