Cải cách thuế bước II là tiếp tục hoàn thiện hệ thống chính sách thuế, làm cho hệ thống chính sách thuế phù hợp với nền kinh tế thị trường đã từng bước hình thành trên thực tế, phù hợp và thúc đẩy quá trình phát triển nền kinh tế theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa, hội nhập kinh tế với các nước khu vực và trên thế giới.
Theo yêu cầu đó, Đảng và Nhà nước ta đã quyết định tiếp tục cải cách thuế bước II từ năm 1996 bắt đầu bằng việc năm 1997 trình Quốc hội ban hành hai Luật thuế mới là : Thuế giá trị gia tăng (thay thế cho Luật thuế doanh thu) và Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (thay thế cho Luật thuế lợi tức). Hai Luật thuế mới này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/1999. Đây là hai Luật thuế quan trọng nhất trong cả hệ thống chính sách thuế, bởi diện điều chỉnh của hai Luật này rất rộng, bao quát hầu hết các đối tượng sản xuất kinh doanh công thương nghiệp, có số thu chiếm tỷ trọng lớn trong Ngân sách
Nhà nước (chiếm khoảng 30% tổng số thu của Ngân sách Nhà nước). Đặc biệt là Luật thuế giá trị gia tăng lần đầu tiên áp dụng tại nước ta, nên khó tránh khỏi những lúng túng ban đầu cả với người thu thuế và người nộp thuế. Nhưng với những ưu điểm nổi trội, Luật thuế này đã nhanh chóng thu hút sự quan tâm của tất cả mọi người và được cuộc sống tiếp nhận một cách nhanh chóng và tích cực.
Tiếp theo đó, Quốc hội đã đề ra chương trình xây dựng pháp luật trong nhiệm kỳ khóa X là : Tiếp tục hoàn thiện Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Luật thuế giá trị gia tăng cho phù hợp với yêu cầu của tình hình và nhiệm vụ mới.
Nghiên cứu ban hành Luật thuế sử dụng đất để thay thế cho Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp và Pháp lệnh thuế nhà, đất.
Nghiên cứu ban hành Luật thuế thu nhập cá nhân để thay thế cho Pháp lệnh thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao.
Tiếp tục hoàn thiện một cách đồng bộ các Luật thuế : Luật thuế tiêu thụ đặc biệt, Luật thuế xuất khẩu, Luật thuế nhập khẩu, Pháp lệnh thuế tài nguyên, Luật thuế chuyển quyền sử dụng đất.
Nghiên cứu ban hành Luật thuế tài sản.
Ngoài ra, để phù hợp với các luật thuế mới, Nhà nước đã ban hành sửa đổi, bổ sung các Luật khác có liên quan như Luật doanh nghiệp, Luật thương mại, Luật Ngân sách, Luật ngân hàng Nhà nước, Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, Luật khuyến khích đầu tư trong nước.
Như vậy, với việc ban hành và triển khai thực hiện hai Luật thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp, trong thời gian 4 năm (1999- 2002) cải cách thuế bước II đã đạt được những kết quả tích cực :
- Số thu Ngân sách Nhà nước từ thuế và phí, lệ phí tiếp tục tăng lên qua các năm và chiếm phần chủ yếu trong Ngân sách Nhà nước. Số thu thuế năm 2000 bằng 10 lần số thu thuế năm 1990 và cứ liên tục tăng qua các năm.
- Kinh tế có bước tăng trưởng khá, đời sống nhân dân được nâng cao thêm một bước.
Những kết quả đạt được về các mặt kinh tế - xã hội đã khẳng định việc cải cách thuế bước II đã đề ra là đúng đắn và đang đạt được những kết quả rất khả quan. Song cũng từ kết quả ấy, yêu cầu đặt ra cho việc tiếp tục hoàn thiện bước II cải cách hệ thống chính sách thuế ở nước ta là : Phải gắn hơn nữa với cải cách hành chính trong lĩnh vực thuế. Cụ thể đặt ra là : Phải rà soát lại toàn bộ hệ thống thuếđể kịp thời sửa đổi, bổ sung cho phù hợp. Mỗi khi bổ sung, sửa đổi một Luật thuế nào thì phải bổ sung, sửa đổi đồng bộ các Luật thuế có liên quan trong từng khối : Thuế trực thu (sửa đổi thuế TNCN thì phải sửa thuế TNDN và ngược lại) ; Thuế gián thu (sửa thuế XK, thuế NK thì đồng thời phải sửa thuế GTGT và thuế TTĐB…).
