Mặc dù trong những năm qua, cơ chế phát hành TPCP đã thay đổi theo chiều hướng đa dạng, phong phú qua đó nâng cao khả năng huy động vốn. Nhưng bên cạnh đó vẫn còn một số tồn tại, thể hiện trên các mặt sau đây
+ Chủng loại TPCP trên thị trường hiện nay chưa thật sự đa dạng, phong phú. Hiện nay mới chỉ có tín phiếu kho bạc, trái phiếu kho bạc, trái phiếu công trình trung ương, trái phiếu ngoại tệ. Còn các loại trái phiếu đầu tư, trái phiếu được Chính phủ bảo lãnh, trái phiếu chính quyền địa phương chưa có nhiều. Trái phiếu trung hạn chỉ loại 2 năm và 5 năm, trái phiếu dài hạn chưa được phát hành. Phương
thức trả lãi chưa linh hoạt, hấp dẫn người mua, chủ yếu là hình thức trả lãi cùng với gốc khi đến hạn. Chính vì vậy, đã hạn chế việc thu hút các nhà đầu tư vào TPCP.
+ Để đạt được khối lượng vốn cần huy động, lãi suất TPCP nhiều khi còn rơi vào cuộc đua cạnh tranh lãi suất với các tổ chức tín dụng trên thị trường. Như trường hợp trái phiếu kho bạc phát hành trong năm 1998 phải điều chỉnh lãi suất đến 4 lần: tháng 3 - 4/1998 lãi suất là 12%/năm, từ tháng 5 - 8/1998 lãi suất là 13%/năm, tháng 9 - 11/1998 lãi suất là 14%/năm và tháng 12/1998 lãi suất trái phiếu là 13%/năm. Hầu hết TPCP bán lẽ qua hệ thống KBNN không cùng ngày đáo hạn (ngoại trừ trái phiếu chiết khấu phát hành năm 2001 tại Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh), như vậy là chưa đáp ứng đủ điều kiện kỹ thuật để được niêm yết và giao dịch tại TTGDCK. Ngoài ra quy trình mua, bán, chuyển nhượng, chuyển quyền sở hữu TPCP chưa thuận lợi cho các nhà đầu tư; khối lượng TPCP không ghi tên còn thấp trong tổng số khối lượng TPCP phát hành, đây cũng là lý do dẫn đến tính thanh khoản của TPCP trên thị trương chưa được cao.
+ Hoạt động đấu thầu và bảo lãnh phát hành TPCP chưa ổn định. Số thành viên tham gia đấu thầu thường xuyên còn ít, chỉ bằng một phần năm số thành viên chính thức. Số thành viên trúng thầu thường rơi vào các NHTM Nhà nước. Một hiện tượng không bình thường là thị trường đấu thầu và bảo lãnh phát hành trái phiếu trung hạn (từ đầu năm 2002 đến giữa năm 2003) phải ngưng hoạt động vì không có đơn vị nào đăng ký tham gia. Điều này cho thấy tiềm lực vốn của các tổ chức tài chính - tín dụng của ta còn rất hạn chế, đặc biệt là nguồn vốn trung và dài hạn. Khối lượng trái phiếu trúng thầu chủ yếu vẫn được các nhà đầu tư nắm giữ đến hạn thanh toán, chưa được phân phối rộng rải ra công chúng và giao dịch mua bán trên thị trường.
+ Cơ chế huy động vốn cho các công trình của các Bộ, ngành, địa phương tuy đã được mở ra nhưng vẫn còn nhiều tồn tại và bất cập. Ngoại trừ công trái giáo dục và trái phiếu giao thông - thuỷ lợi, việc phát hành các loại trái phiếu công trình trong thời gian qua chủ yếu huy động cho một số dự án quy mô nhỏ. Thời hạn phát hành trái phiếu dưới 5 năm, cá biệt phải sử dụng các khoản vay qua đấu thầu có thời hạn 1 năm, trong khi thời gian hoàn vốn công trình thường dài hơn, nên hàng năm phải phát hành mới để đáo nợ cũ. Cơ chế thẩm định, xét duyệt phương án phát hành còn phức tạp, không khuyến khích các chủ dự án huy động vốn bằng phát hành trái phiếu, mà ngược lại, nhiều ngành và địa phương chỉ quan tâm và trông chờ vào nguồn vốn của NSNN.