Trong quá trình thực hiện ĐTM sẽ sử dụng rất nhiều phương pháp khác nhau như phương pháp liệt kê các thông số môi trường, danh mục, ma trận, mô hình, chập bản đồ,… Các phương pháp trình này được sử dụng tuỳ theo yêu cầu của ĐTM và tuỳ theo các yếu tố môi trường được chọn lọc để xem xét tác động đến nó. Tuy vậy, các phương pháp đó thường được thực hiện tốt với yếu tố tài nguyên, môi trường tự nhiên. Khi cần đánh giá tác động của các hành động dự án đến các thành phần kinh tế, xã hội thì rất khó. Trong trường hợp này người ta sử dụng phương pháp phân tích chi phí-lợi ích mở rộng. Lợi ích và chi phí ở đây cần hiểu theo nghĩa rộng là bao gồm tất cả các chi phí lợi ích về môi trường và tài nguyên thiên nhiên. Vì vậy, phương pháp này còn được gọi là phương pháp các nguyên tắc thân thiện với sinh thái (sound ecological principles).
Nguyên tắc chung:
Phương pháp phân tích chi phí-lợi ích được thực hiện trên các nguyên tắc chính sau:
1. Các hoạt động phát triển đều được thực hiện trong các hệ tự nhiên (natural systems), vì vậy, trong quy hoạch phát triển và ĐTM các dự án liên quan phải có những hiểu biết đầy đủ về các hệ tự nhiên.
Hệ tự nhiên ở đây bao gồm:
Các nhân tố về môi trường tài nguyên (hiểu theo nghĩa rộng).
Tài nguyên thiên nhiên là hữu hạn, chỉ đáp ứng được yêu cầu trong phạm vi của những quy luật điều khiển của hệ thống. Do đó, cần tạo thêm các dòng năng lượng và những quy luật đi vào hệ thống.
Dòng đi vào là các dòng phát triển. Những thay đổi về hệ tự nhiên sẽ thay đổi do chịu những tác động của các hoạt động phát triển.
Trong phương pháp phân tích chi phí-lợi ích cần nắm được những thông tin trực tiếp và gián tiếp để có thể xem xét và đánh giá một cách toàn diện.
Cơ sở để tiến hành suy luận và phân tích là những kiến thức chuyên môn thuộc ngành của các hoạt động phát triển, các kiến thức về kinh tế, môi trường và sinh thái.
Theo phương pháp này thì người đánh giá dù có thuộc chuyên môn nào đi chăng nữa cũng phải nắm được những kiến thức cơ bản về sinh thái học, về các dòng năng lượng,
dòng tuần hoàn vật chất trong các hệ sinh thái, chuỗi thức ăn, mắt xích thức ăn, các chu trình sinh-địa-hoá, chu trình trao đổi chất như các chu trình carbon, nitơ, phốt pho... và các diễn biến của hệ sinh thái.
2. Cần nắm vững được những đặc điểm cơ bản của các hệ sinh thái trên cạn, dưới nước, các lưu vực của dòng chảy. Các hệ sinh thái tự nhiên cũng như nhân tạo được điều khiển bởi con người. Cần chú ý các yếu tố của hệ sinh thái nhân văn, sinh thái xã hội có liên quan trực tiếp hoặc gián tiếp đến các mục tiêu cơ bản của phát triển KT-XH.
3. Vấn đề sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên và vấn đề bảo vệ môi trường cần chú ý trước hết đến những vấn đề bảo vệ rừng, bảo vệ đất cũng như bảo vệ nguồn nước, các hệ sinh thái đặc hữu như cửa sông, các vùng cửa sông, ven biển, các vùng đất ngập nước, vùng đệm, vấn đề bảo vệ môi trường không khí, nước, đất, bảo vệ các danh lam thắng cảnh và các di tích văn hoá và lịch sử...
Trình tự thực hiện:
- Liệt kê tất cả các tài nguyên được chi dùng trong mọi hoạt động cảu dự án, kể cả tài nguyên con người. Liệt kê tất cả các sản phẩm thu được, kể cả phế thải có giá trị hoàn nguyên.
- Xác định tất cả mọi hành động tiêu thụ, hành động làm suy giảm tài nguyên, kể cả các hoạt động gây ô nhiễm.
- Liệt kê những khía cạnh có lợi cho tài nguyên, nhưng chưa được xét đến trong đề án hoạt động, các khả năng nâng cao hiệu quả sử dụng tài nguyên.
- Liệt kê vào đề án hoạt động những vấn đề cần bổ sung cho dự án để sử dụng hợp lý và phát huy được tối đa các khả năng của nguồn tài nguyên.
- Diễn đạt các kết quả nêu trên vào báo cáo ĐTM. Sử dụng phương pháp trình bày kiểu bảng so sánh chi phí – lợi ích (tương tự như trong các báo cáo kinh tế thuần tuý).
Cần lưu ý rằng: Sử dụng phương pháp phân tích chi phí-lợi ích mở rộng phải tính toán thực hiện cho toàn bộ dự án sau này sẽ đi vào hoạt động (ví dụ sau 30-50 năm). Tốt nhất nên tính toán cho từng giai đoạn, sau đó tiến hành tổng hợp cho toàn bộ.
Các đại lượng thường được sử dụng trong phân tích chi phí-lợi ích là: