Các tác nhân trong chuỗi giá trị chưa chú trọng đến thị trường nội địa, cá tra nguyên liệu đưa vào các công ty chế biến được chọn lọc những loại đạt yêu cầu (kích cỡ, màu sắc, thịt trắng…), phần không đạt tiêu chuẩn hoặc phụ phẩm (đầu cá tra) được cung cấp ra thị trường nội địa. Sản phẩm GTGT của cá tra từ các công ty chế biến thì chủ yếu là để xuất khẩu, chưa có các hoạt động nhằm quảng bá, thu hút sự quan tâm của người tiêu dùng nội địa. Sau vụ kiện bán phá giá cá tra (năm 2003) thì các công ty chế biến mới nhìn lại thị trường nội địa và họ bắt đầu chú tâm sản xuất các sản phẩm để cung cấp cho thị trường nội địa. Hiện tại, cá tra được phân phối từ người sản xuất đến các tác nhân khác theo các kênh phân phối như sau:
Kênh 1: Người nuôi cá tra à Thương lái à Chủ vựa à Người tiêu dùng nội địa Người thương lái thu mua cá tra từ người sản xuất nhỏ lẻ hoặc từ người sản xuất lớn nhưng cá nhỏ hoặc vượt kích cỡ theo yêu cầu của công ty chế biến sau đó phân phối đến các tác nhân khác để tiêu thụở thị trường nội địa.
Đối với kênh thị trường này cá tra từ người sản xuất được phân phối đến thương lái (13,8% sản lượng cá tra của chuỗi) sau đó phân phối 4,6% lượng cá tra đến các chủ vựa cá và các chủ vựa sau đó bán cho người tiêu dùng.
Trung tâm Học liệu ĐH Cần Thơ @ Tài liệu học tập và nghiên cứu
Kênh 2: Người nuôi cá tra à Thương lái à Người bán lẻà Người tiêu dùng nội địa Theo kênh phân phối này, người sản xuất bán cá tra cho thương lái (13,8% sản lượng cá tra của chuỗi) sau đó phân phối 9,2% sản lượng cá tra cho người bán lẻ ở các chợ trong địa bàn tỉnh và người bán lẻ phân phối lại cho người tiêu dùng.
Đối với kênh phân phối 1 và 2, cá tra được phân phối qua 2 tác nhân trung gian nên nếu tổng thu nhập chuỗi không đổi thì giá trị gia tăng thuần của mỗi tác nhân sẽ thấp vì xuất hiện chi phí gia tăng ở nhiều khâu.
Kênh 3: Người nuôi cá tra à Công ty chế biến à Xuất khẩu & Tiêu dùng nội địa Đa số người nuôi cá tra với quy mô lớn đã bán sản phẩm trực tiếp cho công ty chế biến thuỷ sản chiếm 86,2% sản lượng cá tra từ người nuôi. Đây là kênh phân phối chính và cũng là kênh phân phối ngắn nhất của chuỗi. Công ty chế biến xuất khẩu khoảng 77,6% sản lượng cá của chuỗi, phần còn lại (8,6%) bán cho thị trượng nội địa (các siêu thị).
Tương ứng với mỗi kênh thị trường sẽ có chi phí và lợi ích khác nhau trong toàn bộ chuỗi cũng như trong từng tác nhân tham gia chuỗi. Sự khác nhau này sẽđược mô tả chi tiết trong phần phân tích kinh tế chuỗi.