Trên cơ sở tổng kết cải cách thuế bước II, từ năm 2003, theo tinh thần Nghị quyết đại hội Đảng IX, ngành thuếđã nghiên cứu, phục vụ kịp thời yêu cầu sửa đổi, bổ sung hoàn thiện các Luật thuế GTGT, TNDN, TTĐB, thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao, điều chỉnh khung biểu thuế XK, thuế NK, miễn giảm thuế SDĐNN, thực hiện cắt giảm thuế nhập khẩu theo các cam kết quốc tế. Cụ thể là :
- Trong giai đoạn 2001-2004, Bộ tài chính đã chủ động phối hợp với các Bộ, ngành có liên quan nghiên cứu trình Chính Phủ, Quốc hội sửa đổi, bổ sung 4 Luật, 2 Pháp lệnh, 17 Nghị định quy định chi tiết thi hành các luật, pháp lệnh về thuế và phí ; đã kịp thời ban hành các Thông tư hướng dẫn và tổ chức triển khai thực hiện các Luật, Pháp lệnh, Nghịđịnh nói trên. Nhìn chung hệ thống chính sách thuế, phí và hải quan đã được cải cách theo hướng: Giảm mức thuế suất, mở rộng diện ưu đãi thuế để khuyến khích đầu tư, đẩy mạnh xuất khẩu, phát triển sản xuất trong nước phù hợp với nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và thực hiện các cam kết quốc tế. Qua triển khai thực hiện đã được cộng đồng doanh nghiệp nhất trí cao, không còn những vướng mắc lớn.
- Ngày 28/3/2005, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ký quyết định số 16/2005/QĐ-BTC điều chỉnh Danh mục hàng hóa và thuế suất thuế nhập khẩu để áp dụng hạn ngạch thuế quan cho một số mặt hàng của Việt Nam để thực hiện Hiệp định ưu đãi thuế quan có hiệu lực chung (CEPT) của các nước ASEAN cho các năm 2005 - 2013. Theo đó, 20 nhóm mặt hàng trong danh mục này sẽ chịu các mức thuế ưu đãi khác nhau, áp dụng cho các tờ khai hàng hóa nhập khẩu đã đăng ký với hải quan từ 1/1/2005. Trong đó rượu mạnh và rượu mùi, đồ uống có rượu khác, thuế suất CEPT sẽ giảm từ 20% năm 2005 xuống còn 5% năm 2006 và từ các năm sau, mức thuế suất là 0%. Nhóm các mặt hàng thực phẩm xúc xích và các sản phẩm tương tự làm từ thịt, từ phụ phẩm dạng thịt sau giết mổ hoặc tiết, các chế phẩm thực phẩm từ các sản phẩm đó; thịt, các phụ phẩm dạng thịt sau giết mổ hoặc tiết đã chế biến hoặc bảo quản, từ năm 2005, mức thuế suất 50% sẽ giảm tương ứng 10%/năm cho tới 2012, tới năm 2013, mức thuế suất đối với nhóm mặt hàng này chỉ còn 5%.
- Ngày 11/06/2005, Quốc hội nước ta đã biểu quyết thông qua Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (sửa đổi), hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2006 và thay thế cho Luật thuế xuất khẩu, Luật thuế nhập khẩu cũ.
- Luật ''gộp'' sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TTĐB và Luật thuế GTGT được Chính phủ trình ra Hội nghị đại biểu Quốc hội chuyên trách chiều 18/8. Ngày 24/8/2005, Ủy Ban Thường vụ Quốc hội thảo luận báo cáo của Ban Soạn thảo và báo cáo của Ủy Ban Kinh tế và Ngân sách Quốc hội khóa XI xung quanh dự thảo Luật thuế TTĐB và Luật thuế GTGT. Chính phủđề nghị Luật này có hiệu lực từ 1/1/2006.
