Cơ cấu tổ chức bộ mỏy của Toyota Hoàn Kiếm được tổ thức theo kiểu trực tuyến chức năng. Theo mụ hỡnh tổ chức quản lý này, thủ trưởng được sự trợ giỳp của cỏc phũng chức năng, cỏc chuyờn gia trong nghiờn cứu thị trường, tỡm ra cỏc biện phỏp nõng cao khả năng tiờu thụ, tỡm ra những giải phỏp tối ưu cho cỏc khú khăn cần thỏo gỡ trong Xớ nghiệp.Đõy là cỏch tốt nhất thực hiện cỏc hoạt động quản trị theo hướng chuyờn mụn húa, đảm bảo thực hiện đầy đủ sức mạnh và uy tớn của cỏc hoạt động cơ bản, tạo điều kiện thực hiện chặt chẽ cỏc hoạt động kiểm tra. Với việc quản trị theo hỡnh thức này sẽ dẫn tới đơn giản húa việc đào tạo.
Cơ cấu tổ chức theo quy định của hợp đồng và điều lệ của Xớ nghiệp: - Ban Giỏm đốc gồm cú 2 thành viờn: 1 Giỏm đốc và 1 phú Giỏm đốc.
- Từ trưởng phũng Hành chớnh nhõn sự, trưởng phũng Kinh doanh và trưởng phũng Dịch vụ và kế toỏn trưởng trở xuống đều do Giỏm đốc tuyển dụng theo phỏp Luật Việt Nam.
- Xớ nghiệp là đơn vị hành chớnh Nhà nước trực thuộc Tổng cụng ty vận tải Hà Nội nhưng tự thu chi lói lỗ tỏch biệt với Tổng cụng ty.
Chức năng nhiệm vụ của từng phũng ban cụ thể như sau:
- Giỏm đốc: cú nhiệm vụ cụ thể húa cỏc chiến lược kinh doanh của Xớ nghiệp, tổ chức thực hiện và triển khai trong phạm vi toàn Xớ nghiệp. Ngoài ra Giỏm đốc cũn trực tiếp điều hành cỏc phũng Kế toỏn tài chớnh, phũng Kinh doanh, phũng Hành chớnh nhõn sự , phũng Khỏch hàng và Xưởng bảo hành bảo dưỡng.
- Phú Giỏm đốc chịu sự quản lý trực tiếp từ Giỏm đốc, trực tiếp quản lý hai phũng Kinh doanh và Xưởng dịch vụ.
- Phũng hành chớnh nhõn sự quản lý về mặt nhõn sự, đồng thời lo cỏc vấn đề mang tớnh chất hành chớnh trong doanh nghiệp.
- Phũng khỏch hàng theo dừi tỡnh hỡnh sử dụng xe của khỏch hàng, kiểm tra độ hài lũng của khỏch hàng về chất lượng xe, độ an toàn.
- Xưởng bảo hành bảo dưỡng gồm 3 bộ phận nhỏ:
Bộ phận phụ tựng quản lý cỏc phụ tựng thay thế cho xe đến sửa chữa, bảo dưỡng đảm bảo đầy đủ kịp thời.
Bộ phận kỹ thuật lo cỏc vấn đề về kỹ thuật cho xe bảo dưỡng sửa chữa.
Bộ phận cố vấn dịch vụ cựng với khỏch hàng và bộ phận kỹ thuật quyết định cỏc cụng việc cần làm đối với xe đến làm dịch vụ.