Theo nghiên cứu về tình hình phát triển cây ăn trái mấy năm gần đây ở Đồng Bằng Sông Cửu Long đã chỉ ra một số tồn tại như: Cây giống chưa được quản lý chặt chẽ, diện tích cây ăn quả tăng nhanh, nhưng chủ yếu vẫn là vườn tạp… Nghề vườn ở Đồng bằng sông Cửu Long sản xuất manh mún, mỗi người chỉ có vài công đất, lớn nhất cũng chỉ 3 -5 công và trên mảnh vườn đó có đủ các loại trái cây. Kỹ thuật ứng dụng trọn gói từ sản xuất tới công nghệ sau thu hoạch hầu như không có, mặc dù thời gian gần đây, giống cây trồng đã được các trường đại học và viện cây ăn trái chú ý nhiều hơn. Đã có giống tốt, giống xác nhận nhưng các giống cây trồng này vẫn chưa đến tay nhiều nhà vườn Ở các nước phát triển, diện tích trồng cây ăn trái của một người có thể vài hecta. Còn ở Việt Nam, một hộ gia đình có diện tích vườn cây ăn trái 1 ha là rất ít. Hiện nay, Nhà nước chỉ mới thấy được tiềm năng của ngành trái cây, trong khi các nước khác đã đi trước chúng ta khá lâu. Thái Lan đã xác định ngoài cây lúa, là cây ăn trái và họ đã đi trước Việt Nam những 30 năm về nghiên cứu và các mặt khác... Còn Việt Nam thì chỉ mới bắt đầu. Tuy chậm nhưng Nhà nước cũng đã thấy ngành cây ăn trái là ngành có tiềm năng rất mạnh sau cây lúa.
2.1.3.1 Quy mô nông hộ nhỏ và trồng nhiều chủng loại
Đất nước ta thuộc vùng khí hậu nhiệt đới, có tiềm năng lớn về cây ăn trái. Đến nay Việt Nam đã có khoảng 767 ngàn ha cây ăn trái, cho sản lượng 6,5 triệu tấn nhưng hầu hết vẫn là vườn tạp. Vùng trồng cây ăn trái tập trung còn rất ít (khoảng 16%). Kết quả khảo sát và thu thập nguồn gen cây ăn qủa
của Viện Nghiên cứu Cây ăn quả miền Nam cho thấy có trên 30 chủng loại cây ăn quả được trồng ở các tỉnh Đồng Bằng Sông Cửu Long. Nông hộ trồng cây ăn qua đa số có qui mô nhỏ, nông hộ có diện tích nhỏ là 0,3 ha và cao nhất là 2,5 ha/hộ (Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp, 2006), trong đó loại vườn trồng từ 2-3 loại cây ăn quả chiếm từ 74,1-85% số hộ, vườn trồng trên 3 cây chiếm từ 14,3-24,6% số hộ. Từ đó có thể thấy được việc hiện nay chúng ta chỉ quan tâm đến tổ chức lại sản xuất đưa tiến bộ khoa học kỹ thuật đến với nhà vườn, như: kỹ thuật sản xuất, kỹ thuật chế biến và thị trường ... nhưng chưa chú trọng đến công tác giống và một phần canh tác do đó hiện tượng vườn tạp diễn ra khá phổ biến. Việc vườn tạp diễn ra phổ biến cũng một phần là do nghề sản xuất cây giống còn nhiều phức tạp. Hiện nay, số lượng vườn ươm ở Đồng bằng sông Cửu Long quá nhiều và rất khó quản. Công việc nghiên cứu và sản xuất cây giống là khâu rất quan trọng trong việc sản xuất trái cây vì từ cây giống sẽ cho ra chất lượng sản phẩm, nhưng nếu khâu giống không quản lý tốt sẽ ảnh hưởng rất lớn đến độ đồng đều của trái cây. Đây là cái gốc của việc sản xuất trái cây, không giải quyết được cái gốc sẽ rất khó cho nghề vườn ở Đồng bằng sông Cửu Long.
2.1.3.2 Từ thu hoạch cho đến chế biến.
Nghề vườn ở Đồng bằng sông Cửu Long còn rất bề bộn, mặc dù đã có nhiều tiến bộ, đặc biệt là công tác giống và một số biện pháp canh tác, nhưng vẫn còn nhiều tồn tại cần phải được khắc phục trong thời gian tới. Việc các nhà vườn sản xuất nhỏ lẻ manh mún đã gây khó khăn cho các nhà chế biến trái cây gặp khó khăn trong việc thu mua bảo quản.