b) Kết quả của cải cách thuế bước II :
Nhờ sự chỉ đạo sát sao của Bộ Chính trị, việc sửa đổi bổ sung kịp thời của Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội, sự chỉ đạo trực tiếp của Chính phủ, của các Cấp ủy Đảng và Chính quyền các cấp, sự phối hợp chặt chẽ của các ngành và ý thức chấp hành của các doanh nghiệp, các hộ, cá nhân kinh doanh nên việc triển khai thực hiện các Luật thuế mới đạt được kết quả tích cực thể hiện trên các mặt :
- Đối với sản xuất kinh doanh :
Thông qua việc giảm tỷ lệđiều tiết thuế, mở rộng diện ưu đãi miễn, giảm thuếđã bảo hộ hợp lý sản xuất trong nước, giúp các cơ sở ổn định và phát triển sản xuất kinh doanh, góp phần khuyến khích xuất khẩu, khuyến khích đầu tư phát triển, góp phần chặng đứng suy thoái kinh tế và lấy lại đà tăng trưởng kinh tế. Xuất khẩu những năm qua đạt khá, tổng giá trị xuất khẩu năm 1999 tăng 23,3%, năm 2000 tăng 25% và năm 2001 tăng 4,5% (năm 2001, sản lượng xuất khẩu vẫn tăng cao nhưng do giá trị nông sản thế giới bị giảm mạnh nên kim ngạch xuất khẩu giảm), năm 2002 vẫn giữ được nhịp độ tăng trưởng 7,1%.
Chính sách thuế mới đã góp phần khuyến khích các thành phần kinh tếđẩy mạnh đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh. Vốn đầu tư toàn xã hội năm 1999 tăng 4,5% ; năm 2000 tăng 16,2%, năm 2001 tăng 25%. Vốn đầu tư của dân doanh năm 1999 tăng 0,4%, năm 2000 tăng 11,9% và năm 2001 tăng 30%. Vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài năm 1999 giảm thấp so với năm 1998 nhưng đến năm 2000 đã tăng 18,5% và năm 2001 tăng 4%.
- Đối với thu Ngân sách Nhà nước :
Tổng thu Ngân sách Nhà nước năm sau luôn cao hơn năm trước. Năm 1999, tổng thu Ngân sách tăng 7,5% so với năm trước ; Năm 2000 tăng 15,6% ; Năm 2001 tăng 13,8% ; Năm 2002 tăng 20,7% ; Năm 2003 tăng 17% ; Năm 2004 tăng 23,8 %.
Tỷ lệ động viên trên GDP vào Ngân sách Nhà nước năm 1990 mới đạt 13,1% ; đến năm 2000 đạt 19,7% ; năm 2004 đạt 23,4%.
Số thu từ thuế, phí, lệ phí năm 1990 chỉ chiếm 76,78% tổng số thu Ngân sách Nhà nước ; đến năm 2003 - 2004 chiếm 94%.
Kết quả thu trên đây đã đáp ứng được nhu cầu chi thường xuyên ngày càng tăng của Ngân sách Nhà nước, giảm được bội chi Ngân sách, kiềm chế lạm phát từ ba con số (1986-1990) xuống còn một con số, ngoài ra còn góp phần tích cực phục vụ yêu cầu đầu tư phát triển kinh tế - xã hội đất nước.
- Đối với đời sống xã hội của nhân dân :
Chính sách thuế mới được thực hiện chung cho mọi tầng lớp dân cư, mọi thành phần kinh tế trong xã hội trên cơ sở công bằng và bình đẳng. Thông qua chính sách ưu đãi đã khuyến khích đầu tư vào các vùng kinh tế chậm phát triển. Thông qua việc miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp đã tạo điều kiện phát triển nông thôn, xóa đói, giảm nghèo. Nhìn chung trong suốt quá trình triển khai thực hiện các Luật thuế mới, giá cả thị trường không biến động, không gây ảnh hưởng xấu đến sản xuất kinh doanh và đời sống nhân dân.
Tóm lại, nhìn chung cải cách thuế bước II đã đạt được các mục tiêu, yêu cầu mà Bộ Chính trị đề ra là ổn định và phát triển sản xuất kinh doanh, tăng khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp, đảm bảo nguồn thu cho Ngân sách Nhà nước, ổn định thị trường trong nước, không xảy ra biến động về giá cả gây ảnh hưởng đến sản xuất và đời sống nhân dân. Trong quá trình triển khai thực hiện chính sách thuế, cơ quan thuế luôn theo sát các biến động phức tạp về kinh tế - xã hội, tiếp thu ý kiến đóng góp của nhân dân và các đối tượng nộp thuế, kịp thời sửa đổi, bổ sung cho hợp lý. Nhờ vậy, chính sách thuế đã góp phần thiết thực giải phóng mọi tiềm năng về sản xuất kinh doanh, bảo đảm sự cạnh tranh lành mạnh giữa các doanh nghiệp, nâng cao hiệu quả kinh doanh, đẩy mạnh giao lưu và hội nhập. Chính sách thuế mới đã thực sựđi vào đời sống nhân dân.