Hoạt động của NHCSXH phục vụ cho vay ưu đãi nhóm đối tượng là các hộ nghèo và các đối tượng chính sách khác, với nguồn vốn cho vay hiện nay chủ yếu từ vốn ngân sách cấp, lãi suất cũng được khống chế chặt chẽ, điều này chỉ có thể duy trì được trong ngắn hạn. Còn trong dài hạn thì việc duy trì mức lãi suất thấp trong điều kiện cho vay món nhỏ với chi phí tăng cao, rủi ro lớn sẽ gây khó khăn rất lớn cho ngân hàng trong việc duy trì hoạt động lâu dài. Hơn nữa, từ kinh nghiệm thực tiễn các nước chỉ ra rằng, việc cho vay ưu đối với lãi suất duy trì cứng nhắc ở mức thấp là không hiệu quả, bởi lý do:
- Nhiều hộ nghèo quan tâm đến điều kiện vay vốn và thời điểm vay, mức vốn vay và số lần được vay hơn là lãi suất ưu đãi. Các NHTM lớn thường ít quan tâm đến các món cho vay nhỏ với chi phí cao và rủi ro lớn. Vì vậy, các hộ nghèo hầu như không được đáp ứng nhu cầu vốn cho sản xuất kinh doanh.
- Một số tổ chức tín dụng vi mô có sự linh hoạt trong lãi suất cho vay, hạn mức và thời hạn cấp tín dụng đã lớn mạnh lên rất nhanh và cạnh tranh có hiệu quả với các tổ chức tín dụng khác. Trong khi đó, các tổ chức tín dụng vi mô bị khống chế chặt chẽ về lãi suất dần bị suy yếu trong hoạt động.
Ở nước ta, Chính phủ cũng đang tiếp tục theo đuổi chính sách tự do hoá tài chính, nên các biểu hiện như cho vay ưu đãi theo lãi suất khống chế không trên cơ sở thương mại, thực hiện chương trình tín dụng theo chỉ định… là những biểu hiện kìm giữ tài chính, đi ngược lại định hướng của Chính phủ. Do vậy, thời gian tới, Chính phủ nên cho phép hệ thống NHCSXH được thực hiện cho vay với lãi suất theo hướng thị trường hoá đối với các hộ nghèo. Mặt khác, hiện nay điều kiện hạ tầng cơ sở tài chính của hệ thống NHCSXH đang
bất cập, rất cần được sự quan tâm của Chính phủ để nâng cấp, đáp ứng cho việc thực hiện nhiệm vụ chính trị đặt ra cho NH.
Bên cạnh đó, chất lượng tín dụng của NHCSXH và hiệu quả của hoạt động cho vay ưu đãi với người nghèo phụ thuộc rất lớn vào trình độ năng lực của bản thân hộ nghèo. Nhìn chung, các hộ nghèo đã có nhiều nỗ lực để vươn lên thoát nghèo, nhưng do trình độ dân trí còn tương đối thấp, khả năng nắm bắt những kỹ năng, kinh nghiệm trong sản xuất kinh doanh không cao, do vậy năng suất lao động thấp, từ đó tác động xấu đến hiệu quả sử dụng vốn vay ưu đãi. Để giúp cải thiện tình hình này, rất cần sự quan tâm của Chính phủ để từng bước nâng cao trình độ dân trí của các hộ nghèo và đối tượng chính sách khác, cả về trình độ văn hoá, trình độ chuyên môn trong các lĩnh vực sản xuất kinh doanh, thường xuyên mở các lớp tập huấn về kinh nghiệm sản xuất, phát các tờ rơi phổ biến cách thức sản xuất, giúp đỡ đầu vào, đầu ra trong sản xuất cho các hộ nghèo.