Hiện nay, tuy có tổ chức lại sản xuất đưa tiến bộ khoa học kỹ thuật đến nhà vườn, như: kỹ thuật sản xuất, kỹ thuật chế biến và thị trường… nhưng chưa đồng bộ. Các biện pháp khác đặc biệt là vấn đề sau thu hoạch bao gồm chế biến chưa được chú ý. Công nghệ sau thu hoạch và bảo quản trái cây còn
ở dạng thủ công. Theo thống kê trái cây Việt Nam thất thoát sau thu hoạch 30%, chúng ta sản xuất được 6 triệu tấn/năm, thì mất đi 2 triệu tấn, việc sản xuất manh mún, nhỏ lẻ dẫn tới chất lượng trái cây không đồng đều, vấn đề lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật trong sản xuất làm giảm khả năng cạnh tranh trong việc xuất khẩu tới các thị trường khó tính như: EU, Nhật, Mỹ,… Sử dụng nhiều phân đạm trong sản xuất trái cây làm cho trái cây dễ bị thối khi vận chuyển đi xa là vấn đề cần quan tâm
Trái cây chín rụng mà không có người đến thu mua là một minh chứng cho công tác quy hoạch vùng chuyên canh cây ăn quả là vô cùng cần thiết. Bên cạnh đó công tác bảo quản trái cây cũng còn nhiều hạn chế khi phương pháp phổ biến của nông dân lúc thu hoạch trái cây vẫn rửa bằng nước khiến trái cây mau thối nhũn, khó bảo quản, trong khi trái cây của Mỹ hoặc Thái Lan vẫn tươi nguyên sau cả tháng thu hoạch. Theo tính toán của các nhà khoa học, Đồng Bằng Sông Cửu Long đang là vùng có tỷ lệ tổn thất sau thu hoạch cao nhất nước với mức thất thoát khoảng 20%, trong đó tổn thất sau thu hoạch của trái cây tới 30%. Một chuyên gia của Viện nghiên cứu Cây ăn quả miền Nam đã cảnh báo rằng nếu Đồng Bằng Sông Cửu Long chỉ đầu tư cho kỹ thuật giống, trồng à không quan tâm chu đáo đến kỹ thuật thu hái, bảo quản như tình trạng hiện nay thì công lao cũng lại trả về đất. Đó là thực trạng mà cho đến nay chúng ta vẫn chưa có lối ra.
Bên cạnh đó thì là dịch vụ sau thu hoạch ở Đồng bằng sông Cửu Long còn rất kém. Các dịch vụ sau thu hoạch như: đóng gói, tồn trữ và bảo quản … chưa được phục vụ chu đáo. Kết quả là khi xuất khẩu ra nước ngoài, trái cây của chúng ta bị hư hỏng nhiều. Điều này ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng trái cây xuất khẩu của nước ta. Chính những nguyên nhân đó đã làm cho sản lượng xuất khẩu của nước ta chưa tương xứng với tiềm năng.
2.1.3.3 Trái cây nội đang dần bị mất thị trường trong nước
Việc các chủng loại cây ăn quả được sản xuất nhỏ lẻ, chủ yếu dựa vào kinh nghiệm, tập quán của người nông dân, sử dụng nhiều phân bón vô cơ và thuốc bảo vệ thực vật, chỉ có một bộ phận nhỏ nông dân áp dụng khoa học kỹ thuật. Chính những biên pháp sản xuất không có hiệu quả như trên đã dẫn đến tình trạng chi phí sản xuất cao dẫn đến viêc giá cả của ta cao hơn các sản phẩm cùng loại của một số nước trong khu vực như: trái sầu riêng Ri-6 giá bán lẻ là 25.000 đ/kg, trong khi sầu riêng của Thái Lan nhập sang cũng chỉ tới 10.000đ/kg – 15.000đ/kg, xoài cát Hòa Lộc loại I bán đến 40.000-50.000đ/kg, bưởi da xanh 25.000đ/kg, măng cụt Việt Nam có giá từ 18000 đến 22.000 đ/kg, măng cụt Thái Lam có giá là 12.000 đ/kg. Do nhiều người tiêu dùng có tâm lý thích hàng ngoại có chất lượng ngon hơn mà giá không cao hơn so với hàng nội là bao nhiêu. Điều này như một hồi chuông báo động cho thị trường cây ăn quả trong nước đang có nguy cơ bi mất bởi trái cây nhập ngoại.
Việc giá trái cây nhập có giá thành thấp hơn chất lượng không kém gì chất lượng của trái cây trong nước đã dẫn đến việc nhập khẩu một cách ồ ạt trái cây vào thị trường nội địa. Trong thời gian gần đây thị trường trái cây ở Đồng Bằng Sông Cửu Long đang xuất hiện rất nhiều loại trái cây ngoại nhập khác: Măng cụt, sầu riêng Thái Lan; nho Chilê... Sự đa dạng của trái cây ngoại nhập đang khiến thị trường trái cây ở Đồng Bằng Sông Cửu Long tuột giá chưa từng có. Nhiều loại trái cây vốn là đặc sản của vùng cũng bị ảnh hưởng làm cho giá bán cũng giảm thấp hơn năm trước.Theo nhiều sạp bán lẻ ở Cần Thơ và các chủ vựa ở Tiền Giang, Vĩnh Long..., so với cùng thời điểm năm trước hoặc đầu vụ năm nay, hiện giá nhiều loại trái cây đã giảm đến 40-50%: Măng cụt giá chỉ còn 18.000 đồng/kg (giảm trên10.000 đồng/kg); khóm loại 1 dưới 1.000 đồng/kg (giảm 50% so với vụ trước)... Không chỉ mất giá mà ngay cả thị trường đầu ra cũng là một vấn đề nan giải. Theo chủ nhiệm
hợp tác xã Thạnh Thắng (xã Hoả Tiến ) cho biết: số lượng cung ứng cho siêu thị ở Cần Thơ là 1 tấn/tuần nhưng không đáng kể so với sản lượng của 1000 ha cây ăn quả được trồng tại hợp tác xã. Đi thấy trái cây ngoại tràn ngập thị trường như hiện nay, trái cây ngoại xuất hiện nhiều nhất là măng cụt, bòn bon Thái Lan, sầu riêng, me ngọt. Chưa kể các loại táo, mận của Trung Quốc đã